SPARQLthon87

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第87回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

終了

SPARQLthon グループ

  • SPARQL support: Endpoint browser 開発版（守屋）
  • BioSample+ チーム (池田, 大田)
    • MetaSRA こんなものを見つけました Human RNA-Seq のメタデータに ontology mapping をしている
  • TogoDB (dev → 本番環境へ) の移行準備 (片山・西澤)
    • 切り替えまでに必要な残作業
      • 9月以降のDBを引き継ぎ
      • OWLIM から GraphDB への更新
      • ドキュメント整備
      • バグ修正
  • 植物系統情報RDF化 (鐘ヶ江, 川島, 岡別府)
    • 植物の系譜情報(家系図)のRDFスキーマ設計検討
  • TogoVar/MGenND/JVarのバリアントレコード交換の議論（片山、鎌田、佐藤、藤澤）
    • VCF仕様書の差異をdifffなどで調査とTogoVarの現状のRDF/JSON要素とRDFプロパティの対応関係の確認（藤澤）
    • VCF → RDF → ElasticSearch, Beacon etc.
  • ヒト・マウス（＋ラット、カエル）のバリアントの相互変換（桝屋・川本）
  • RDFポータルミラーサイトの統計情報生成スクリプトの検証（本間）
    • およびIntegbioデータベースカタログでのターゲットタグをもとにDB間の関係を検証
  • Kusaki (草木) DB（アンドレア）
    • UniProt, RefSeq, Ortholog DB などのデータを統合して Plant Garden のバリデーションに利用
    • 植物の Glycoprotein のアノテーションも予定

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS) 初日のみ
  • 内藤雄樹 (DBCLS) 初日のみ
  • 吉沢明康 (京大・薬／Mass++ユーザー会)
  • 村瀬雅樹 (Mass++ユーザー会)
  • 岡別府陽子(OKBP)
  • 永野朗夫 (PENQE) 24日15時まで
  • 平原麗夏 (PENQE)
  • 浅野由衣 (PENQE)
  • 黒須亮平 (PENQE) 初日のみ
  • 高月照江 (DBCLS)
  • 山田一作（野口研究所）
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 畠中秀樹 (DBCLS)
  • 小野浩雅(DBCLS)
  • 大石直哉(dogrun)
  • 仲里猛留(DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS) 2日目のみ
  • 千葉啓和 (DBCLS)
  • 池田秀也 (DBCLS)
  • 仁宮洸太 (東大薬)
  • 藤原豊史 (DBCLS)
  • 山田涼太 (fuku)
  • 知田悠生 (fuku)
  • 建石由佳 (NBDC) 初日のみ
  • 桝屋啓志（理研BRC）
  • 櫛田達矢（理研BRC）
  • 藤澤貴智（NIG）
  • 福島敦史（理研CSRS）初日のみ
  • Andrea Ghelfi (かずさDNA研)
  • 佐藤大輔 (Lifematics)
  • 平川英樹（かずさDNA研）
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 田中聡 (Trans-IT / Mass++ユーザー会)
  • 鐘ケ江弘美 (NARO)
  • 大石直哉 (DOGRUN)初日のみ
  • 三橋信孝(NBDC)初日のみ
  • 豊岡理人(NBDC)初日のみ
  • 門間則和 (日立)
  • 申在紋 (DBCLS)
「/mw/SPARQLthon87」より作成