BH12.12/TogoStanzaQuery

提供：TogoWiki

目次 1 グラフ構成 2 Gene Report 2.1 Protein names 2.2 JBrowse 2.2.1 Gene単位 2.2.2 Organism単位 2.3 Genomic context 2.4 Gene attributes 2.5 Nucleotide sequence 2.6 Protein attributes 2.7 Protein sequence 2.8 Protein general annotation 2.9 Protein ontologies 2.10 Protein sequence annotation 2.11 Pfam plot 2.12 Orthologs 2.13 Protein references 2.14 Protein reaction fgc list 3 Organism Report 3.1 Organism names 3.2 Genome information 3.3 Ortholog profile 3.4 Taxonomic information 3.5 Taxonomic linage 3.6 Culture collections 3.7 Medium 3.7.1 medium classification 3.8 Phenotype information 3.9 Organism habitat 3.10 Genomic plot 3.11 Pathogen information 3.12 Organism cross references 3.13 Genome cross references 4 Environment Report 4.1 Environment attributes 4.2 Environmental linage 4.3 Inhabitants statistics 4.4 Inhabitants 4.5 Sampling places 4.6 Sample collections 4.7 Taxonomic composition 4.8 Culture collections 4.9 Environment ontology 5 共通クエリ 5.1 uniprot_url_from_togogenome(gene_id) 6 計算用クエリ 6.1 Genomic plot用集計結果 6.1.1 Taxonomy,BioProjectリスト取得 6.1.2 Gene数集計取得 6.1.3 一括でGene数集計取得

グラフ構成

このページのSPARQLは以下のグラフ構成で動作する。
TogoStanzaエンドポイントグラフ構成

Gene Report

Protein names

スタンザファイル名：protein_names 旧スタンザファイル名：protein_names_and_origin

JBrowse

Gene単位

locus tagからTaxonomyIDを取得するクエリ。引数gene_id:"slr0473"

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX insdc: <http://insdc.org/owl/>

SELECT DISTINCT REPLACE(STR(?taxonomy),"http://identifiers.org/taxonomy/","") AS ?tax_id
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
WHERE
{
  VALUES ?locus_tag { "slr0473" }
  VALUES ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }

  ?gene insdc:feature_locus_tag ?locus_tag ;
    a ?gene_type ;
    obo:so_part_of ?seq .
  ?seq rdf:type ?seq_type ;
    rdfs:seeAlso ?taxonomy .
  ?taxonomy a idorg:Taxonomy .
}

表示範囲を取得するクエリ。引数gene_id:"slr0473"

DEFINE sql:select-option "order" 
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX faldo: <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX insdc: <http://insdc.org/owl/>

SELECT DISTINCT REPLACE(STR(?refseq),"http://identifiers.org/refseq/","") AS ?seq_label ?start ?end ?seq_length
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
FROM <http://togogenome.org/graph/faldo/>
WHERE
{
  VALUES ?locus_tag { "slr0473" }
  VALUES ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }
  VALUES ?gene_type { obo:SO_0000704 obo:SO_0000252 obo:SO_0000253 }
  VALUES ?faldo_stand_type { faldo:ForwardStrandPosition faldo:ReverseStrandPosition }

  #gene
  ?gene insdc:feature_locus_tag ?locus_tag ;
    a ?gene_type ;
    obo:so_part_of ?seq .

  #position
  ?gene faldo:location ?faldo .
  ?faldo faldo:begin/faldo:position ?start .
  ?faldo faldo:end/faldo:position ?end .

  #sequence
  ?seq rdfs:seeAlso ?refseq ;
    a ?seq_type ;
    insdc:sequence_length ?seq_length.
  ?refseq a idorg:RefSeq .
}

JBrowseで発行するクエリ

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX taxo:   <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX seqo:   <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#>
PREFIX insdc:  <http://insdc.org/owl/>
PREFIX idorg:  <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX faldo:  <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>

SELECT 
  ?start
  ?end 
  IF( ?faldo_type = faldo:ForwardStrandPosition,
      1,
      IF( ?faldo_type = faldo:ReverseStrandPosition,
          -1,
           0
        )
     ) as ?strand
   str(?obj_type_name) as ?type
   str(?label) as ?name
   str(?obj_name) as ?description
   ?obj as ?uniqueID
   ?parent as ?parentUniqueID
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
FROM <http://togogenome.org/graph/faldo/>
WHERE
{
  {
    SELECT DISTINCT ?obj ?start ?end ?faldo_type ?obj_type_name ?parent
    {
      VALUES ?faldo_type { faldo:ForwardStrandPosition faldo:ReverseStrandPosition faldo:BothStrandsPosition }
      VALUES ?refseq_label { "{ref}" }

