SPARQLthon36/epi-genome

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• data
  • ftp://ftp.hgc.jp/pub/hgc/db/dbtss/dbtss_ver9/hg38/

• BS-seq

1       1       chr1    11210   3       2       5
2       1       chr1    11226   3       2       5
3       1       chr1    11239   1       6       7
4       1       chr1    11284   2       7       9
5       2       chr1    11297   4       8       12

 [
    a so:hoge,
      faldo:ExactPosition,
      faldo:ForwordStrandPosition;
    faldo:position 11210;
    faldo:reference "chr1";
    hoge:ca_count 2;
    hoge:cg_count 3
 ] .

• ChIP-seq (H3K4me3)

chr7    10161   10196   1
chr7    10163   10198   1
chr7    10168   10203   1
chr7    23931   23966   1
chr7    30133   30168   1

[
   a so:SO_0001697,       # ChIP_seq_region
     faldo:Region;
   faldo:begin [
     a faldo:ExactPosition,
       faldo:ForwardStrandPosition;
     faldo:position 10161;
     faldo:reference "chr7"
   ];
   faldo:end [
     a faldo:ExactPosition,
       faldo:ForwardStrandPosition;
     faldo:position 10196;
     faldo:reference "chr7"
   ];
   hoge:binding so:SO_0001706;     # H3K4_trimethylation
   hoge:tagcount 1
] .