SPARQLthon55
提供:TogoWiki
第55回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間:2017年 4月 13(木)- 14日(金)
- 開催場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
- アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
プロジェクト
TPP グループ全体
H29〜
- データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- 糖鎖情報のRDF連携について(新町)
- glycoinfo-Stanza(山田)
- 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
- 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
- エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
- TPP-oki (おおた)
- ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
〜H29
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
継続中(〜H30)
SPARQLthon グループ
- Portable Portal - Triplestore Container Imaging [1] (青木)
- SPARQList の Dockerfile SPARQList#Dockerfile (片山)
- LOD4ML http://lod4ml.org/ (永野・川島・片山)
- SPANG で AllegroGraph にアクセスしてみた(千葉)
- TogoStanzaのEPをAllegroGraphに変更してみた結果 (岡別府)
- GGGenome-CyanoBase メタデータ作成(藤澤)
- 日本語メタデータについて、LSD, J-Grobalで確認して、属名レベルを付与した
- SPARQL Builder 3年計画(山口・山本・小林・桝屋・古崎)
- 桝屋さんの示した出来上がりイメージを,これまで作ってきた技術を利用して実現する
- 新規開発技術: メタデータカタログ,連合検索
- UmakaViewer ユーザフィードバック(山口・山本・小林・桝屋・古崎)
- Stanza開発
- 桝屋 1個(汎用表スタンザ:鋭意公開準備中) テスト版http://phenomodel.riken.jp/stanza/ztrap/ (連邦検索のせいで表示うまく出ない場合あり)
- 糖鎖グループ 15個( js-stanza 12個、ruby-stanza 3個) (GlyTouCanなどで利用)/mw/Glycoinfo-Stanza
- CyanoBase 6個 http://genome.microbedb.jp/stanza
- 基生研 17個 http://mbgd.genome.ad.jp/stanza
- MicrobeDB.jp 公開 87個 非公開(要認証情報) 23個
- TogoGenome 59個
今後の予定
- 8月は和光開催?
- 国内版バイオハッカソン BH17.11
- RDF化ガイドライン最新版 → RDFizingDatabaseGuideline
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 岡別府陽子(MSS)
- 坊農秀雅 (DBCLS)
- 山口敦子 (DBCLS)
- 山本泰智 (DBCLS)
- 吉沢明康(京大・薬)
- 永野朗夫(PENQE)14日は15時まで
- 千葉啓和(DBCLS)
- 山田一作(野口研究所)13日は午後から参加
- 青木・ポール信行(SPARQLiTe)13日のみ
- 新町大輔(創価大)
- 小林紀郎(理研)13日の夕方から
- 古崎晃司(阪大)14日のみ
- 守屋勇樹 (DBCLS)
- 仲里猛留 (DBCLS)
- 藤原豊史 (DBCLS)
- 藤澤貴智(遺伝研)
- 田中聡 (Trans-IT)
- 大石直哉 (DOGRUN)
- 内藤雄樹 (DBCLS) 13日のみ
- 佐藤大輔 (レベルファイブ) 13日のみ
- 平川英樹(かずさ)
- 畠中秀樹 (NBDC) 14日のみ
- 五斗進(DBCLS)
- 桝屋啓志(理研BRC)14日のみ
- 櫛田達矢(NBDC)14日のみ
- 富川弓子(JST)14日のみ
- 時松敏明(DDBJ)14日のみ
- 大田達郎(DBCLS)13日は午後のみ
- 小野浩雅 (DBCLS)