      ?seq insdc:sequence_version ?refseq_label .
      ?obj obo:so_part_of+ ?seq .
      FILTER ( !(?start > {end} || ?end < {start}) )
      ?obj faldo:location ?faldo .
      ?faldo faldo:begin/faldo:position ?start .
      ?faldo faldo:end/faldo:position ?end .
      ?faldo faldo:begin/rdf:type ?faldo_type .
      ?obj rdf:type ?obj_type .
      ?obj_type rdfs:label ?obj_type_name .
      ?obj obo:so_part_of ?parent . 
      FILTER ( ?obj_type = obo:SO_0000704 || ?parent != ?seq )
    }
  }
  optional { ?obj insdc:feature_locus_tag ?label . }
  optional { ?obj insdc:feature_product ?obj_name . }
}

Organism単位

CDS

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX rdf:    <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs:   <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX xsd:    <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX obo:    <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX faldo:  <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX taxo:   <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX seqo:   <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#>
PREFIX insdc:  <http://insdc.org/owl/>
PREFIX idorg:  <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>

SELECT DISTINCT ?start ?end ?strand ?type ?name ?description ?uniqueID ?parentUniqueID
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
FROM <http://togogenome.org/graph/faldo/>
WHERE
{
  {
    SELECT ?start ?end ?strand ?type ?uniqueID ?parentUniqueID 
    WHERE
    {
      ?seq_id ?p ?seq_version FILTER (?seq_version = STR(REPLACE("{ref}","RefSeq:",""))) .
      ?uniqueID obo:so_part_of+ ?seq_id .
      FILTER ( !(?start > {end} || ?end < {start}) )
      ?uniqueID faldo:location ?loc .
      ?loc faldo:begin/faldo:position ?start .
      ?loc faldo:end/faldo:position ?end .
      ?loc faldo:begin/rdf:type ?faldo_type FILTER (?faldo_type IN (faldo:ForwardStrandPosition, faldo:ReverseStrandPosition, faldo:BothStrandsPosition)).
      BIND ( if(?faldo_type = faldo:ForwardStrandPosition, 1, if(?faldo_type = faldo:ReverseStrandPosition, -1, 0)) as ?strand )

      ?uniqueID rdf:type ?uniqueID_type FILTER (?uniqueID_type IN(obo:SO_0000704, obo:SO_0000316, obo:SO_0000147)).
      ?uniqueID_type rdfs:label ?uniqueID_type_label .
      BIND ( str(?uniqueID_type_label) as ?type ) .
      ?uniqueID obo:so_part_of ?parentUniqueID FILTER ( ?uniqueID_type = obo:SO_0000704 || ?parentUniqueID != ?seq_id ) . 
    }
  }
  OPTIONAL { ?uniqueID insdc:feature_locus_tag ?name . }
  OPTIONAL { ?uniqueID insdc:feature_product ?description . }
}

tRNA,rRNA 252,253を入れ替える

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX rdf:    <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs:   <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX xsd:    <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX obo:    <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX faldo:  <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX taxo:   <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX seqo:   <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#>
PREFIX insdc:  <http://insdc.org/owl/>
PREFIX idorg:  <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>

SELECT DISTINCT ?start ?end ?strand ?type ?name ?description ?uniqueID ?parentUniqueID
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
FROM <http://togogenome.org/graph/faldo/>
WHERE
{
  {
    SELECT ?start ?end ?strand ?type ?uniqueID ?parentUniqueID 
    WHERE
    {
      ?seq_id ?p ?seq_version FILTER (?seq_version = STR(REPLACE("{ref}","RefSeq:",""))) .
      ?uniqueID obo:so_part_of+ ?seq_id .
      FILTER ( !(?start > {end} || ?end < {start}) )
      ?uniqueID faldo:location ?loc .
      ?loc faldo:begin/faldo:position ?start .
      ?loc faldo:end/faldo:position ?end .
      ?loc faldo:begin/rdf:type ?faldo_type FILTER (?faldo_type IN (faldo:ForwardStrandPosition, faldo:ReverseStrandPosition, faldo:BothStrandsPosition)).
      BIND ( if(?faldo_type = faldo:ForwardStrandPosition, 1, if(?faldo_type = faldo:ReverseStrandPosition, -1, 0)) as ?strand )

