BH12.12/stanza titech

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目次

東工大 SPARQL Endpoint

  • ロード済グラフ一覧
分類元データ説明グラフ名備考更新日時
オントロジーcsso_v02.owlCSSOhttp://microbedb.jp/pdo/ 7月22日(月)
オントロジーhttp://togogenome.org/go/*Gene Ontologyhttp://microbedb.jp/go/ 7月22日(月)
オントロジーhttp://togogenome.org/mccv/*MCCVhttp://localhost:8890/DAV/mccv_v09.owlver0.99月17日(火)
オントロジーmsv_v03.owlMSVオントロジーhttp://localhost:8890/msv_v03.owlver0.39月17日(火)
オントロジーhttp://togogenome.org/ncbitaxon/*NCBI Taxonomyhttp://microbedb.jp/ncbitaxon/ 7月22日(月)
オントロジーpdo_v01.owlPDOhttp://microbedb.jp/pdo/ 7月22日(月)
オントロジーhttp://togogenome.org/so/*Sequence Ontologyhttp://microbedb.jp/so/ 7月22日(月)
オントロジーftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/rdf/taxonomy.rdf.gzUniProt taxonomyhttp://purl.uniprot.org/taxonomy/ 9月17日(火)
オントロジーHuman_16S_18S_MetatransAssignedttl3/*ヒトメタ16S-リファレンスゲノム マッピングRDFhttp://microbedb.jp/meta16S_human/ 7月22日(月)
データRDF3a_jcm.ttlBRC RDFhttp://localhost:8890/DAV/3a_jcm.ttl 9月17日(火)
データRDF3a_nbrc.ttlBRC RDFhttp://localhost:8890/DAV/3a_nbrc.ttl 9月17日(火)
データRDF3b1_nbrc.ttlBRC RDFhttp://localhost:8890/DAV/3b1_nbrc.ttl 9月17日(火)
データRDF3b2_nbrc.ttlBRC RDFhttp://localhost:8890/DAV/3b2_nbrc.ttl 9月17日(火)
データRDF./gtps_without_array/*GTPS(nucleotideシーケンスデータを除いたデータ)http://microbedb.jp/gtps/ 7月22日(月)
データRDF./mbgd/*MBGD Orthologhttp://microbedb.jp/mbgd/ 7月23日(火)
データRDFhttp://togogenome.org/refseq/*Refseqhttp://microbedb.jp/refseq/ver587月22日(月)
データRDF メタゲノム/メタ16Sサンプル区別用RDFhttp://localhost:8890/DAV/SRS_meta_or_16S_revised.ttl 9月17日(火)
データRDF メタゲノム/メタ16Sサンプル区別用RDFhttp://localhost:8890/DAV/SRS_meta_or_16S_env_revised.ttl 9月17日(火)
データRDF メタゲノム/メタ16Sサンプル区別用RDFhttp://localhost:8890/DAV/SRS_meta_or_16S_human_revised.ttl 9月17日(火)
マッピングRDFhttp://togogenome.org/gold/*GOLD-MEOマッピングRDFhttp://microbedb.jp/gold/ 7月22日(月)
マッピングRDFontology/gold/gold2mpo.ttlGOLDとMPOのマッピングデータhttp://microbedb.jp/gold/ 9月17日(火)
マッピングRDFontology/gold/gold2taxon.ttlGOLDとTaxonomyIDのマッピングデータhttp://microbedb.jp/gold/ 9月17日(火)
マッピングRDFmeo_bodyparts3d_mapping.ttlMEO-BodyParts3Dマッピングhttp://localhost:8890/DAV/meo_bodyparts3d_mapping 9月17日(火)
マッピングRDFPDO_CSSO_mapping.ttlPDO-CSSOマッピングRDF 等http://microbedb.jp/pdo/ 7月22日(月)
マッピングRDFisRelatedTo.ttlPDO-CSSOマッピングRDF 等http://microbedb.jp/pdo/ 7月22日(月)
マッピングRDFmayCaused.ttlPDO-CSSOマッピングRDF 等http://microbedb.jp/pdo/ 7月22日(月)
マッピングRDFothers.ttlPDO-CSSOマッピングRDF 等http://microbedb.jp/pdo/ 7月22日(月)
マッピングRDFtaxID_GOLD_mapping.ttlPDO-CSSOマッピングRDF 等http://microbedb.jp/pdo/ 7月22日(月)
マッピングRDF SRS - SRA - SRP - SRR - PID マッピングRDFhttp://localhost:8890/DAV/srs_id_mapping_130827.ttl 9月17日(火)
マッピングRDF SRS-MEOマッピングhttp://localhost:8890/DAV/SRS_ontology_mapping_130910.ttl 9月17日(火)
マッピングRDF SRS-MEOマッピングhttp://localhost:8890/DAV/srs-meo_mapping_add_130830.ttl 9月17日(火)
マッピングRDF SRS-MEOマッピングhttp://localhost:8890/DAV/SRS-MEO_mapping_add_v6_130827 9月17日(火)
マッピングRDF SRS-MEOマッピングhttp://localhost:8890/DAV/SRS-MEO_mapping_env_v6_130827 9月17日(火)
マッピングRDF SRS-MEOマッピングhttp://localhost:8890/DAV/SRS-MEO_mapping_human_v6_130827 9月17日(火)
マッピングRDF SRS-MEOマッピングhttp://localhost:8890/DAV/SRS-MEO_mapping_original_v6_130827 9月17日(火)
マッピングRDF SRS-MSVマッピングhttp://localhost:8890/DAV/srs_msv_130821.ttl 9月17日(火)
マッピングRDF SRS-MSVマッピングファイル(環境メタ論文抽出分)http://localhost:8890/DAV/srs_msv_journal_env.ttl 9月17日(火)
マッピングRDF SRS-MSVマッピングファイル(ヒトメタ論文抽出分)http://localhost:8890/DAV/srs_msv_journal_human.ttl 9月17日(火)
マッピングRDFEnv_16S_18S_MetatransAssignedttl3/*環境メタ16S-リファレンスゲノム マッピングRDFhttp://microbedb.jp/meta16S_env/ 7月22日(月)

SPARQLクエリ

Metagenome/Meta16S Sample List

ヒトメタゲノム論文からのメタデータ抽出

virtuoso tips

・virtuosoでserviceキーワードを使うためには、以下のクエリをisqlに投げる必要がある。

grant select on "DB.DBA.SPARQL_SINV_2" to "SPARQL";
grant execute on "DB.DBA.SPARQL_SINV_IMP" to "SPARQL";

・virtuosoでINSERTキーワードを使うためには、以下のクエリをisqlに投げる必要がある。

GRANT EXECUTE  ON DB.DBA.SPARQL_INSERT_DICT_CONTENT TO "SPARQL";
個人用ツール