BH11.11/オープンバイオ
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BioRuby
機能拡張・バグフィックス
- 最近のBioRubyメーリングリストの話題 -- 異なる環境(Linux, Windows, Mac)、Rubyバージョン(Ruby 1.8.7, Ruby 1.9.3)でBioRubyのテストを動かしてError/Failureの有無をチェック
- (完了) Windows 7 Enterprise + Ruby 1.9.3-p0 (mingw32) でのError/Failureを直す
- 11/21 ??:??: 8 failures, 4 errors
- 11/22 14:50: 8 failures, 3 errors
- PhyloXMLのテストで一時ファイルをオープンしたまま削除しようとしていたのを修正
- 11/22 17:10: 5 failures, 3 errors
- コマンドライン文字列のテストに使用するテスト文字列を変更
- 11/22 17:35: 3 failures, 3 errors
- Windowsの識別をミスっていた部分を修正
- 11/23 15:09: 0 failures, 0 errors
- ファイル読み込み時にバイナリモードを使用
- (完了) Windows 7 Enterprise + Ruby 1.9.3-p0 (mingw32) でのError/Failureを直す
- ネットワークを使ったテストを分離し、デフォルトで実行しないようにする
- 11/24 午前: 完了
- 今後の課題: ネットワーク通信のモックによるエミュレートを行う
- TODO
- 「独自パッチ」「ローカルパッチ」募集中
- Fasta形式・Fastq形式出力時のID二重出力問題について
RDF入出力: オブジェクトのRDF化 / RDFデータの読み込み
- これまでのBioHackathonなどで開発されたコードの活用
- TogoWSで動いているRDF出力コード
- MEDLINE -> RDF 変換 (Turtle形式出力) -- medline.ttl.erb
- （かたやまさん、西澤さんから貰う -- done）
- TODO: プラグイン化、または本体に取り込む
- bioruby-rdf は下記参照
- MEDLINE -> RDF 変換 (Turtle形式出力) -- medline.ttl.erb
- bioruby-rdf -- written by Raoul during BioHackathon 2011
- Feature付き配列データのDDBJ RDF 出力に対応
- 後日の課題: DDBJのRDFが更新されるのでそれに追従
- 今のところはDDBJ形式には変更無し。GTPS向けの変更(BH11.11/セマンティックゲノムアノテーションデータベースの試作に記載)が後日取り込まれるはず。
- HMMER3 output to RDF/XML -- written by Chris Z during BioHackathon 2011 (bh11/wiki/OpenBio)
- HMMER3 結果の RDF/XML出力
- TODO: プラグイン化、または本体に取り込む
- https://github.com/yeban/bioruby/tree/rdf -- written by Anurag Priyam during Google Summer of Code 2010 (Phyloinformatics with NESCent)
- 汎用RDFライブラリ的な作り
- 開発途上でGSoC期間が終了、そのまま放置？
- 開発意図不明のため後回し
- TogoWSで動いているRDF出力コード
- TODO: ドキュメントやサンプルの整備
- TODO: Bio::FlatFile (データ入力)および Bio::Sequence::Output (配列データ出力)の改良
- 配列以外のデータ出力の汎用化
- 参考
- rdf.rb -- Ruby用のRDFライブラリのデファクトスタンダード
- BH11.11/生物学辞書のRDF化 と BH11.11/コケ でも利用
- rdf.rb -- Ruby用のRDFライブラリのデファクトスタンダード
メンバー
- 後藤
- 片山
- 西澤
