TPP-DB

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*ゲノム、ゲノムの中の位置情報、オルソログ、遺伝子・遺伝マーカー・QTL、アレル,バリアント、SNP、Genotype等
*ゲノム、ゲノムの中の位置情報、オルソログ、遺伝子・遺伝マーカー・QTL、アレル,バリアント、SNP、Genotype等
*[[TPP-Ontology#INSDC RDFスキーマ]]
*[[TPP-Ontology#INSDC RDFスキーマ]]
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* [http://mbgd.genome.ad.jp/ontology/ Ortholog Ontology (OrthO)]
=== ラベル、別名 ===
=== ラベル、別名 ===

2015年2月10日 (火) 08:44時点における最新版

統合化推進プログラム (TPP) の各グループが持つデータベースを俯瞰し、RDF による統合データベース化にあたって共通化できる部分を検討する。

目次

各 TPP DB の共通 RDF モデル／オントロジー

TPP 各グループのデータ分野とRDF化対象の表

７ページ目の図を参考程度に

各プロジェクトのスキーマに関しては、下記にそれぞれ図をアップする。

TODO

  • 各分野ごとに共通に使用する RDF モデルとオントロジーを整理する
  • 分野間をまたぐ property (predicate) も揃えたい。共通のSPARQLが使え、スタンザを共用／プロジェクト横断スタンザができたりする？
  • できるだけ各分野間で（rdfs:seeAlso などで）リンクしあいましょう (URI はできれば Identifiers.org のもので）リンクトデータの原則
  • 具体的なプロジェクト間連携の例・・・

Biological entity

生物サンプルをtaxionomy ontologyとリンクさせて記述する

化合物

文献

数値／定量値

単位付き数値。15g、10cm等の記述方法

ゲノム関連

ラベル、別名

skos:preflabel, rdfs:label, skos:altlabelを使用する。 rdfs:labelと、skos:pref, altlabelとは、ダブらせている人が多い模様。reasoningを通す人はまだ少ないので。

画像

候補：foafを使う案

  • 画像からデータ（写っているものなど）　　foaf:depicts　　（主語owl:Thing 述語foaf:Image）
  • データから画像（データに関する画像）　　foaf:depiction （主語owl:Thing 述語foaf:Image）

foafそのものが良いかどうかも要検討

国名

研究施設

その他To do

  • 遺伝子の共通IDは可能か

SPARQLthon 25 (2014/10/27)

  • ゲノムの図が追加されました（片山さん感謝）
  • 別名の件と、画像の件を追加
  • （11/4追記）川島さんから情報

　　ここの方法２：^^を使ってリテラルに属性を書く に関して、DBPedia では、上記でいうところの方法２を利用しており、単位系を、datatype としてまとめています。http://mappings.dbpedia.org/index.php/DBpedia_Datatypes 例えば、

日本のDBpedia の記事（RDF版）では、USドルだと 

dbpedia:Japan dbpprop:gdpNominalPerCapita
"39321.0"^^<http://dbpedia.org/datatype/usDollar> .

死海のDBpedia の記事 （RDF版）では 面積（平方Km）だと、 

dbpedia:Dead_Sea ns131:areaOfCatchment
"41650.0"^^<http://dbpedia.org/datatype/squareKilometre> .

のように記述されています。

DBpedia datatype で、各種単位系が十分網羅されていれば、これを使うのも手かなと思いました。

SPARQLthon 24 (2014/9/25)

  • Biological entityについて、前回の合意（議論？）に沿ってまとめた。SPARQLthon24#biological entity taxonプロパティは共通化できるかも。
  • 数値／定量値について、桝屋Gも黒川Gと同様の記述とする

SPARQLthon 23 (2014/8/18)

  • RDF化対象の表のうち、"実験結果、データ"　に分類されている項目については、スキーマ作成を先行させるのではなく、TPPグループ関係者で、まずRDFデータを作った後に、お互いにレビューすることで進めていく。
  • 現状、気をつけたいことは、主要な語彙（RDF, RDFS, OWL, SKOS, DC, DCterm, FOAF等）にある語彙が利用できる場合は利用すること。
    • データのIDを記述する場合は、dc:identifiers を利用する。
    • 各プロジェクトで使うオントロジーは、RDF化対象の表を参照。
    • 前回おおまかに合意している、 biological entity, 化合物、ゲノムに関しては、生物種／分野横断的に使えるので、共通して使っていく。
  • "統合化"について、見せる成果としては、具体的にデータ連携するプロジェクト間を繋ぐスタンザを作成する、をとりあえずの目標とする。
  • 各プロジェクトが各分野で世界とつながることが重要。TPP内統合が小さくまとまらないように。
  • SPARQLthon23#文献 櫛田さんより、個々の文献の識別にどのIDが使えそうか検討の報告

SPARQLthon 22 (2014/7/15)

SPARQLthon 22 (2014/6/18)

「/mw/TPP-DB」より作成