SPARQLthon20/TPP-arita

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有田グループの検討事項

糖鎖グループとの連携

  • 糖脂質の構造情報(MOLファイルはないため、糖鎖の書き下し文字列レベル)を提供可能
  • 糖脂質の構造は主に糖鎖構造のみであり、脂質部分のバリエーションは情報がない
  • 糖脂質は糖と脂質の両方が決定されている場合は少なく、たいていはいずれか一方のデータ

次回(6月18日)までに、糖脂質の糖鎖系列情報をまとめて、糖鎖グループに提供(化合物の母核に相当する概念)

化合物アノテーション用のオントロジー設計

化合物のRDF化とは別に、メタボロミクス用のオントロジーが必要。 メタボロミクスにおいて、化合物を同定 (identify) はしていなくとも、母核や修飾基がわかる場合が多い。 またイオン化した際の金属付加イオンの情報も、標準記法がない。


リソースの整理
  • 理研CSRSとかずさDNA研究所におけるMS2アノテーションの結果
  • 代謝物の母核情報
  • CSRSにおける植物メタボロームの一覧とそのクラス分け

→ BioPortal などをみて既にアノテーション情報があるか、サーベイすべき

KNApSAcK情報のRDF化
  • NBDC側で作成するKNApSAcKデータのRDF情報と、今後RDF化する生理活性情報のすりあわせ

→ EBI, NCBI における生理活性の predicate を調べておくべき

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