      ?uniqueID rdf:type ?uniqueID_type FILTER (?uniqueID_type = obo:SO_0000252).
      ?uniqueID_type rdfs:label ?uniqueID_type_label .
      BIND ( str(?uniqueID_type_label) as ?type ) .
      ?uniqueID obo:so_part_of ?parentUniqueID . 
    }
  }
  OPTIONAL { ?uniqueID insdc:feature_locus_tag ?name . }
  OPTIONAL { ?uniqueID insdc:feature_product ?description . }
}

Genomic context

スタンザファイル名：genome_genomic_contex 旧スタンザファイル名：gene_view

元のクエリー

prefix idorg:  <http://rdf.identifiers.org/database/>
prefix insdc:  <http://insdc.org/owl/>

select *
from <http://togogenome.org/graph/refseq/>
from <http://togogenome.org/graph/so/>
from <http://togogenome.org/graph/faldo/>
where {
  values ?locus_tag { "all1455" }  # param "slr0473"
  #values ?ncbi_taxid {"" }  # param "taxon:1148"
  values ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 } # chromosome, plasmid
  values ?gene_type { obo:SO_0000316 obo:SO_0000252 obo:SO_0000253 } # CDS, rRNA, tRNA
  values ?faldo_type { faldo:ForwardStrandPosition faldo:ReverseStrandPosition }
  values ?offset { 2000 }

  # gene
  ?gene insdc:feature_locus_tag ?locus_tag.
  ?gene a ?gene_type.

  # seq
  ?gene obo:so_part_of+ ?seq.
  ?seq a ?seq_type.

  # faldo
  ?gene faldo:location ?gene_loc.
  ?gene_loc faldo:begin/faldo:position ?gene_begin.
  ?gene_loc faldo:end/faldo:position ?gene_end.

  # taxonomy ncbi
  ?seq rdfs:seeAlso ?taxonomy .
  ?taxonomy a idorg:Taxonomy .
  ?taxonomy rdfs:label ?ncbi_taxid .

  # objects around the gene
  ?obj obo:so_part_of+ ?seq .

  ?obj faldo:location ?faldo .
  ?faldo faldo:begin/rdf:type ?faldo_type .
  ?faldo_type rdfs:label ?strand .
  ?faldo faldo:begin/faldo:position ?b .
  ?faldo faldo:end/faldo:position ?e .
  #bind ((xsd:integer(?gene_begin) - ?offset) as ?f)
  #bind ((xsd:integer(?gene_end) + ?offset) as ?t)
  #filter (!(?b > ?t || ?e < ?f))
  filter (!(?b > ?gene_end + ?offset || ?e < ?gene_begin - ?offset))

  ?obj rdf:type ?obj_type .
  ?obj_type rdfs:label ?obj_label .
  filter (?obj_type != obo:SO_0000704)  # gene
  optional {
    ?obj insdc:feature_locus_tag ?label .
  }
  optional {
    ?obj insdc:feature_product ?obj_name .
    #?obj insdc:feature_product|insdc:feature_gene ?obj_name .
  }
  #optional {
  #  ?obj rdfs:seeAlso ?obj_seealso .
  #}

  optional {
    ?obj obo:so_has_part/rdf:rest*/rdf:first ?part .
    ?part faldo:begin/faldo:position ?pb .
    ?part faldo:end/faldo:position ?pe .
  }
}
order by ?b

改良版クエリ
OPTIONALがボトルネックになっていた。DEFINE sql:select-option "order"が効いていないのか、?objを全トリプルから探している動きに見えた
OPTIONALの前のクエリを全てサブクエリにすることで、上からクエリ実行を強要した(つもり)
使用する項目　:obj, :label, :obj_label, :b, :e, :strand, :pb, :pe, :gene_begin, :offset, :gene_end

DEFINE sql:select-option "order"

PREFIX rdf:    <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs:   <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX xsd:    <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX obo:    <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX faldo:  <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX idorg:  <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX insdc:  <http://insdc.org/owl/>

