SPARQLthon

提供：TogoWiki

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※ 2022年10月よりTogothonと改称しました。

※ 2023年3月よりTogothon Wikiの運用をGitHub Wikiに移行しました → https://github.com/dbcls/Togothon/wiki

SPARQLthon (スパークルソンと呼んでいます) はもともと、2013 年度の統合化推進プログラム成果発表に向けて、ゲノム情報の RDF 化を行なっているグループを中心に、オントロジーの構築・RDF の生成の促進と SPARQL 検索技術の向上を目指して 2012 年 10 月から有志によってミニ・ハッカソンのようなカタチで始められました。以後、毎月１回の開催となりライフサイエンスにおけるセマンティック・ウェブ技術の利用や開発に興味のある方が自由に集い、議論し、開発し、実務をこなしつつ交流を図る場となってきています。また 2014 年 4 月からは、1 日目を NBDC/DBCLS による統合化推進プログラムの RDF 化支援を主体に、2 日目をこれまでどおり RDF 化と SPARQL の技術開発に主に充てることとなりました。

目次

今後の開催予定

場所未定のままの場合は、基本的に DBCLS 柏の葉キャンパス駅前での開催となります（2020年4月からは原則オンライン開催となっていましたが、オンラインでは新しいコラボレーションやクリエイティブな議論は難しいことが分かってきたため、開発を停滞させないためにも、コロナ情勢をみながら現地でのオフライン開催に戻していきたいと思います）。

オンラインツール

メーリングリスト

次回開催のご案内、日程調整の連絡、関連する議論などは 国内版バイオハッカソンのメーリングリスト (biohackathon-jp) で行いますので、興味ある方は各自ご登録頂ければと思います。なお、このメーリングリストは、国内版バイオハッカソン BH13.13 の参加者＋それ以後の希望者が登録されており、参加や退会は自由、投稿内容は参加者だけに公開となっています。

Slack

2020年4月からのオンライン開催に伴い、SPARQLthon 用の Slack を新規に作成しました。メーリングリストよりも細かいアナウンスや議論が進められると思いますので、ぜひご参加ください。最新の招待リンクは次回開催予定の SPARQLthon のページに記載します。

Pragli

Pragli は Slack に似たインターフェイスで、

  • Slack のワークスペースが Pragli のチーム
  • Slack のチャンネルが Pragli のルーム

に対応しており、同じチームの同じルームにいる人とテレビ会議（カメラ、もしくはアバターと音声のみを選択）できます。最新の招待リンクは次回開催予定の SPARQLthon のページに記載します。

  • Pragli の SPARQLthon チームで、自分の取り組みたい課題のルームに参加するか、ルームを作成する
    • ルームは下記のように（手作業で）色分けしています
      • 赤色：オーガナイザー作成ルーム（初めての方用の #001-entrance やラップアップ用の #wrap-up など）
      • 紫色：各課題ごとの開発ルーム（打ち合わせや開発には主にこれらのルームを使用）
      • 水色：非公開プロジェクト関係者だけの鍵付きルーム（入室にはノックと承認が必要）
      • 黄色：ご自由にお使いくださいルーム（会議の前後には #workout や #coffee を）
      • 緑色：Pragliがデフォルトで作成するルーム（無言で過ごせる #silent-room など）
    • 新たにルームを作成した場合は、「Pragli 左上のメニュー＞Team settings＞Roomsタブ」でルーム名左の「#」をクリックして色を↑に揃えてください
  • メモ
    • 1ルーム17人までの制限あり
    • P2P など特殊なポート番号へのアクセスをファイアウォールで制限している組織からは繋がらない場合があるようです
    • 全員に一斉連絡するための機能 (Discussion) がついた模様 (2020/10)

参加者募集

年１回開催の 国際版 BioHackathon や国内版バイオハッカソンでは、様々な進捗がありますが未完成のプロジェクトが残りがちです。SPARQLthon は月１回定期的に顔を合わせることでこれを補完し、立ちあげたプロジェクトをモチベーションをキープしながら着実に進めて成果を出すプロトコルとして有効に機能してきていると思います。アカデミック・企業・デザイナーなどなど所属機関や立場を問わず、様々な分野からの参加者同士で交流が進むことにより、まだなかなか見つけることの難しいセマンティック・ウェブの技術者や研究者の発掘とコミュニティの醸成などにも役立つ場となっています。

ハッカソン（SPARQLthon）形式での会議開催のメリットは、関係者が直接顔を合わせて集中的に取り組むことにより

  • 話が早い
  • その場で仕事が進む
  • 新しい人脈との交流が広がる

といったことが挙げられるかと思います。SPARQLthon は、ライフサイエンスにおけるセマンティック・ウェブに興味のある方であれば誰でも自由に参加して頂ける会です。会場確保の都合で参加登録をお願いすることもあるかと思いますので、参加希望の方は各回の開催予定をご覧ください。

開催目的

  • オントロジーの開発
  • RDF の設計と生成
  • トリプルストアの調査と運用
  • SPARQL 検索スキルの向上とノウハウの共有
  • SPARQL 結果のハンドリングと可視化技術
  • マッシュアップによるアプリケーションの開発
  • セマンティック・ウェブのための UI デザイン

統合化推進プログラム

RDF 開発

統合化推進プログラム (TPP) の RDF 化支援

これまでの主な成果

オープンデータ時代の標準Web API SPARQL (インプレスR&D) 刊行

  • 日本初のSPARQLの解説本
  • 著者は、全員 SPARQLthon 参加者

NBDC RDF portal

  • 日本で開発された生命科学データのRDFを集積
  • 統合推進プログラムで構築されたRDFデータを多数収録
  • 掲載RDFデータは、RDFガイドラインに準拠している

統合プロジェクトで開発されたツール類

  • SPARQL-proxy
    • クライアントと SPARQL エンドポイントの間で動作するミドルウェア
    • 開発方法 SPARQL-proxy

平成28年度までのまとめページへのリンク集

掲載記事等

  • JSBi ニュースレター第39号
    • 特集「バイオインフォマティクスと技術開発コミュニティ」でSPARQLthonの紹介記事が掲載されました

今後の SPARQLthon 計画

  • 今後の開催予定はページ上方に移動しました
  • 今後の SPARQLthon の日程調整
    • SPARQLthon 用 Google カレンダー に学会等の予定を追記してください。
    • 書き込み権は DBCLS 片山・川島にメール等で遠慮なくリクエストください。スケジュールの空き状況を見て、わりと先まで決めておこうと思っています。
  • 今後の SPARQLthon の開催場所候補
    • DBCLS柏ラボ (千葉・柏の葉キャンパス) ← 未定のままの場合、原則はコチラで開催予定
    • DBCLS三島ラボ (三島・遺伝研)
    • NBDC (東京・市ヶ谷) ※ JST東京本部別館会議室
    • NII (東京・神保町)
    • NBRP (東京・八重洲) ※狭そう
    • 東工大 (東京・田町)
    • CBRC (東京・お台場)
    • 東大理学部３号館 (東京・根津)
    • 東大先端研 (東京・駒場)
    • かずさDNA研究所（千葉・木更津）
    • 基礎生物学研究所（愛知・岡崎）

開催履歴

「/mw/SPARQLthon」より作成