BH12.12/SPARQLthon/SPARQLendpoints
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目次 |
SPARQL endpoints
- W3CのSPARQL endpoint リスト
- Allie Toppage
- Allie
- SPARQL endpoints provided by Bio2RDF
- DBPedia
- UniProt official beta
SPARQL command line interfaces
- sparql.rb (Ruby SPARQL query command)
- https://gist.github.com/3385134 (バグ報告は片山までよろしくおねがいします)
- 使い方:export SPARQL_ENDPOINT="http://fat:8890/sparql" 環境変数を設定して ruby sparql.rb help を見てください
- https://gist.github.com/3385134 (バグ報告は片山までよろしくおねがいします)
% ssh gw.ddbj.nig.ac.jp % qlogin % wget https://gist.github.com/raw/3385134/ed7cc9037052b8dd5e10367a6ce82c76cf9390b0/sparql.rb % chmod 755 sparql.rb % export SPARQL_ENDPOINT="http://fat:8890/sparql" % ./sparql.rb help % ./sparql.rb query ' SELECT * FROM <http://genome.db/> WHERE { ?s ?p ?o } LIMIT 10 '
- Jena ARQ (Java/Jena)
- http://jena.apache.org/documentation/query/ ← http://jena.sourceforge.net/ARQ/
- インストール:http://www.apache.org/dist/jena/binaries/ から apache-jena の新しいのをゲット
- http://jena.apache.org/documentation/query/ ← http://jena.sourceforge.net/ARQ/
% mkdir -p /usr/local/src/jena % cd /usr/local/src/jena % wget http://www.apache.org/dist/jena/binaries/apache-jena-2.7.4.tar.gz % tar xvf apache-jena-2.7.4.tar.gz % mkdir -p /opt % cd /opt % ln -s /usr/local/src/apache-jena-2.7.5 jena % export JENA_HOMEROOT=/opt/jena % export PATH="$PATH:/opt/jena/bin" % arq --data NC_000913.2.ttl --query NC_000913.2.rq
Jena arq でリモートのエンドポイントを検索する方法は? → Jena 同梱の rsparql で可能
% rsparql --service 'http://data.allie.dbcls.jp/sparql' 'select * {?s ?p ?o.} limit 10'
SPARQLthon endpoints
- DDBJ
- SPARQL endpoint (Virtuoso)
- http://fat:8890/sparql (Uniprot ロード中)
- http://fat:8891/sparql
- http://fat:8892/sparql
- http://fat:8893/sparql (UniProt ロード済)
- グラフ
- RDF genome (RefSeq2RDF): <http://genome.db/>
- UniProt <http://purl.uniprot.org/uniprot/> (10/18からロード中、UniProt/UniRef以外はロード済み)
- CyanoBase ID (NCBI Gene IDへのリンク) <http://dbcls.rois.ac.jp/lsdb/>
- GTPS ID (NCBI Gene IDへのリンク) <http://dbcls.rois.ac.jp/lsdb/>
- EdgeStore (様々なDB ID間のリンク) <http://dbcls.rois.ac.jp/lsdb/>
- SPARQL endpoint (OWLIM-Lite)
- グラフ
- EdgeStore (default)
- RefSeq2RDF (大腸菌ロード中) http://fat:8080/openrdf-sesame/repositories/genome.db
- SPARQL endpoint (Virtuoso)
% owlim query genome.db ' SELECT * WHERE { ?s ?p ?o } limit 10 '
- MBGD
- SPARQL endpoint (OWLIM)
- http://mbgd.genome.ad.jp:8045/openrdf-sesame/repositories/mbgd (user:microbedb, password=microbedb)
- SPARQL endpoint (Virtuoso)
- SPARQL endpoint (OWLIM)
使えるポート番号がFireWallで制限されている場合のSPARQL endpointの公開法
- Apacheでリバースプロキシを設定する
この辺りを参考にした http://blog.livedoor.jp/techblog/archives/65151527.html http://sistlb.sist.ac.jp/manual/ja/urlmapping.html
httpd.confに以下の行を追加
<IfModule mod_proxy.c> ProxyRequests Off <Proxy *> Order deny,allow #Deny from all Allow from All </Proxy>
<VirtualHost *:80> ServerName hoge.huga.ac.jp RewriteEngine On RewriteRule /virtuoso/(.*) http://hoge.huga.ac.jp:8890/$1 [L,P,QSA] RewriteRule ^(.*) http://hoge.huga.ac.jp:8890/$1 [L,P,QSA] ProxyPassReverse /virtuoso/ http://hoge.huga.ac.jp:8890/ ProxyPassReverse / http://hoge.huga.ac.jp:8890/ </VirtualHost>
これでFireWall外からSPARQL endpointにアクセス可能になる。