BH12.12/stanza titech

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<tr class="tableizer-firstrow"><th>&#20998;&#39006;</th><th>&#20803;&#12487;&#12540;&#12479;</th><th>&#35500;&#26126;</th><th>&#12464;&#12521;&#12501;&#21517;</th><th>&#20633;&#32771;</th><th>&#26356;&#26032;&#26085;&#26178;</th></tr>
<tr class="tableizer-firstrow"><th>&#20998;&#39006;</th><th>&#20803;&#12487;&#12540;&#12479;</th><th>&#35500;&#26126;</th><th>&#12464;&#12521;&#12501;&#21517;</th><th>&#20633;&#32771;</th><th>&#26356;&#26032;&#26085;&#26178;</th></tr>
  <tr><td>&#12458;&#12531;&#12488;&#12525;&#12472;&#12540;</td><td>csso_v02.owl</td><td>CSSO</td><td>http://microbedb.jp/pdo/</td><td>&nbsp;</td><td>7&#26376;22&#26085;&#65288;&#26376;&#65289;</td></tr>
  <tr><td>&#12458;&#12531;&#12488;&#12525;&#12472;&#12540;</td><td>csso_v02.owl</td><td>CSSO</td><td>http://microbedb.jp/pdo/</td><td>&nbsp;</td><td>7&#26376;22&#26085;&#65288;&#26376;&#65289;</td></tr>
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  <tr><td>&#12487;&#12540;&#12479;RDF</td><td>&nbsp;</td><td>&#12513;&#12479;&#12466;&#12494;&#12512;/&#12513;&#12479;16S&#12469;&#12531;&#12503;&#12523;&#21306;&#21029;&#29992;RDF</td><td>http://localhost:8890/DAV/SRS_meta_or_16S_human_revised.ttl</td><td>&nbsp;</td><td>9&#26376;17&#26085;&#65288;&#28779;&#65289;</td></tr>
  <tr><td>&#12487;&#12540;&#12479;RDF</td><td>&nbsp;</td><td>&#12513;&#12479;&#12466;&#12494;&#12512;/&#12513;&#12479;16S&#12469;&#12531;&#12503;&#12523;&#21306;&#21029;&#29992;RDF</td><td>http://localhost:8890/DAV/SRS_meta_or_16S_human_revised.ttl</td><td>&nbsp;</td><td>9&#26376;17&#26085;&#65288;&#28779;&#65289;</td></tr>
  <tr><td>&#12510;&#12483;&#12500;&#12531;&#12464;RDF</td><td>http://togogenome.org/gold/*</td><td>GOLD-MEO&#12510;&#12483;&#12500;&#12531;&#12464;RDF</td><td>http://microbedb.jp/gold/</td><td>&nbsp;</td><td>7&#26376;22&#26085;&#65288;&#26376;&#65289;</td></tr>
  <tr><td>&#12510;&#12483;&#12500;&#12531;&#12464;RDF</td><td>http://togogenome.org/gold/*</td><td>GOLD-MEO&#12510;&#12483;&#12500;&#12531;&#12464;RDF</td><td>http://microbedb.jp/gold/</td><td>&nbsp;</td><td>7&#26376;22&#26085;&#65288;&#26376;&#65289;</td></tr>
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<tr><td>&#12510;&#12483;&#12500;&#12531;&#12464;RDF</td><td>ontology/gold/gold2mpo.ttl</td><td>GOLD&#12392;MPO&#12398;&#12510;&#12483;&#12500;&#12531;&#12464;&#12487;&#12540;&#12479;</td><td>http://microbedb.jp/gold/</td><td>&nbsp;</td><td>9&#26376;17&#26085;&#65288;&#28779;&#65289;</td></tr>
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<tr><td>&#12510;&#12483;&#12500;&#12531;&#12464;RDF</td><td>ontology/gold/gold2taxon.ttl</td><td>GOLD&#12392;TaxonomyID&#12398;&#12510;&#12483;&#12500;&#12531;&#12464;&#12487;&#12540;&#12479;</td><td>http://microbedb.jp/gold/</td><td>&nbsp;</td><td>9&#26376;17&#26085;&#65288;&#28779;&#65289;</td></tr>
  <tr><td>&#12510;&#12483;&#12500;&#12531;&#12464;RDF</td><td>meo_bodyparts3d_mapping.ttl</td><td>MEO-BodyParts3D&#12510;&#12483;&#12500;&#12531;&#12464;</td><td>http://localhost:8890/DAV/meo_bodyparts3d_mapping</td><td>&nbsp;</td><td>9&#26376;17&#26085;&#65288;&#28779;&#65289;</td></tr>
  <tr><td>&#12510;&#12483;&#12500;&#12531;&#12464;RDF</td><td>meo_bodyparts3d_mapping.ttl</td><td>MEO-BodyParts3D&#12510;&#12483;&#12500;&#12531;&#12464;</td><td>http://localhost:8890/DAV/meo_bodyparts3d_mapping</td><td>&nbsp;</td><td>9&#26376;17&#26085;&#65288;&#28779;&#65289;</td></tr>
  <tr><td>&#12510;&#12483;&#12500;&#12531;&#12464;RDF</td><td>PDO_CSSO_mapping.ttl</td><td>PDO-CSSO&#12510;&#12483;&#12500;&#12531;&#12464;RDF&#12288;&#31561;</td><td>http://microbedb.jp/pdo/</td><td>&nbsp;</td><td>7&#26376;22&#26085;&#65288;&#26376;&#65289;</td></tr>
  <tr><td>&#12510;&#12483;&#12500;&#12531;&#12464;RDF</td><td>PDO_CSSO_mapping.ttl</td><td>PDO-CSSO&#12510;&#12483;&#12500;&#12531;&#12464;RDF&#12288;&#31561;</td><td>http://microbedb.jp/pdo/</td><td>&nbsp;</td><td>7&#26376;22&#26085;&#65288;&#26376;&#65289;</td></tr>

