SPARQLthon43

提供：TogoWiki

第43回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.2 SPARQLthon グループ 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2016年 4月25日(月) 10:00 〜 26日(火) 18:00
• 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

プロジェクト

TPP グループ全体

• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
  • 日化辞や糖鎖との連携を計画 (櫻井)
• ゲノムとフェノタイプ・疾患・医薬品の統合データベース (金久)
• ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物ＤＢの超高度化推進 (黒川)
  • メタゲノムの遺伝子組成データ + 感染症 PDO、病原性遺伝子DB → 毒素関連遺伝子と環境の相関など (森・山本)
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合 (菅野)
  • 市販の肺がん細胞のエピゲノムデータ
• 植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築 (田畑)
  • 植物のオーソログにオーソログオントロジーの利用 (市原)
  • PGDBj のクリーニングと JBrowse への情報集約 (市原)
  • 植物統合データベースオントロジー整備ワーキンググループによる用語整理
  • 果樹の品種ごとの形質データと交配情報の RDF 化
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
• 蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用 (中村)
• 糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発 (成松)
  • PDBjとGlyTouCanの連携（山田）
    • SPARQLthon42で検討した連携のための準備を開始した。PDBjの構造情報タブにあるSUGARの"データベース名(アクセス番号)"に、GlyTouCanのAccession Numberを入れ、GlyTouCanもPDBjへのリンクを入れる計画。
    • そのために、PDBjサイトのmmcifデータからPDB ID、entity id、SUGAR分子座標を抽出し、SDFileを作成（結合距離再計算、アノマー位アミノ酸残基抽出、アミド結合確認などの処理を実行）する検討中。生成したSDFileからWURCSを生成し、GlyTouCanのAccession Numberを取得予定。現在、糖鎖の還元末端の単糖の酸素原子（O1）が取得できない（PDBに原子がない？）、化学結合が正しく形成されない、何故か抽出できないなどの問題がある。サンプルデータができたら、”PDBID:2z8d, PDBx:entity id="2" GlyTouCan:ID”のTSV形式を公開する。現在、118088件位処理済み、11395件(NMR)、8132 ID SUGAR有り、53879SUGAR分子？〜エラーがあるのでログで確認する予定。
• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
  • NBRP のラットのデータ RDF 化 + RGD のオントロジーと CMO (clinical measurement ontology) の利用 (高月)
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化（大浪）
• プロテオーム統合データベース：jPOST（石濱）
  • データベースでの可視化のための RDF 構造検討 (守屋)

SPARQLthon グループ

• PIERO Reaction Ontology データ整備（小寺）
  • 酵素反応のTransformation（基質・生成物ペア）と語彙の関係約25,000個をRDF化。

• Ortholog（千葉）

• がんゲノム医療（森田，五十嵐）
  • 検索クエリのデータ形式および検索対象DBのデータ形式の策定

• Open TG-GATEsのRDF化（五十嵐，川島）

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 守屋勇樹 (DBCLS)
• 坊農秀雅 (DBCLS)
• 岡別府陽子 (MSS)
• 小林 紀郎 (RIKEN) 26日のみ
• 大石直哉 (DOGRUN)
• 山中遼太 (Oracle) 26日のみ
• 山田一作（野口研） 26日のみ
• 桝屋啓志 (RIKEN BRC)25日のみ
• 高月照江 (RIKEN BRC)
• 藤澤貴智（遺伝研）
• 吉沢明康（京都大学）25日のみ
• 森宙史（東工大）
• 大田達郎 (DBCLS)
• 仲里猛留 (DBCLS)　25日のみ
• 千葉啓和（基生研）
• 内藤雄樹 (DBCLS)
• 永野朗夫（株式会社ペンク）
• 木村豊（株式会社ペンク）25日のみ
• 森田瑞樹（岡山大）
• 五十嵐芳暢（医薬基盤・健康・栄養研）
• 小寺正明（東工大）25日のみ
• 山本　希（遺伝研）
• 信定知江（NBDC） 両日16時半まで
• 田中聡 (Trans-IT) 25日(～16:30)、26日
• 平川英樹 (かずさDNA研)　25日のみ
• 市原寿子 (かずさDNA研)　26日のみ
• 古崎晃司 (大阪大学)　25日のみ
• 戀津魁（理研）
• 小澤健太郎 (SGI)
• 宮崎聡史 (involute) 26日のみ
• 櫻井望（かずさDNA研）26日のみ