BH11.11/LinkDB RDF
提供:TogoWiki
- Agenda
- Turtleでは、データベースエントリーIDに数字ではじまるものが使えない(QNAMEの仕様)ので、現状のRDFに修正が必要
- LinkDB RDFのOWLを作成(より一般的に、データベースエントリーのリンク情報について記述できるOWLが望ましい)
- LinkDB RDFで扱うデータベースに関して、BioDBCore、MEDALS、DBアーカイブなども考慮しつつ、どのようなメタ情報をつけるか考えて、メタ情報RDFを構築
- 現状のエントリー間の関係情報から踏み込んで、コンテンツレベルでの関係にまで情報を詳細化できるか考える
- やると実際に便利なのかどうか、具体例
- やるとするとどこまでできるか(優先的に作業するデータベースの選択など)
- 将来、これまでのようなデータベースエントリーという概念が希薄化したときに、既存のLinkDBはどう位置づけられるだろうか
- LinkDB が現在対象としていないデータベースについて、どのようにリンクを繋げていくことができるか考える
- DBアーカイブのコンテンツで、LinkDBにどの程度つながるか。またはどの程度の追加作業で、LinkDBにつながるか
- LinkDB の具体的な応用を考える
- 例えば、Gene Set Enrichment Analysis で、遺伝子セットが与えられた時、データベースエントリーのネットワークは役に立つのか
勝手にリクエスト
- http://www.genome.jp/linkdb/pdb/7TIM とリクエストすると、以下のようなRDFを返してくれるといいなぁ
<http://www.genome.jp/linkdb/pdb/7TIM> <http://www.genome.jp/linkdb.owl#original_site> <http://pdbj.org/rdf/7TIM> . <http://pdbj.org/rdf/7TIM> <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_kegg_enzyme> <http://www.genome.jp/enzyme/5.3.1.1> ; <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_kegg_genes> <http://www.genome.jp/genes/sce:YDR050C> ; <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_uniprot> <http://purl.uniprot.org/uniprot/P00942> ; <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_pdbstr> <http://www.genome.jp/pdbstr/7TIMA> , <http://www.genome.jp/pdbstr/7TIMB> ; <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_interpro> <http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=IPR000652> , <http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=IPR013785> , <http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=IPR020861> , <http://www.ebi.ac.uk/interpro/IEntry?ac=IPR022896> ; <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_pfam> <http://pfam.sanger.ac.uk/family?entry=PF00121> ; <http://www.genome.jp/linkdb.owl#to_pubmed> <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/2043623> .
こうすると、述語でデータベースの種類がフィルターできる。できれば、さらにLinkDB内でのリンクも付け加えたらもっと良い:
<http://www.genome.jp/linkdb/pdb/7TIM> <http://www.genome.jp/linkdb.owl#in_linkdb> <http://www.genome.jp/linkdb/enzyme/5.3.1.1> , <http://www.genome.jp/linkdb/genes/sce:YDR050C> , <http://www.genome.jp/linkdb/uniprot/P00942> , <http://www.genome.jp/linkdb/pdbstr/7TIMA> , <http://www.genome.jp/linkdb/pdbstr/7TIMB> , <http://www.genome.jp/linkdb/interpro/IPR00652> , .....
- 結局のところ、現在の LinkDB のウェブページで表示されるデータがそのままRDFになったようなイメージかな?
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