SELECT ?gene ?gene_type ?seq ?seq_type ?gene_loc ?gene_begin ?gene_end ?ncbi_taxid ?obj ?b ?e ?strand ?obj_label ?label ?obj_name ?pb ?pe
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
FROM <http://togogenome.org/graph/faldo/>
WHERE
{
  {
    SELECT ?gene ?gene_type ?seq ?seq_type ?gene_loc ?gene_begin ?gene_end ?ncbi_taxid ?obj ?b ?e ?strand ?obj_label
    WHERE
    {
      VALUES ?locus_tag { "all1455" }  # param "slr0473"
      VALUES ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 } # chromosome, plasmid
      VALUES ?gene_type { obo:SO_0000316 obo:SO_0000252 obo:SO_0000253 } # CDS, rRNA, tRNA
      VALUES ?faldo_type { faldo:ForwardStrandPosition faldo:ReverseStrandPosition }
      VALUES ?offset { 2000 }

      # gene
      ?gene insdc:feature_locus_tag ?locus_tag.
      ?gene a ?gene_type.

      # seq
      ?gene obo:so_part_of+ ?seq.
      ?seq a ?seq_type.

      # faldo
      ?gene faldo:location ?gene_loc.
      ?gene_loc faldo:begin/faldo:position ?gene_begin.
      ?gene_loc faldo:end/faldo:position ?gene_end.

      # taxonomy ncbi
      ?seq rdfs:seeAlso ?taxonomy .
      ?taxonomy a idorg:Taxonomy .
      ?taxonomy rdfs:label ?ncbi_taxid .

      # objects around the gene
      ?obj obo:so_part_of+ ?seq . 

      ?obj faldo:location ?faldo .
      ?faldo faldo:begin/rdf:type ?faldo_type .
      ?faldo_type rdfs:label ?strand .
      ?faldo faldo:begin/faldo:position ?b .
      ?faldo faldo:end/faldo:position ?e .
      FILTER (!(?b > ?gene_end + ?offset || ?e < ?gene_begin - ?offset))

      ?obj rdf:type ?obj_type .
      ?obj_type rdfs:label ?obj_label .
      FILTER (?obj_type != obo:SO_0000704)  # gene
    }
  }
  OPTIONAL { ?obj insdc:feature_locus_tag ?label . }
  OPTIONAL { ?obj insdc:feature_product ?obj_name . }
  OPTIONAL
  {
    ?obj obo:so_has_part/rdf:rest*/rdf:first ?part .
    ?part faldo:begin/faldo:position ?pb .
    ?part faldo:end/faldo:position ?pe .
  }
} ORDER BY ?b

Gene attributes

スタンザファイル名：gene_attributes 旧スタンザファイル名：gene_attributes

DEFINE sql:select-option "order" 
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
      PREFIX faldo: <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
      PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
      PREFIX insdc: <http://insdc.org/owl/>

      SELECT distinct ?locus_tag ?gene_type_label ?gene_symbol ?seq_label ?seq_type_label
        REPLACE(?refseq_label,"RefSeq:","") AS ?refseq_label ?organism ?taxid
        ?faldo_begin_position ?faldo_end_position ?stand ?insdc_location
        CONCAT("http://togows.dbcls.jp/entry/nucleotide/", REPLACE(?refseq_label,"RefSeq:",""),"/seq/", ?insdc_location) AS ?seqence
      FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
      FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
      FROM <http://togogenome.org/graph/faldo/>
      WHERE
      {
        values ?locus_tag { "slr0473" }
        values ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }
        values ?gene_type { obo:SO_0000704 obo:SO_0000252 obo:SO_0000253 }
        values ?faldo_stand_type { faldo:ForwardStrandPosition faldo:ReverseStrandPosition }

        ?gene insdc:feature_locus_tag ?locus_tag ;
          a ?gene_type ;
          obo:so_part_of ?seq .
        OPTIONAL { ?gene insdc:feature_gene ?gene_symbol. }
        ?gene_type rdfs:label ?gene_type_label .
        #sequence
        ?seq rdfs:label ?seq_label ;
          a ?seq_type ;
          rdfs:seeAlso ?refseq ;
          insdc:source_organism ?organism ;
          rdfs:seeAlso ?taxonomy .
        ?seq_type rdfs:label ?seq_type_label .
        ?refseq a idorg:RefSeq ;
          rdfs:label ?refseq_label .
        ?taxonomy a idorg:Taxonomy ;
          rdfs:label ?taxid .
        #faldo
        ?gene faldo:location ?faldo .
        ?faldo insdc:location ?insdc_location ;
          faldo:begin ?faldo_begin ;
          faldo:end ?faldo_end .
        ?faldo_begin faldo:position ?faldo_begin_position ;
          rdf:type ?faldo_stand_type .
        ?faldo_end faldo:position ?faldo_end_position .
        ?faldo_stand_type rdfs:label ?stand .
      }

