SPARQLthon87

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	* RDFポータルミラーサイトの統計情報生成スクリプトの検証（本間）		* RDFポータルミラーサイトの統計情報生成スクリプトの検証（本間）
	** およびIntegbioデータベースカタログでのターゲットタグをもとにDB間の関係を検証		** およびIntegbioデータベースカタログでのターゲットタグをもとにDB間の関係を検証
		+	* Kusaki (草木) DB（アンドレア）
		+	** UniProt, RefSeq, Ortholog DB などのデータを統合して Plant Garden のバリデーションに利用
		+	** 植物の Glycoprotein のアノテーションも予定
	=== 今後の予定 ===		=== 今後の予定 ===

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2019年12月24日 (火) 09:43時点における最新版

第87回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.1.1 継続中 2.1.2 終了 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2019年 12月 23（月）- 24日（火）
• 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
• 周辺の食事処 Google Map

プロジェクト

TPP グループ全体

• https://tinyurl.com/tpp-ut ユーザビリティテストの課題について議論

継続中

• データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
  • 本番環境の再構築（藤澤）
• 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
  • GlyCosmos GlycoGene https://glycosmos.org/ggdbs/index , GlyCosmos SPARQList https://sparqlist.glycosmos.org/sparqlist/
    • . GGDB SPARQL endpoint https://sparql.glycoinfo.org/sparql

• 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
• 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
• エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
• ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
• 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
• プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/
  • サーバー入れ替えによる新サーバーの環境構築（守屋）

終了

• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
• プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)

SPARQLthon グループ

• SPARQL support: Endpoint browser 開発版（守屋）
• BioSample+ チーム (池田, 大田)
  • MetaSRA こんなものを見つけました Human RNA-Seq のメタデータに ontology mapping をしている
• TogoDB (dev → 本番環境へ) の移行準備 (片山・西澤)
  • 切り替えまでに必要な残作業
    • 9月以降のDBを引き継ぎ
    • OWLIM から GraphDB への更新
    • ドキュメント整備
    • バグ修正
• 植物系統情報RDF化 (鐘ヶ江, 川島, 岡別府)
  • 植物の系譜情報(家系図)のRDFスキーマ設計検討

• TogoVar/MGenND/JVarのバリアントレコード交換の議論（片山、鎌田、佐藤、藤澤）
  • VCF仕様書の差異をdifffなどで調査とTogoVarの現状のRDF/JSON要素とRDFプロパティの対応関係の確認（藤澤）
  • VCF → RDF → ElasticSearch, Beacon etc.
• ヒト・マウス（＋ラット、カエル）のバリアントの相互変換（桝屋・川本）
• RDFポータルミラーサイトの統計情報生成スクリプトの検証（本間）
  • およびIntegbioデータベースカタログでのターゲットタグをもとにDB間の関係を検証
• Kusaki (草木) DB（アンドレア）
  • UniProt, RefSeq, Ortholog DB などのデータを統合して Plant Garden のバリデーションに利用
  • 植物の Glycoprotein のアノテーションも予定

今後の予定

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 坊農秀雅 (DBCLS) 初日のみ
• 内藤雄樹 (DBCLS) 初日のみ
• 吉沢明康 (京大・薬／Mass++ユーザー会)
• 村瀬雅樹 (Mass++ユーザー会)
• 岡別府陽子(OKBP)
• 永野朗夫 (PENQE) 24日15時まで
• 平原麗夏 (PENQE)
• 浅野由衣 (PENQE)
• 黒須亮平 (PENQE) 初日のみ
• 高月照江 (DBCLS)
• 山田一作（野口研究所）
• 守屋勇樹 (DBCLS)
• 畠中秀樹 (DBCLS)
• 小野浩雅(DBCLS)
• 大石直哉(dogrun)
• 仲里猛留(DBCLS)
• 大田達郎 (DBCLS) 2日目のみ
• 千葉啓和 (DBCLS)
• 池田秀也 (DBCLS)
• 仁宮洸太 (東大薬)
• 藤原豊史 (DBCLS)
• 山田涼太 (fuku)
• 知田悠生 (fuku)
• 建石由佳 (NBDC) 初日のみ
• 桝屋啓志（理研BRC）
• 櫛田達矢（理研BRC）
• 藤澤貴智（NIG）
• 福島敦史（理研CSRS）初日のみ
• Andrea Ghelfi (かずさDNA研)
• 佐藤大輔 (Lifematics)
• 平川英樹（かずさDNA研）
• 山口敦子 (DBCLS)
• 田中聡 (Trans-IT / Mass++ユーザー会)
• 鐘ケ江弘美 (NARO)
• 大石直哉 (DOGRUN)初日のみ
• 三橋信孝(NBDC)初日のみ
• 豊岡理人(NBDC)初日のみ
• 門間則和 (日立)
• 申在紋 (DBCLS)