SPARQLthon17

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第17回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間：2014年2月17日(月) 10:00 〜 18日(火) 18:00
  • 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 4階 415 (教室)
  • アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access

プロジェクト

  • 次回以降の SPARQLthon 日程調整
    • SPARQLthon 用 Google カレンダー に学会等の予定を追記してください。書き込み権は片山・川島・岡本にメールでリクエストください。
    • スケジュールの空き状況を見て、候補日のリスト作り、SPARQLthon19 以降の日程を densuke などで希望調査してわりと先まで決めておこうと思っています。


  • TogoGenome/TogoStanza
    • UniProt 2014_01 + RefSeq 63 + EdgeStore (FALDO, クラス名, グラフ名改定対応)
    • ID mapping
    • NanoStanza
      • Environment: 生物種数, 生育温度分布, 生育pH分布, 写真, 系統プロファイル etc.
      • Organism: ゲノムサイズ, 遺伝子数, GC%, 生育温度, 生育pH, 表現型, application, disease, 系統プロファイル etc.
      • Gene: 遺伝子長, exon数, AS数, オーソログ/生物種数, 立体構造, 論文, EC, 立体構造 etc.
    • Human/Eukaryote genome RDF
    • Nanopub
    • 更新体制とサーバ移行準備
    • Stanzaサーバ公開手順
  • TogoDB/TogoWS
  • RDF
    • VCF2RDF (BioInterchange/GVFO)
    • PubChem, EBI, PDBj
    • Glyco
    • BioResource
  • オントロジー
    • 菌株
    • taxdump 改定
    • PIERO
  • D2RQ : SPARQL -> SQL どうなるか検証
  • Neo4j : RDF -> Neo4j にロード (BioPAX データ)

参考リンク

参加者

  • 片山俊明（DBCLS）
  • 川島秀一（DBCLS）
  • 永野朗夫（PENQE）
  • 岡別府陽子（MSS）
  • 岡本忍（DBCLS）
  • 竹原潤一（東工大）
  • 大田達郎（DBCLS）(1日目だけ)
  • 藤澤貴智（遺伝研）
  • 山中遼太（先端研）
  • 伊藤真和吏（医薬基盤研）
  • 森宙史（東工大）
  • 小林紀郎（理研）
  • 櫻井望（かずさ）
  • 小寺正明（東工大）（１日目だけ）
  • 森田瑞樹（東大）（１日目だけ）
  • 山本泰智（DBCLS）
  • 山田一作（野口研）（１日目昼過ぎから）
  • 有田正規（遺伝研）（２日目昼過ぎから）
  • 荻島創一（東北大）
「/mw/SPARQLthon17」より作成