改良版
Genomic contextと同様にOPTIONALを最後に追加して、それ以前のクエリを副問い合わせに変更。

DEFINE sql:select-option "order" 
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX faldo: <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX insdc: <http://insdc.org/owl/>

SELECT DISTINCT ?locus_tag ?gene_type_label ?seq_label ?seq_type_label ?gene_symbol
  REPLACE(?refseq_label,"RefSeq:","") AS ?refseq_label ?organism ?taxid
  ?faldo_begin_position ?faldo_end_position ?stand ?insdc_location
  CONCAT("http://togows.dbcls.jp/entry/nucleotide/", REPLACE(?refseq_label,"RefSeq:",""),"/seq/", ?insdc_location) AS ?seqence
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
FROM <http://togogenome.org/graph/faldo/>
{
  {
    SELECT DISTINCT ?gene ?locus_tag ?gene_type_label ?seq_label ?seq_type_label 
      ?refseq_label ?organism ?taxid 
      ?faldo_begin_position ?faldo_end_position ?stand ?insdc_location
    WHERE
    {
      VALUES ?locus_tag { "all1455" } #{ "all1455" } #{ "slr0473" }
      VALUES ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }
      VALUES ?gene_type { obo:SO_0000704 obo:SO_0000252 obo:SO_0000253 }
      VALUES ?faldo_stand_type { faldo:ForwardStrandPosition faldo:ReverseStrandPosition }

      ?gene ?p ?locus_tag ;
        a ?gene_type ;
        obo:so_part_of ?seq .
      ?gene_type rdfs:label ?gene_type_label .

      #sequence
      ?seq rdfs:label ?seq_label ;
        a ?seq_type ;
        rdfs:seeAlso ?refseq ;
        insdc:source_organism ?organism ;
        rdfs:seeAlso ?taxonomy .
      ?seq_type rdfs:label ?seq_type_label .
      ?refseq a idorg:RefSeq ;
        rdfs:label ?refseq_label .
      ?taxonomy a idorg:Taxonomy ;
        rdfs:label ?taxid .

      #faldo
      ?gene faldo:location ?faldo .
      ?faldo insdc:location ?insdc_location ;
        faldo:begin ?faldo_begin ;
        faldo:end ?faldo_end .
      ?faldo_begin faldo:position ?faldo_begin_position ;
        rdf:type ?faldo_stand_type .
      ?faldo_end faldo:position ?faldo_end_position .
      ?faldo_stand_type rdfs:label ?stand .
    }
  }
  OPTIONAL { ?gene insdc:feature_gene ?gene_symbol. }
}

Nucleotide sequence

スタンザファイル名：nucleotide_sequences 旧スタンザファイル名：nucleotide_sequences

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX obo:    <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX faldo:  <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX idorg:  <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX insdc:  <http://insdc.org/owl/>

SELECT DISTINCT ?locus_tag
  CONCAT("http://togows.dbcls.jp/entry/nucleotide/", replace(?refseq_label,"RefSeq:",""),"/seq/", ?insdc_location) as ?nuc_seq_pos
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
WHERE
{
  values ?locus_tag { "all1455" }
  values ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }
  values ?gene_type { obo:SO_0000704 obo:SO_0000252 obo:SO_0000253 }

  ?gene ?p ?locus_tag ;
    a ?gene_type ;
    obo:so_part_of ?seq .
  ?seq a ?seq_type ;
    rdfs:seeAlso ?refseq .
  ?refseq a idorg:RefSeq ;
    rdfs:label ?refseq_label .
  ?gene faldo:location ?faldo .
  ?faldo insdc:location ?insdc_location .
}

Protein attributes

スタンザファイル名：protein_attributes 旧スタンザファイル名：protein_attributes

Protein sequence

スタンザファイル名：protein_sequences 旧スタンザファイル名：protein_sequences

Protein general annotation

スタンザファイル名：protein_general_annotation 旧スタンザファイル名：protein_general_annotation

Protein ontologies

スタンザファイル名：protein_ontologies 旧スタンザファイル名：protein_ontologies

Protein sequence annotation

スタンザファイル名：protein_sequence_annotation 旧スタンザファイル名：protein_sequence_annotation

Pfam plot

スタンザファイル名：protein_pfam_plot 旧スタンザファイル名：pfam_plot

• Genomeの情報を取得
  

Genomeの情報はGenome plotの3クエリをそのまま使用する クエリ

• locusタグからUniprotのproteinIDを取得
  

これはスタンザフレームワークで関数化されており、#{uniprot_url_from_togogenome(gene_id)}で取得が可能クエリ

• 指定されたProteinに含まれるPfam名一覧を取得
  

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>
PREFIX dct:   <http://purl.org/dc/terms/>