2013年9月17日 (火) 10:07時点における最新版

目次

東工大　SPARQL Endpoint

  • ロード済グラフ一覧
分類元データ説明グラフ名備考更新日時
オントロジーcsso_v02.owlCSSOhttp://microbedb.jp/pdo/ 7月22日（月）
オントロジーhttp://togogenome.org/go/*Gene Ontologyhttp://microbedb.jp/go/ 7月22日（月）
オントロジーhttp://togogenome.org/mccv/*MCCVhttp://localhost:8890/DAV/mccv_v09.owlver0.99月17日（火）
オントロジーmsv_v03.owlMSVオントロジーhttp://localhost:8890/msv_v03.owlver0.39月17日（火）
オントロジーhttp://togogenome.org/ncbitaxon/*NCBI Taxonomyhttp://microbedb.jp/ncbitaxon/ 7月22日（月）
オントロジーpdo_v01.owlPDOhttp://microbedb.jp/pdo/ 7月22日（月）
オントロジーhttp://togogenome.org/so/*Sequence Ontologyhttp://microbedb.jp/so/ 7月22日（月）
オントロジーftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/rdf/taxonomy.rdf.gzUniProt taxonomyhttp://purl.uniprot.org/taxonomy/ 9月17日（火）
オントロジーHuman_16S_18S_MetatransAssignedttl3/*ヒトメタ16S-リファレンスゲノム　マッピングRDFhttp://microbedb.jp/meta16S_human/ 7月22日（月）
データRDF3a_jcm.ttlBRC RDFhttp://localhost:8890/DAV/3a_jcm.ttl 9月17日（火）
データRDF3a_nbrc.ttlBRC RDFhttp://localhost:8890/DAV/3a_nbrc.ttl 9月17日（火）
データRDF3b1_nbrc.ttlBRC RDFhttp://localhost:8890/DAV/3b1_nbrc.ttl 9月17日（火）
データRDF3b2_nbrc.ttlBRC RDFhttp://localhost:8890/DAV/3b2_nbrc.ttl 9月17日（火）
データRDF./gtps_without_array/*GTPS(nucleotideシーケンスデータを除いたデータ)http://microbedb.jp/gtps/ 7月22日（月）
データRDF./mbgd/*MBGD Orthologhttp://microbedb.jp/mbgd/ 7月23日（火）
データRDFhttp://togogenome.org/refseq/*Refseqhttp://microbedb.jp/refseq/ver587月22日（月）
データRDF メタゲノム/メタ16Sサンプル区別用RDFhttp://localhost:8890/DAV/SRS_meta_or_16S_revised.ttl 9月17日（火）
データRDF メタゲノム/メタ16Sサンプル区別用RDFhttp://localhost:8890/DAV/SRS_meta_or_16S_env_revised.ttl 9月17日（火）
データRDF メタゲノム/メタ16Sサンプル区別用RDFhttp://localhost:8890/DAV/SRS_meta_or_16S_human_revised.ttl 9月17日（火）
マッピングRDFhttp://togogenome.org/gold/*GOLD-MEOマッピングRDFhttp://microbedb.jp/gold/ 7月22日（月）
マッピングRDFontology/gold/gold2mpo.ttlGOLDとMPOのマッピングデータhttp://microbedb.jp/gold/ 9月17日（火）
マッピングRDFontology/gold/gold2taxon.ttlGOLDとTaxonomyIDのマッピングデータhttp://microbedb.jp/gold/ 9月17日（火）
