BH12.12/SPARQLthon8/MBGD
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目次 |
サーバー整備
ファイル設置
エンドポイント
http://sparql.nibb.ac.jp/sparql
graph名 | 内容 | rule set名 |
---|---|---|
http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/2013-01/default.ttl | オーソロググループの情報(MBGD default cluster) | |
http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/2013-01/gene.ttl | 遺伝子に関する情報 | |
http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/2013-01/genome.ttl | 生物種に関する情報 | |
http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/2013-01/chromosome.ttl | Chromosome, Plasmidに関する情報 | |
http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/2013-01/uniprot.ttl | UniProt IDの参照 | |
http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/2013-01/ortholog.owl | Ortholog Ontology | ortholog |
http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/2013-01/mbgd.owl | MBGD Ontology | mbgd |
http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/2013-01/core.owl | UniProt properties and classes | uniprot |
http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/2013-01/taxonomy.rdf | NCBI taxonomy (RDF from UniProt) | taxonomy |
Virtuosoバージョンアップ
- Virtuoso Ver.7 Open-Source版
- ロード時間
サイズ(トリプル) | ロード時間(msec) | 秒/Mトリプル | |
---|---|---|---|
default.ttl | 31,733,989 | 3,224,581 | 101.6 |
gene.ttl | 105,595,684 | 9,301,891 | 88.1 |
- Virtuoso Ver.7 Commercial版
オントロジー
mbgd.owl
関連するオントロジーがあれば、置き換えたり、関連づけたりしていきたい。
- OGO: an ontological approach for integrating knowledge about orthology
- HOM: homology ontology
- PhylOnt: Phylogenetic Ontology
- CDAO: Comparative Data Analysis Ontology
- FALDO: Feature Annotation Location Description Ontology
- SO: Sequence Ontology
Stanza作成
オーソログ(Protein→Protein: protein_ortholog)
例:UniProt ID P00934 のオーソログ
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX orth: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/ortholog.owl#> PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl#> PREFIX mbgdCluster: <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/cluster/2013-01/> PREFIX uniprotProtein: <http://purl.uniprot.org/uniprot/> SELECT ?uniprot WHERE { mbgdCluster:default orth:member ?group . ?group a orth:OrthologGroup ; orth:member ?member ; orth:member ?member2 . ?member orth:geneId ?gene . ?gene rdfs:seeAlso ?uniprot . ?uniprot a mbgd:UniprotId . ?member2 orth:geneId ?gene2 . ?gene2 rdfs:seeAlso uniprotProtein:P00934 . }
http://bias.nibb.ac.jp:3001/ortholog?tax_id=1111708&gene_id=slr1311
オーソログを持っている系統群(Gene→Taxon: ortholog_taxon_profile)
例:P00934 (UniProt ID)のオーソログを持つ生物が属する科。(各科に属する生物の数でソート)
Familyを、Class, Order, Genusに変えれば、別のrankで集計できる。
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX orth: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/ortholog.owl#> PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl#> PREFIX mbgdCluster: <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/cluster/2013-01/> PREFIX uniprot: <http://purl.uniprot.org/core/> PREFIX uniprotProtein: <http://purl.uniprot.org/uniprot/> SELECT ?family ?name COUNT(?organism) AS ?count WHERE { mbgdCluster:default orth:member ?group . ?group a orth:OrthologGroup ; orth:member ?member ; orth:member ?member2 . ?member orth:organism ?organism . ?organism orth:taxonomy ?tax . ?tax rdfs:subClassOf ?family option (transitive) . ?family uniprot:rank uniprot:Family ; uniprot:scientificName ?name . ?member2 orth:geneId ?gene2 . ?gene2 rdfs:seeAlso uniprotProtein:P00934 . } ORDER BY DESC (?count)
http://bias.nibb.ac.jp:3001/taxonomy_ortholog?gene_id=slr1311 [1]
特定の系統群が共通して持っているオーソログ(Taxon→Gene: taxon_ortholog_profile)
全てに共通する遺伝子のみを考えることもできるし、少なくとも一つの生物にあるものすることもできる。
ここでは、もっている生物の数でソートした。
例:Taxonomy ID 543(Enterobacteriaceae; 腸内細菌科)が共通して持っているオーソログ。(持っている生物の数でソート)
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX orth: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/ortholog.owl#> PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl#> PREFIX mbgdCluster: <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/cluster/2013-01/> PREFIX uniprotTax: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/> SELECT ?group ?comment COUNT(?organism) AS ?count WHERE { mbgdCluster:default orth:member ?group . ?group a orth:OrthologGroup ; rdfs:comment ?comment ; orth:member ?member . ?member orth:organism ?organism . ?organism orth:taxonomy ?tax . ?tax rdfs:subClassOf uniprotTax:543 option (transitive) . } ORDER BY DESC (?count)