Stanza Query
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metagenome_cross_reference スタンザ
そのメタゲノム/メタ16Sサンプルの他DBへのLink情報
※FROMのグラフ名を適宜変更して下さい
PREFIX msv: <http://purl.jp/bio/11/msv/> PREFIX srs: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/> SELECT ?label ?ID FROM <http://localhost:8890/DAV/msv_130822_1.owl> FROM <http://localhost:8890/DAV/srs_id_mapping_130827.ttl> WHERE { srs:ERS000862 ?MSVterm ?ID. ?MSVterm rdfs:label ?label. }ORDER BY ?label
metagenome sequencing attributes スタンザ
そのメタゲノム/メタ16Sサンプルのシーケンシング情報
※FROMのグラフ名を適宜変更して下さい
PREFIX msv: <http://purl.jp/bio/11/msv/> PREFIX srs: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/> SELECT (SUM(?totalBasesInteger) AS ?totalBasesSum) (SUM(?readNumberInteger) AS ?readNumberSum) FROM <http://localhost:8890/DAV/msv_130822_1.owl> FROM <http://localhost:8890/DAV/srs_id_mapping_130827.ttl> WHERE { srs:ERS000862 ?MSVterm ?ID. ?ID msv:totalBases ?totalBases. ?ID msv:readNumber ?readNumber. BIND ( xsd:integer(?totalBases) AS ?totalBasesInteger ) BIND ( xsd:integer(?readNumber) AS ?readNumberInteger ) }
metagenome sample attributes スタンザ
そのメタゲノム/メタ16Sサンプルの基本情報
※FROMのグラフ名を適宜変更して下さい
※論文から抽出したメタデータ(srs_msv_journal_env.ttl / srs_msv_journal_human.ttl)も含めて検索すると項目が重複する問題があるため、使用するか議論中です。
PREFIX msv: <http://purl.jp/bio/11/msv/> PREFIX srs: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/> SELECT ?metadata_category ?metadata_value ?units FROM <http://localhost:8890/DAV/srs_msv_130821.ttl> #FROM <http://localhost:8890/DAV/srs_msv_journal_env.ttl> #FROM <http://localhost:8890/DAV/srs_msv_journal_human.ttl> FROM <http://localhost:8890/DAV/msv_130822_1.owl> WHERE{ srs:ERS000862 ?MSVterm ?blank. ?MSVterm rdfs:label ?label. OPTIONAL{ ?blank msv:value ?value. ?blank msv:units ?units. } OPTIONAL { ?blank msv:tag ?tag. } BIND ( COALESCE ( ?tag, ?label ) AS ?metadata_category ) BIND ( COALESCE ( ?value, ?blank ) AS ?metadata_value ) }ORDER BY ( ?metadata_category )