マッピングRDFmeo_bodyparts3d_mapping.ttlMEO-BodyParts3Dマッピングhttp://localhost:8890/DAV/meo_bodyparts3d_mapping 9月17日（火）
マッピングRDFPDO_CSSO_mapping.ttlPDO-CSSOマッピングRDF　等http://microbedb.jp/pdo/ 7月22日（月）
マッピングRDFisRelatedTo.ttlPDO-CSSOマッピングRDF　等http://microbedb.jp/pdo/ 7月22日（月）
マッピングRDFmayCaused.ttlPDO-CSSOマッピングRDF　等http://microbedb.jp/pdo/ 7月22日（月）
マッピングRDFothers.ttlPDO-CSSOマッピングRDF　等http://microbedb.jp/pdo/ 7月22日（月）
マッピングRDFtaxID_GOLD_mapping.ttlPDO-CSSOマッピングRDF　等http://microbedb.jp/pdo/ 7月22日（月）
マッピングRDF SRS - SRA - SRP - SRR - PID マッピングRDFhttp://localhost:8890/DAV/srs_id_mapping_130827.ttl 9月17日（火）
マッピングRDF SRS-MEOマッピングhttp://localhost:8890/DAV/SRS_ontology_mapping_130910.ttl 9月17日（火）
マッピングRDF SRS-MEOマッピングhttp://localhost:8890/DAV/srs-meo_mapping_add_130830.ttl 9月17日（火）
マッピングRDF SRS-MEOマッピングhttp://localhost:8890/DAV/SRS-MEO_mapping_add_v6_130827 9月17日（火）
マッピングRDF SRS-MEOマッピングhttp://localhost:8890/DAV/SRS-MEO_mapping_env_v6_130827 9月17日（火）
マッピングRDF SRS-MEOマッピングhttp://localhost:8890/DAV/SRS-MEO_mapping_human_v6_130827 9月17日（火）
マッピングRDF SRS-MEOマッピングhttp://localhost:8890/DAV/SRS-MEO_mapping_original_v6_130827 9月17日（火）
マッピングRDF SRS-MSVマッピングhttp://localhost:8890/DAV/srs_msv_130821.ttl 9月17日（火）
マッピングRDF SRS-MSVマッピングファイル（環境メタ論文抽出分）http://localhost:8890/DAV/srs_msv_journal_env.ttl 9月17日（火）
マッピングRDF SRS-MSVマッピングファイル（ヒトメタ論文抽出分）http://localhost:8890/DAV/srs_msv_journal_human.ttl 9月17日（火）
マッピングRDFEnv_16S_18S_MetatransAssignedttl3/*環境メタ16S-リファレンスゲノム　マッピングRDFhttp://microbedb.jp/meta16S_env/ 7月22日（月）

SPARQLクエリ

Metagenome/Meta16S Sample List

ヒトメタゲノム論文からのメタデータ抽出

virtuoso tips

・virtuosoでserviceキーワードを使うためには、以下のクエリをisqlに投げる必要がある。 

grant select on "DB.DBA.SPARQL_SINV_2" to "SPARQL";
grant execute on "DB.DBA.SPARQL_SINV_IMP" to "SPARQL";

・virtuosoでINSERTキーワードを使うためには、以下のクエリをisqlに投げる必要がある。 

GRANT EXECUTE  ON DB.DBA.SPARQL_INSERT_DICT_CONTENT TO "SPARQL";
「/mw/BH12.12/stanza_titech」より作成