SPARQLthon55

提供：TogoWiki

第55回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.1.1 H29〜 2.1.2 〜H29 2.1.3 継続中（〜H30） 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2017年 4月 13（木）- 14日（金）
• 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

プロジェクト

TPP グループ全体

• 平成２９年度　新規研究代表者および研究開発課題の概要および総評

H29〜

• データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
• 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
  • 糖鎖情報のRDF連携について（新町）
  • glycoinfo-Stanza（山田）
• 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
• 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
• エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
  • TPP-oki (おおた)
• ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/

〜H29

• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)

継続中（〜H30）

• プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)

SPARQLthon グループ

• Portable Portal - Triplestore Container Imaging [1] (青木)
• SPARQList の Dockerfile SPARQList#Dockerfile (片山)
• LOD4ML http://lod4ml.org/ (永野・川島・片山)
• SPANG で AllegroGraph にアクセスしてみた（千葉）
• TogoStanzaのEPをAllegroGraphに変更してみた結果 (岡別府)
• GGGenome-CyanoBase メタデータ作成（藤澤）
  • 日本語メタデータについて、LSD, J-Grobalで確認して、属名レベルを付与した
• SPARQL Builder 3年計画(山口・山本・小林・桝屋・古崎)
  • 桝屋さんの示した出来上がりイメージを，これまで作ってきた技術を利用して実現する
  • 新規開発技術: メタデータカタログ，連合検索
• UmakaViewer ユーザフィードバック(山口・山本・小林・桝屋・古崎)

• Stanza開発
  • 桝屋　1個（汎用表スタンザ：鋭意公開準備中）　テスト版http://phenomodel.riken.jp/stanza/ztrap/ （連邦検索のせいで表示うまく出ない場合あり）
  • 糖鎖グループ　１５個（ js-stanza １２個、ruby-stanza ３個）　（GlyTouCanなどで利用）/mw/Glycoinfo-Stanza
  • CyanoBase 6個 http://genome.microbedb.jp/stanza
  • 基生研 17個 http://mbgd.genome.ad.jp/stanza
  • MicrobeDB.jp 公開 87個 非公開(要認証情報) 23個
  • TogoGenome 59個

今後の予定

• 8月は和光開催？
• 国内版バイオハッカソン BH17.11
• RDF化ガイドライン最新版 → RDFizingDatabaseGuideline

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 岡別府陽子(MSS)
• 坊農秀雅 (DBCLS)
• 山口敦子 (DBCLS)
• 山本泰智 (DBCLS)
• 吉沢明康（京大・薬）
• 永野朗夫（PENQE）14日は15時まで
• 千葉啓和（DBCLS）
• 山田一作（野口研究所）13日は午後から参加
• 青木・ポール信行（SPARQLiTe）13日のみ
• 新町大輔（創価大）
• 小林紀郎（理研）13日の夕方から
• 古崎晃司（阪大）14日のみ
• 守屋勇樹 (DBCLS)
• 仲里猛留 (DBCLS)
• 藤原豊史 (DBCLS)
• 藤澤貴智（遺伝研）
• 田中聡 (Trans-IT)
• 大石直哉 (DOGRUN)
• 内藤雄樹 (DBCLS) 13日のみ
• 佐藤大輔 (レベルファイブ) 13日のみ
• 平川英樹（かずさ）
• 畠中秀樹 (NBDC) 14日のみ
• 五斗進（DBCLS）
• 桝屋啓志（理研BRC）14日のみ
• 櫛田達矢（NBDC）14日のみ
• 富川弓子（JST）14日のみ
• 時松敏明（DDBJ）14日のみ
• 大田達郎（DBCLS）13日は午後のみ
• 小野浩雅 (DBCLS)