SPARQLthon22

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第22回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

各データベースの該当分野とモデル図


==== biological entity、生物種の記述に関する課題 ====
  1. taxonomy ontologyの階層を利用したい
  2. ハイブリット植物、融合細胞、微生物ープロファージ、雑種などhypbridな生物種を表現したい
    •  :taxon (:hybrid-of) なpredicateを用いて２つ以上のを <http://identifiers.org/taxonomy/【taxid】> をリンクする
    • RDFモデル２つの案、Taxonomy側で解決する or biological entity側で解決する
  3. tax-idがなくてもリンクしたい
    • 上位ランクのtaxidをアサインする
    • MCCVで記述しているようなtaxidのアサインの確度をpredicateで分ける、skos:mappingRelationのsubproperty（skos:closeMatch, skos:exactMatch, skos:broadMatch, skos:narrowMatch, skos:relatedMatch）のようなイメージ
    • SPARQL問い合せのために、定義したsubpropertyも冗長にトリプルをもつ必要があるかもしれない
  4. Strain相当のクラスを独自に定義したとき、NCBIやUniProtのTaxonomyオントロジーの Taxonomic Rankのクラスとの関係を記述したい
    •  :equivalent-of で記述？

Fig1.png A fig2.png

  • 川島さんの意見：（2014/8/18追加）hybridな場合と、そうでない場合で、スキームが共通なほうが、SPARQLが書きやすいのではないか（イレギュラー対応が少ない）
    • taxon のサブクラスとしてのhybridとは何か、という定義の問題も出てくる。
    • hybrid生物がtaxonプロパティを２つ持つ方が、素直で（hybridでない場合と一致していて）SPARQLを書きやすい／使い回しやすいのでは？
  • 桝屋追記20140828：taxonプロパティは、RO:0002162を使えば良いのでは


==== 化合物のRDF化（案） ====

構造の明確な場合（InChIなどで表現できる）と不明確な場合(Mwのみ、分類まで)を分けて考える。

作業サイト
PubChem(NCBI) , ChEMBLでも利用されている。
  • InChI & InChIKey 
@prefix cheminf: <http://semanticscience.org/resource/> .
@prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
@prefix db: <http://testdb.jp/compound/>

<db/0001#standard_inchi> a cheminf:CHEMINF_000113 ;
        cheminf:SIO_000300 "InChI=1S/C6H12O6/c7-1-2-3(8)4(9)5(10)6(11)12-2/h2-11H,1H2/t2-,3-,4+,5-,6-/m1/s1" ;
        rdfs:label "0001 Standard InChi" .

<db/0001#inchikey> a cheminf:CHEMINF_000059 ;
        cheminf:SIO_000300 "inchikey/WQZGKKKJIJFFOK-VFUOTHLCSA-N"  ;
          rdfs:label "0001 inchikey" .
  • Molecular Weight

CHEMINF:000350 molecular weight of the corresponding free base
CHEMINF:000216 average molecular weight descriptor
CHEMINF:000217 exact mass descriptor
CHEMINF:000218 monoisotopic mass descriptor 

@prefix cheminf: <http://semanticscience.org/resource/> .
<http://rdf.ebi.ac.uk/resource/chembl/molecule/CHEMBL6939#mw_freebase> a cheminf:CHEMINF_000350 ;
        cheminf:SIO_000300 "293.4"^^xsd:double .
  • CAS Registry Number（CASとのライセンスに注意してください） 
@prefix cheminf: <http://semanticscience.org/resource/> .
@prefix db: <http://db.jp/compound/> .
<db/0002> a cheminf:CHEMINF_000446 ;
        cheminf:SIO_000300 "cas_rn_001" .
  • 日化辞をハブとして活用したい
  • Dictionary of Natural Products の項目を利用
http://dnp.chemnetbase.com/intro/DNPIntroduction.pdf
http://dnp.chemnetbase.com/
DNPの項目をChEBI ontologyを調べて関連付ける作業を実施（時松・山田）

TPP グループ

SPARQLthon グループ

  • オーソログの RDF を対象にした SPARQL 開発 (千葉)
  • SPARQL ビルダの論文投稿 (小林)
  • がんゲノムの RDF 調査 (山中)
  • ゲノム RDF のメタデータ調査 -- NCBI の Assembly reports に BioProject <-> Accession ID の対応 (藤沢)
  • DDBJ と NBRC のバイオサンプル一括登録のための属性情報、菌株 (藤沢・川島)
  • TogoGenome 更新、TogoStanza 開発 (守屋・片山)
  • 反応オントロジーの確認 (時松・櫻井)
  • スキーマ図の方針を考える (大田)
  • 医療安全の OWL, 医療知識, 患者横断的な検索 (河添)
  • TripleDataProfiler更新や関連ツール調査([1],[2],[3])など (山本)

参考リンク

参加者

  • 片山俊明（DBCLS）
  • 川島秀一（DBCLS）
  • 小林紀郎（理研）
  • 永野朗夫（PENQE）15日のみ
  • 藤澤貴智（遺伝研）
  • 岡別府陽子（MSS）
  • 河添悦昌（東大病院）
  • 中村保一（遺伝研）16日のみ すみません、急な打合につき出席撤回します --yn
  • 千葉啓和（基生研）15日のみ
  • 戀津魁（理研）
  • 守屋勇樹（DBCLS）
  • 高月照江（理研 BRC）
  • 櫛田達矢（NBDC）15日のみ
  • 櫻井望（かずさ）15日のみ
  • 桝屋啓志（理研）15日のみ
  • 今井 健（東大病院）15日のみ
  • 時松敏明（DBCLS）
  • 山田一作（野口研）
  • 山口敦子（DBCLS）
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 平川英樹（かずさ）15日のみ
  • 市原寿子（かずさ）
  • 山本　希（東工大）15日のみ
  • 木下聖子（創価大）15日のみ
  • 青木信行（創価大）15日のみ
  • 新町大輔（創価大）15日のみ
  • 山中遼太（先端研）
「/mw/SPARQLthon22」より作成