SPARQLthon20

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第20回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

注意事項

  • 今回は JST の会場をお借りしますので、部屋の利用は両日とも 10:00〜18:30 の間だけとなります。
  • 部屋での飲食はできない可能性がありますので、差し入れは遠慮させて頂きたく思います。
  • 当日、隣の部屋で面接選考を行っているとのことで、ご配慮頂ければと思います。

無線LAN

  • パスワード等の書かれた案内用紙を回覧します。

プロジェクト

TPP グループ

  • 有田グループ（有田・櫻井・時松・小寺）
    • 有田
      • 化合物の中には複数のコンポーネントから生合成されているものがある
      • 糖脂質（糖鎖＋脂質）、アルカロイド＋テルペノイド、といった化合物を RDF でどう記述するか（記述するのか）を検討
    • 櫻井
      • メタボロームのメタデータの RDF 化に必要なオントロジーの整備
    • 小寺、時松
      • IUPAC-IUBMB による標準化語彙との関係や、まだ標準化されていない化合物グループがあるかなど。
  • 黒川グループ (森・山本・藤澤・鈴木・千葉・矢野）
    • 森
      • データ更新の前に、どういうデータを新規に収集する必要があるか
      • 既存のゲノム RDF、メタゲノム RDF の構造やオントロジーを更新したい（リストアップから）
    • 千葉
      • オーソログの真核対応
    • 藤澤
      • ゲノム RDF の真核対応
      • RNA-Seq のメタデータの RDF 化を検討 ← RefEx は微生物を対象にしていないので RDF 化を共通化出来るか検討
      • 微生物の RNA-Seq はめっちゃくちゃ増えている（しかもリファレンスゲノムがない）、単離したものとメタトランスと両方ある
  • 菅野グループ (河野)
    • 河野
      • ゲノム、トランスクリプトーム、エピゲノムのデータが出てくる
      • ゲノム以外を RDF 化する際のオントロジー、細胞株などのメタデータを表現するオントロジーを調査
  • 桝屋グループ
    • 桝屋
      • フェノーム統合データベース：各生物種ごとにフォーマットや表現方法がバラバラな表現型を RDF で統一化する
      • 表現型のデータ（疾患・検査結果・遺伝子発現など）と、生物（バイオリソースなど）を表現するスキーマを共有
      • Phenotypic quality data -> Organism, Quality type, Quality value, Biological process, Phenotype, Parameter ...

SPARQLthon グループ

  • TogoGenome (川島・片山・永野・岡別府・守屋）
    • 川島
      • ExpressionAtlas (EBI RDF) のスタンザを作る（前回 Chembl をやった）
    • 片山
      • ゲノム情報の RDF 化で、RDF summit の結果 (Ensembl/RefSeq/DDBJ 共通 RDF 化) をうけて黒川グループと相談
      • insdc2ttl.rb のバグ fix、gene/mRNA/CDS 対応問題 → https://dl.dropboxusercontent.com/u/429992/20140528-insdc2ttl.pdf
      • データ更新 → TogoStanza の SPARQL 更新
      • インフォコムさんの Stanza をマージ
    • 永野
      • ID mapping の UI
  • SPARQL builder (小林・戀津・山口・呉・櫛田・畠中・大久保)
    • 小林
      • エンドポイントからメタデータを取得するクローラの開発
    • 山口
      • TogoTable との連携
      • Database archive にクラス指定をできるだけつけてみて、SPARQL builder で使えるか検討 (櫛田・畠中・大久保)
  • RDF <-> SQL, NoSQL, Neo4j etc. (大田・山中・片山)
  • リアクションオントロジー (小寺・時松)
    • 小寺
      • オントロジーの整備＋論文化対応 http://reactionontology.org/
      • KCF-S (KEGG Chemical Function and Substructures) 利用による、化学部分構造データのオントロジー組み込み
  • IUPAC-IUBMBの国際生化学命名委員会への働きかけ（小寺・時松）
  • Virtuoso 設定

FederatedQueryGUI.png

  • 追記願います

参考リンク

参加者

  • 片山俊明（DBCLS）
  • 川島秀一（DBCLS）
  • 小林 紀郎 (理研)
  • 戀津 魁 (理研)
  • 藤澤貴智（遺伝研）
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 時松敏明 (DBCLS)
  • 木下聖子 (創価大)　２７日のみ
  • 藤田晶大 (創価大)　２７日のみ
  • 山田一作 (野口研)
  • 松原正陽 (野口研)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 櫻井望（かずさ）２７日のみ
  • 小寺正明（東工大）
  • 森宙史（東工大）
  • 大田達郎（DBCLS）
  • 永野朗夫 (PENQE)　２７日のみ
  • 千葉啓和 (基生研)　２７日のみ
  • 山中遼太 (先端研)　２７日のみ
  • 坂東明日佳 (NBDC)
  • 山本希（東工大）
  • 矢野雅大（東工大）
  • 鈴木真也（東工大）
  • 櫛田達矢（NBDC）
  • 畠中秀樹（NBDC）
  • 有田正規（遺伝研）
  • 桝屋啓志（理研）
  • 山本泰智（DBCLS）
  • 板谷英駿（慶応大）

ランチマップ

https://maps.google.co.jp/maps/ms?msid=200420534780458938750.0004cc883fbc3c4317ffe&msa=0&dg=feature

「/mw/SPARQLthon20」より作成