SPARQLthon36

提供：TogoWiki

第36回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 1.1 SPARQL1.1 Mini Workshop 1.2 Python 勉強会 1.3 BioHackathon 2015 招聘者を紹介する会 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2015年9月1日(火) 10:00 〜 2日(水) 18:00
• 開催場所：東大先端研 @ 駒場リサーチキャンパス 4号館 2階 講堂
• アクセス：http://www.rcast.u-tokyo.ac.jp/home/access/index_ja.html
• ランチ　：http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/RCAST_Map
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

SPARQL1.1 Mini Workshop

Franz.inc (AllegroGraph の開発元) の Dr. Wu による SPARQL1.1 に関する講習です。

• 日時：2015年9月1日(火) 11:00 〜 13:00
• 場所：講堂の向かいの講義室
• 内容：Course overview

Python 勉強会

先端研の 辻さん による Python の勉強会です。

• 日時：2015年9月2日(水) 11:00 〜 13:00
• 場所：講堂の向かいの講義室
• 内容：
  • 11:00 〜 12:00 前半：プログラミング言語Pythonについて、環境構築など基本的なところから話を始め、
  • 12:00 〜 13:00 後半：文法や役立つノウハウなどを交えながら、データ解析のためのライブラリとその使い方をご紹介します。
  • （注：SPARQLthonなのに、Pythonの一般的な話です。）
• 対象：
  • プログラミングに興味がある方（未経験も可）
  • プログラミングをデータ解析に使ってみたいと思っている方
  • Pythonの全体像を把握したいと思っている方

BioHackathon 2015 招聘者を紹介する会

2週間後に控えた BioHackathon 2015 に向けて招聘者を紹介します。

• 日時：2015年9月2日(水) 14:00 〜 16:00
• 場所：講堂の向かいの講義室
• 内容：海外からの招聘者の最近のアウトプット (論文やOSSプロジェクトなど)
• 紹介を分担してくださる方を募集しています。自身のプロジェクトに関連の深い方がいればぜひ。
  • こちらのGoogle Spreadsheet に記載してください。

プロジェクト

今日の課題は → http://tinyurl.com/sparqlthon36rcast へ、まとめ的なものはこちらの Wiki に（必要なら SPARQLthon36/サブページ のリンクを作って）ご記入ください。

TPP グループ全体

• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• ゲノムとフェノタイプ・疾患・医薬品の統合データベース (金久)
• ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物ＤＢの超高度化推進 (黒川)
  • 細菌群集RDF構造
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合 (菅野)
  • epi genome
• 植物ゲノム情報活用のための統合研究基盤の構築 (田畑)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
• 蛋白質構造データバンクの高度化と統合的運用 (中村)
• 糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発 (成松)
• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化（大浪）
• プロテオーム統合データベース：jPOST（石濱）

SPARQLthon グループ

• RDF ポータル
• TogoGenome

今後の予定

• BioHackathon 2015 → http://2015.biohackathon.org/

• RDF化ガイドライン最新版 → RDFizingDatabaseGuideline

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 守屋勇樹 (DBCLS)
• 小林紀郎 (理研)1日のみ
• 山中遼太 (先端研)
• 岡別府陽子（MSS）
• 坊農秀雅 (DBCLS) 1日のみ
• 藤澤貴智（遺伝研）
• 永野朗夫（PENQE）1日のみ
• 坂井美津保（PENQE）1日のみ
• 山口敦子 (DBCLS)
• 仲里猛留 (DBCLS)
• 小野浩雅 (DBCLS)
• 山本泰智 (DBCLS)
• 大田達郎 (DBCLS)
• 畠中秀樹（NBDC）1日のみ
• 熊谷禎洋 (日立)　2日のみ
• 大石直哉（DOGRUN）
• 千葉啓和（基生研）
• 桝屋啓志 (理研BRC)2日のみ
• 高月照江 (理研BRC)1日は13:00まで
• 山田一作（野口研）
• 木下聖子（創価大）１日のみ
• 新町大輔（創価大）
• 青木信行（創価大）
• 土屋伸一郎（創価大）
• 櫛田達矢（NBDC）
• 時松敏明 (DBCLS) 2日は午前のみ
• 森田巧 (保健同人)１日午後のみ
• 信定知江（NBDC）両日16時半過ぎまで
• 戀津魁（理研）有識者会議は欠席
• 松原正陽（野口研）
• 五十嵐芳暢（医薬基盤・健康・栄養研究所）
• 川島武士（筑波大学）
• 森宙史（東工大）1日のみ
• 鈴木真也 (東工大) 1日のみ
• 山本希 (東工大) 1日のみ
• 古崎晃司（大阪大学）
• 内藤雄樹 (DBCLS)
• 小澤健太郎 (SGI)
• 鈴木治夫 (IAB)
• 川村隆浩（JST）
• 中村伸朗（JST）