BH11.11

提供：TogoWiki

統合データベース技術情報交換ワークショップ

昨年度の BH10.10 に引き続き、今年も１１月２１日から２５日に伊豆修善寺にて、国内のライフサイエンスデータベースの構築者と利用者向けの技術勉強会を開催いたします。

• 主催：ライフサイエンス統合データベースセンター
• 共催：国立遺伝学研究所 DDBJ

目次 1 開催趣旨 2 開催概要 3 会場 3.1 ラフォーレ修善寺 研修センター 3.2 アクセス 3.3 ネットワーク環境 4 主なテーマ 5 プログラム 5.1 2011-11-21（月） 5.2 2011-11-22（火） 5.3 2011-11-23（水） 5.4 2011-11-24（木） 5.5 2011-11-25（金） 6 ログ 7 参加者 8 オーガナイザー

開催趣旨

8/21-26に行った NBDC/DBCLS BioHackathon では，データベースをRDFで記述する技術の開発およびRDF生成の試みが行われた．これらの成果を受け，DBCLSではRDFデータを格納するトリプルストアの開発運用と，それに基づいた効果的なデータの検索・表示・修正を行うことができるインターフェイスとして統合検索プロトタイプの構築を開始した．しかし、本年度のターゲットであるデータベースアーカイブや微生物ゲノム統合のデータをRDF化し統合的に活用するためには，近日中にソフトウェア開発者とデータベース運用者が集まって，ヒアリングを含めた実務的な集中会議と開発の機会をもつ必要に迫られている。昨年度、BioHackathonの成果を国内の研究者・技術者に還元するために，遺伝研との共催により修善寺で開催した国内版の BioHackathon は大変有意義であった。今年度の残り時間が限られていることを鑑み，今回は前年度実施した開催要項を踏襲しつつ，開催の目的を上記の開発に絞ったうえで，遺伝研DDBJとの共催により11/21-25の日程で昨年同様に修善寺にて合宿形式で会議を行いたい．

開催概要

• 開催期間：２０１１年１１月２１日（月）〜２５日（金）
• 開催場所：静岡県修善寺 ラフォーレ修善寺

会場

ラフォーレ修善寺 研修センター

• アクセス：http://www.laforet.co.jp/lfhotels/szj/access.html
• メイン会場 1F 5番6番研修室(二間続きでひと部屋扱い)
• 分科会場 2F 4番研修室
• 宿泊: コテージB棟(9名用コテージx8)を丸々借りる予定
  • 一泊あたり夕朝昼食付きで，10,000円となっております．宿泊なしの食事は朝2000円，昼1000円，夕2000円です．受付時に招聘者も含め，全員お支払い下さい(招聘者には後日相当額が口座に振り込まれます)．
• 食事: 研修センター メイン会場の横のレストランを予定
• 地図：http://www.laforet.co.jp/lfhotels/szj/pdf/resortmap.pdf
  • 研修センターはマップ中央下側
  • 宿泊するコテージB棟は中央上側の411-418と番号があるところになります

アクセス

ラフォーレ修善寺までのアクセスについては、電車でお越しの方には、伊豆箱根鉄道の修善寺駅からシャトルバスが出ておりますので、そちらのご利用をお勧めします。シャトルバスにて「センターハウス」でお降りいただくと会場に最も近いです（バス停に会場である研修センターまでの案内板を立ててもらう予定です）。 時刻表をご参照ください。

ネットワーク環境

研修室内およびセンターフロント内で無線LAN が利用可能です。残念ながら、宿泊のコテージ内は無線LANが使えません。 研修室は会期中一日開放しますので、そちらでアクセスしていただければと存じます。研修室では、有線LANの提供もございます。LANケーブルをご持参いただければご利用可能です。

携帯電話の電波状況は、docomo, au, SoftBank が良好で、WIllcom、WiMAXが不良とのことです。 イーモバイルは現地で問題無く接続出来ます。

主なテーマ

• LOAD (Linked Open Alzheimer's disease Data)
  • BioHackathon 2011のフォローアップ
• 糖鎖
  • FlyGlycoDBのRDF化
• ヒト・環境メタゲノムメタデータのオントロジー整備とRDF化
• セマンティックゲノムアノテーションデータベースの試作
• データベースアーカイブの RDF 化
• LinkDB RDF の構築・拡張
• オルソログクラスターへの自動命名手法の開発２
• 生物学辞書のRDF化
• 統合検索とRDFからの表データ生成
• オープンバイオ
• BioDBCore2
• 使いやすいLODに関する考察
• コケ
• オーソログテーブルのRDF化
• PDBj 今後改良すべき点のリスト

プログラム

2011-11-21（月）

• 13:00 〜 13:30 受付
• 13:30 〜 17:00 開発会議
• 17:00 〜 18:00 まとめ
• 19:00 〜 20:00 夕食

2011-11-22（火）

• 8:00 〜 9:00 朝食
• 9:00 〜 12:00 開発会議
• 12:00 〜 13:00 昼食
• 13:00 〜 17:00 開発会議
• 17:00 〜 18:00 まとめ
• 19:00 〜 20:00 夕食

2011-11-23（水）

• 8:00 〜 9:00 朝食
• 9:00 〜 12:00 開発会議
• 12:00 〜 13:00 昼食
• 13:00 〜 17:00 開発会議
• 17:00 〜 18:00 まとめ
• 19:00 〜 20:00 夕食

2011-11-24（木）

• 8:00 〜 9:00 朝食
• 9:00 〜 12:00 開発会議
• 12:00 〜 13:00 昼食
• 13:00 〜 17:00 開発会議
• 17:00 〜 18:00 まとめ
• 19:00 〜 20:00 夕食

2011-11-25（金）

• 8:00 〜 9:00 朝食
• 9:00 〜 12:00 開発会議
• 12:00 〜 13:00 昼食
• 13:00 〜 15:00 開発会議
• 15:00〜17:00 成果報告

ログ

• Togetter

参加者

DBCLS

• 岡本忍, 河野信, 川本祥子, 金進東, 呉紅艶, 山口敦子, 山本泰智, 王悦, 内藤雄樹, 大田達郎

HGC

• 片山俊明, 川島秀一

黒川研

• 黒川 顕, 森宙史, 吉野, 竹原

遺伝研

• 中村保一, 藤澤貴智, 神沼英里, 菅原秀明, 重元康昌

基生研

• 内山郁夫, 千葉啓和, 西出浩世

AIST

• 鹿内俊秀, 鈴木芳典, 澤木弘道

野口研

• 山田一作

理研

• 加藤雅樹

創価大

• 木下聖子

阪大

• 金城玲, 後藤直久

医科歯科大

• 荻島創一

NBDC

• 畠中秀樹, 熊谷禎洋, 大久保克彦, 櫛田達矢

BIRC

• 村上勝彦, 山崎千里

NII

• 加藤文彦, 南佳孝

その他

• 西澤達也, 竹尾然生, 渡辺敦, 松矢明宏

オーガナイザー

• 山口敦子（ライフサイエンス統合データベースセンター）
• 山本泰智（ライフサイエンス統合データベースセンター）
• 金 進東（ライフサイエンス統合データベースセンター）
• 呉紅艶（ライフサイエンス統合データベースセンター）
• 王悦（ライフサイエンス統合データベースセンター）
• 岡本忍（ライフサイエンス統合データベースセンター）
• 河野信（ライフサイエンス統合データベースセンター）
• 川本祥子（ライフサイエンス統合データベースセンター）
• 片山俊明（東京大学医科学研究所）
• 川島秀一（東京大学医科学研究所）
• 中村保一（国立遺伝学研究所DDBJ）