TPP-onami

提供：TogoWiki

研究開発課題名	生命動態システム科学のデータベースの統合化
研究代表者	大浪修一
所属・役職	理化学研究所　生命システム研究センター　発生動態研究チーム　チームリーダー
概　　　要	生命動態システム科学は「生命を動的システムとして理解し操作する生命科学」であり、新たな生命科学の潮流として２１世紀の科学全体への大きな影響が期待されています。この分野の研究では、さまざまな生命現象を対象に、時空間情報の数値化を実現した新しい様式の計測データが大量に生産されています。そのため、本課題ではデータの大規模な集積に向けて、この分野の全てのデータベースの開発と並行してデータベースが統合化される体制を構築します。

参加メンバー

京田耕司（理研）
遠里由佳子（理研）

検討課題

時空間情報を数値として含む動態データのメタ情報のRDF化
顕微鏡画像のメタ情報のRDF化

SPARQLthon33 (2015/06/22, 23)での進捗

RDF化の方針

SSBDの時空間動態定量データのメタデータのRDF化の方針の決定。

RDF化の手順

RIKENメタデータベースを基盤として利用する。
- メタデータに対するExcel表を作成する。
- RDFTableConvertor.jarを利用してTurtle形式のRDFデータを作成する。
- RIKENメタデータベースに登録する。

SPARQLthon30 (2015/03/12, 13)での進捗

RDF/オントロジーに関する情報

ミッション

ミッション作成

利用するオントロジー候補

生物種：taxonomy ontologyの階層を利用 <organism> :taxon <http://identifiers.org/taxonomy/ 【taxid】>

　taxid例: Caenorhabditis elegans 6329, Mus musculus 10090

文献：<xxx> :xxx <http://identifiers.org/pubmed/ 【PMid】or http://identifiers.org/doi/ 【doi】>

　PMid例: BDML 25414366

プロセス：<xxx> :xxx <http://identifiers.org/go/ 【go】>

　go例: embryogenesis GO:0009790

もの：<xxx> :xxx <http://identifiers.org/go/ 【go】>

　go例: male pronucleus GO:0001940, cell GO:0005623l, nucleus GO:0005634

単位：<xxx> :xxx <http://identifiers.org/unit/ 【unit】>

　unit例: second UO:0000010, micrometer UO:0000017

ライセンス <xxx> :xxx <http://creativecommons.org/licenses/ 【type】/4.0/

   type例：cc-by: by

RDF化にむけて

IDを記述

dcterms:identifier “df2a9568-9c33-4b48-b138-46548bccff6d”

URLの紐付け

xsd:anyURI "http://ssbd.qbic.riken.jp/search/df2a9568-9c33-4b48-b138-46548bccff6d"

データ→画像への紐付け： FOAFを使用

xmlns:foaf="http://xmlns.com/foaf/0.1/"
foaf:depiction

OBOメモ

OBO の内訳 http://www.ontobee.org/index.php

NCBITaxon NCBI organismal classification
SAO	Subcellular anatomy ontology
BSPO Biological Spatial Ontology (ex. anterior-posterior axis BSPO_0000013)
WBbt C. elegans gross anatomy
WBls C. elegant development
WBPhenotype C. elegans phenotype
IAO Information Artifact Ontology
UO Units of measurement (ex. UO_0000002 質量単位 UO:UO_0000003 時間単位 UO_0000036 単位)

BioAssay Ontology (ex. cellular quality, molecular quality ..)

Turtle/RDF記述

Nuclear division dynamics in B0336.10(RNAi) embryo (rpl-23(RNAi) embryo) of C. elegans を例に ( Link to SSBD database )

@prefix rdf:  <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
@prefix owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#> .
@prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
@prefix dcterms: <http://purl.org/dc/terms/> 
@prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> .
@prefix foaf: <http://xmlns.com/foaf/0.1> .
@prefix vcard: <http://www.w3.org/2001/vcard-rdf/3.0#> .

