SPARQLthon20/dbcatalog

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目次

目的

IntegbioデータベースカタログのRDFデータの作成、公開

  • SPARQLthon18の続き

http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/index.php/SPARQLthon18/DBcatalog

HCLS dataset description guidelineを参考に作成した前回までのサンプルについてDCAT (Data Catalog Vocabulary) http://www.w3.org/TR/vocab-dcat/ をもとに再設計する。

DCATをもとにRDFサンプルを再設計する。

  • RDFサンプル 5/19/14 ver.

https://docs.google.com/document/d/1a7nlztjD2Y9suf2D_5Fff4v28tcPinnGLOByTTIfkzE/edit?usp=sharing

  • RDFスキーマ (作成中) 5/19/14 ver.

https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key=0An9f3gertKxTdG5fQ3BScEEzdWlNS01ickFpbEp4S1E&usp=sharing


dcat:Catalog

<http://integbio.jp/resource/dbcatalog/>
 a dcat:catalog;
 dct:title “Integbio Database Catalog”@en;
 dct:title “Integbioデータベースカタログ”@ja;
 rdfs:label “Integbio Database Catalog”@en;
 rdfs:label “Integbioデータベースカタログ”@ja;
 foaf:homepage <http://integbio.jp/dbcatalog/>;
 dct:publisher _:a01;
 dct:language <http://id.loc.gov/vocabulary/iso639-1/en>, <http://id.loc.gov/vocabulary/iso639-1/ja>.

_:a01
 a foaf:Organization;
 rdfs:label “Japan Science and Technology Agency National Bioscience Database Center"@en;
 rdfs:label "独立行政法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター"@ja.

dcat:Dataset

<http://integbio.jp/resource/dbcatalog/nbdc01381#dataset>
 a dcat:Dataset ;
 dct:identifier "NBDC01381"^^xsd:string;
 dct:title "Strawberry GARDEN"@en; 
 dct:title "Strawberry GARDEN"@ja;
 dct:alternative "Strawberry Genome And Resource Entry"@en;
 dct:alternative "Strawberry Genome And Resource Entry"@ja;
 dcat:landingPage <http://strawberry-garden.kazusa.or.jp/>;
 dct:publisher _:b01;
 dct:description "in preparation"@en;
 dct:description "食用イチゴのゲノムに関するデータベースです。栽培品種であるFragaria x ananassaのゲノムを近縁野生種4種と比較し、公開されている1品種のゲノム上にマップして得られた遺伝子の、シーケンスやアノテーション情報を収 録しています。データはキーワードやBLASTによる検索が可能です。マーカーリストのデータベースも含んでいます。"@ja;
 dcat:theme _:c01;
 dcat:theme _:c02;
 dcat:theme _:c03;
 dcat:theme _:c04;
 dcat:theme _:c05;
 dcat:theme _:c06;
 dcat:keyword "Genome"@en;
 dcat:keyword "Tag sequence (nucleic acid)"@en;
 dcat:keyword "Organism"@en;
 dcat:keyword "Sequence"@en;
 dcat:keyword "ゲノム"@ja;
 dcat:keyword "タグ配列 (核酸)"@ja;
 dcat:keyword "個体/種"@ja;
 dcat:keyword "配列"@ja;
 cito:citesAsAuthority <http://identifiers.org/pubmed:24282021>;
 dct:language <http://id.loc.gov/vocabulary/iso639-1/en>;
 dct:available "Active"@en;
 dct:available "稼働中"@ja;
 rdfs:seeAlso http://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/knapsack/desc.html;
 rdfs:seeAlso http://medals.jp/list/detail/131;
 
_:b01
 a foaf:Organization;
 rdfs:label "Kazusa DNA Research Institute"@en;
 rdfs:label "かずさディー・エヌ・エー研究所"@ja; 
 rdfs:seeAlso <http://ns.jst.go.jp/id/200905053958299809>;
 dbpedia:country <http://dbpedia.org/resource/Japan>;

_:c01
 a skos:Concept ;
 a sio:SIO_010000;
 seeAlso <http://identifiers.org/taxonomy/3747>.

_:c02
 a skos:Concept ;
 a sio:SIO_010000;
 seeAlso <http://identifiers.org/taxonomy/64939>.

_:c03
 a skos:Concept ;
 a sio:SIO_010000;
 seeAlso <http://identifiers.org/taxonomy/101012>.

_:c04
 a skos:Concept ;
 a sio:SIO_010000;
 seeAlso <http://identifiers.org/taxonomy/60188>.

_:c05
 a skos:Concept ;
 a sio:SIO_010000;
 seeAlso <http://identifiers.org/taxonomy/101013>.

_:c06
 a skos:Concept ;
 a sio:SIO_010000;
 seeAlso <http://identifiers.org/taxonomy/57918>.

dcat:CatalogRecord

  • Japanese
<http://integbio.jp/resource/dbcatalog/nbdc01381#ja_record>
 a dcat:CatalogRecord;
 dct:language <http://id.loc.gov/vocabulary/iso639-1/ja>;
 dct:issued "2014-01-20T00:00:00Z"^^xsd:dateTime;
 dct:modified "2014-01-20T00:00:00Z"^^xsd:dateTime;
 foaf:primaryTopic <http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01381>.
  • English
<http://integbio.jp/resource/dbcatalog/nbdc01381#en_record>
a dcat:CatalogRecord;
dct:language <http://id.loc.gov/vocabulary/iso639-1/en>;
dct:issued "2014-01-20T00:00:00Z"^^xsd:dateTime;
dct:modified "2014-01-20T00:00:00Z"^^xsd:dateTime;
foaf:primaryTopic <http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01381>.

生物種 (NCBI taxonomy IDの記述)

_:c01
 a skos:Concept ;
 a sio:SIO_010000;
 seeAlso <http://identifiers.org/taxonomy/3747>.

DBCLSのendpoint (テスト環境)にロード、クエリを投げてチューニング

  • テスト環境

http://dba.dbcls.jp/sparql グラフ名 http://integbio.jp/dbcatalog

残りの課題

  • リソースのURI設計
  • 多言語化問題再燃 graphを分ける?
  • 他、、

参考 

個人用ツール