@prefix ssbd: <http://ssbd.qbic.riken.jp/> . 
@prefix ssbd_summary: <http://ssbd.qbic.riken.jp/summary/> .

ssbd_summary:df2a9568-9c33-4b48-b138-46548bccff6d  a  ssbd:quantitative_data ;
　rdfs:label "nuclear division dynamics" ;
　# ssbd:dynamics obo:RO_0002162  <http://identifiers.org/go/GO:0005634> ; # RO?? nucleus
　rdfs:label "wt(N2)030131_01" ;
　rdfs:comment "Nuclear division dynamics in B0336.10(RNAi) embryo (rpl-23(RNAi) embryo)" ;
　dcterms:identifier "df2a9568-9c33-4b48-b138-46548bccff6d" ;
　obo:RO_0002162 <http://identifiers.org/taxonomy/6329> ; # RO:in taxon
　# ssbd:coautor ssbd:coautor_001 ; 
　# ssbd:contributor  ssbd:contributor_001 ; 
　foaf:depiction <http://ssbd.qbic.riken.jp/WEB_static/WEB/th_images/img_26256.jpg> ;
　dcterms:license <http://creativecommons.org/licenses/by/3.0/> ;
　dcterms:source <http://ssbd.qbic.riken.jp/data/source/Ce_KK_P002/wt_N2_030131_01.zip> .
　# 0.105 x 0.105 x 0.5 (micrometer), 40.0 (second) <http://identifiers.org/unit/UO:0000017>

ssbd:coauthor_001 a ssbd:corresponding_author ;
　rdfs:label "Shuichi Onami"
　vCard:Family "Onami" ;
　vCard:Given "Shuichii" ;
　vCard:EMAIL "xxx(at)qbic(dot)riken(dot)jp" ;
　vCard:Orgname" "RIKEN Quantitative Biology Center" .

ssbd:contributour_001 a ssbd:contributor ;
　rdfs:label "Kyoda Koji" ;
　vCard:Family "Kyoda" ;
　vCard:Given "Koji" ;
　vCard:EMAIL "xxx(at)qbic(dot)riken(dot)jp" ;
　vCard:Orgname" "RIKEN Quantitative Biology Center" .

BDML内のRDF記述

Nuclear division dynamics in B0336.10(RNAi) embryo (rpl-23(RNAi) embryo) of C. elegans を例に ( Link to SSBD database )

<bdmlDocument>
  <info metaid="_00001">
    <annotation>
      <rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
                     xmlns:dcterm="http://purl.org/dc/terms/"
                     xmlns:cc="http://creativecommons.org/ns#" />
      <rdf:Description rdf:about="#_00001">
        <dcterms:created rdf:parseType="Resource">
          <dcterms:W3CDTF>2014-xx-xx</dcterms:W3CDTF>
        </dcterms:created>
        <cc:license rdf:resource="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/" />
      </rdf:Description>
    </annotation>
    .....
  </info>
  <summary metaid="_00002">
    <annotation>
      <rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
                     xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"
                     xmlns:vcard="http://www.w3.org/2001/vcard-rdf/3.0#"
                     xmlns:bqbiol="http://biomodels.net/biology-qualifiers/" />
      <rdf:Description rdf:about="#_00002">
        <bqbiol:isVersionOf>
          <rdf:Bag>
            <rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/go/GO:0009790" />
          </rdf:Bag>
        </bqbiol:isVersionOf>
        <bqbiol:hasTaxon>
          <rdf:Bag>
            <rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/taxonomy/6329" />
          </rdf:Bag>
        </bqbiol:hasTaxon>
        <dc:contributor>
          <rdf:Bag>
            <rdf:li rdf:parseType="Resource">
              <vCard:N rdf:parseType="Resource">
                <vCard:Family>Kyoda</vCard:Family>
                <vCard:Given>Koji</vCard:Given>
              </vCard:N>
              <vCard:EMAIL>xxx(at)qbic(dot)riken(dot)jp</vCard:EMAIL>
              <vCard:ORG rdf:parseType="Resource">
                <vCard:Orgname>RIKEN Quantitative Biology Center</vCard:Orgname>
              </vCard:ORG>
            </rdf:li>
           <rdf:li rdf:parseType="Resource">
              <vCard:N rdf:parseType="Resource">
                <vCard:Family>XXXX</vCard:Family>
                <vCard:Given>XXXXXXXX</vCard:Given>
              </vCard:N>
              <vCard:EMAIL>xxxx(at)qbic(dot)riken(dot)jp</vCard:EMAIL>
              <vCard:ORG rdf:parseType="Resource">
                <vCard:Orgname>RIKEN Genomic Sciences Center</vCard:Orgname>
              </vCard:ORG>
            </rdf:li>
            .....
       </rdf:Bag>
        </dc:contributor>
        <bqbiol:isDescribedBy>
          <rdf:Bag>
            <rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/pubmed/23172286" />
          </rdf:Bag>
        </bqbiol:idDescribedBy>
      </rdf:Description>
    </annotation>
    .....
  </summary>
  <contact metaid="_00003">
    <annotation>
      <rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
                     xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"
                     xmlns:vcard="http://www.w3.org/2001/vcard-rdf/3.0#" />
      <rdf:Description rdf:about="#_00003">
        <dc:creator>
          <rdf:Bag>
            <rdf:li rdf:parseType="Resource">
              <vCard:N rdf:parseType="Resource">
                <vCard:Family>Shuichi</vCard:Family>
                <vCard:Given>Onami</vCard:Given>
              </vCard:N>
              <vCard:EMAIL>xxxxx(at)qbic(dot)riken(dot)jp</vCard:EMAIL>
              <vCard:ORG rdf:parseType="Resource">
                <vCard:Orgname>RIKEN Quantitative Biology Center</vCard:Orgname>
              </vCard:ORG>
            </rdf:li>
          </rdf:Bag>
        </dc:creator>
      </rdf:Description>
    </annotation>
    .....
  </contact>
  <methods metaid="_00004">
    <annotation>
      <rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
                     xmlns:foaf="http://xmlns.com/foaf/0.1" />
      <rdf:Description rdf:about="#_00004">
        <dcterms:source rdf:resource="http://ssbd.qbic.riken.jp/data/source/Ce_KK_P002/RNAi_B0336.10_040518_01.zip" />
        <foaf:depiction>
          <rdf:Bag>
            <rdf:li rdf:resource="一枚一枚の画像....." />
            .....
          </rdf:Bag>
        </foaf:depiction>
      </rdf:Description>
    </annotation>
    .....
  </methods>
  <data>
    .....
    <object metaid="_00005">
      <annotation>
        <rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
                       xmlns:bqbiol="http://biomodels.net/biology-qualifiers/" />
        <rdf:Description rdf:about="#_00005">
          <bqbiol:is>
            <rdf:Bag>
              <rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/go/GO:0005634" />
            </rdf:Bag>
          </bqbiol:is>
        </rdf:Description>
      </annotation>
      .....
    </object>
    .....
  </data>
</bdmlDocument>

今後の課題

RDFで記述できる情報の確認
- micrometer per pixel, time intervalなどをどう記述するか：なければOntologyつくる？
全メタ情報のRDF化（SSBD & BDML）
RDFデータ登録、SPARQLエンドポイント設定（SSBD）
- Virtuoso

SPARQLthon

SPARQLthon30

TPP-onami

提供：TogoWiki

目次

参加メンバー

検討課題

SPARQLthon33 (2015/06/22, 23)での進捗

RDF化の方針

RDF化の手順

SPARQLthon30 (2015/03/12, 13)での進捗

RDF/オントロジーに関する情報

ミッション

利用するオントロジー候補

RDF化にむけて

OBOメモ

Turtle/RDF記述

BDML内のRDF記述

今後の課題

SPARQLthon

リンク

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