SELECT DISTINCT  REPLACE(STR(?ref), "http://purl.uniprot.org/pfam/","") AS ?pfam_id
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
WHERE
{
  ?protein rdfs:seeAlso <http://purl.uniprot.org/refseq/NP_487471.1> ;
     up:organism taxonomy:103690 .
  ?protein rdfs:seeAlso ?ref .
  ?ref up:database ?database .
  ?database up:abbreviation ?abbr
  FILTER (?abbr ='Pfam').
}

• 生物種毎に指定したPfamIDの数と種類数を取得
  

DEFINE sql:select-option "order"

PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX tax: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>
PREFIX pfam: <http://purl.uniprot.org/pfam/>

SELECT
  REPLACE(STR(?tax), "http://purl.uniprot.org/taxonomy/", "http://identifiers.org/taxonomy/") AS ?tax_id
  (SUM(?hits) as ?num_pfam)
  (COUNT(DISTINCT(?prot_id)) AS ?num_pfam_protein)
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
WHERE
{
  ?prot_id rdfs:seeAlso pfam:PF00400 .
  ?prot_id up:organism ?tax .
  ?id rdf:subject ?prot_id .
  ?id rdf:object pfam:PF00400 .
  ?id up:hits ?hits .
} GROUP BY ?tax

Orthologs

スタンザファイル名： 旧スタンザファイル名：

• locusタグからUniprotのproteinIDを取得
  

これはスタンザフレームワークで関数化されており、#{uniprot_url_from_togogenome(gene_id)}で取得が可能クエリ

• UniProtIDを取得
  

PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>
SELECT DISTINCT ?upid
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/> 
WHERE
{
  ?upid up:organism taxonomy:103690 ;
    rdfs:seeAlso <http://purl.uniprot.org/refseq/NP_485497.1> .
}

• Proteinのオーソログリストを取得
  

※このクエリはmbgdのエンドポイントへ投げる

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl#>
PREFIX orth: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/ortholog.owl#>
PREFIX uniprot: <http://purl.uniprot.org/uniprot/>
PREFIX uniprotCore: <http://purl.uniprot.org/core/>

SELECT ?protein
WHERE
{
  ?group a orth:OrthologGroup ;
    orth:member/mbgd:gene/mbgd:uniprot <http://purl.uniprot.org/uniprot/P00457> ;
    orth:member/mbgd:gene/mbgd:uniprot ?protein .
}

Protein references

スタンザファイル名：protein_references 旧スタンザファイル名：protein_references

Protein reaction fgc list

スタンザファイル名：protein_reaction_fgc_list

• locus_tagからuniprotIDを取得

共通クエリ

• uniprotIDからEC_numberを取得

PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT DISTINCT ?ec_name
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
WHERE
{
  ?protein up:organism  taxonomy:103690 ;
    rdfs:seeAlso <http://purl.uniprot.org/refseq/NP_485497.1> ;
    up:recommendedName ?recommended_name_node .
  ?recommended_name_node up:ecName ?ec_name . 
}

• EC_numberからReactionを取得
  

※このクエリはreactionontologyのエンドポイントへ投げる ※reactionのデータは整備中

PREFIX piero: <http://reactionontology.org/ontology/piero#>
PREFIX entry: <http://www.kegg.jp/entry/>
SELECT ?fgc COUNT(?fgc) AS ?cnt
FROM <http://reactionontology>
WHERE {
  entry:1.18.6.1 piero:catalyzes ?reaction. 
  ?reaction piero:has_rclass ?rclass .
  ?rclass rdf:instanceOf ?fgc .
} GROUP BY ?fgc ORDER BY DESC (?cnt)

Organism Report

Organism names

スタンザファイル名：organism_names 旧スタンザファイル名：organism_name

PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT ?name_type ?name_type_label ?name
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
WHERE
{
  VALUES ?name_type
  {
    taxo:scientificName taxo:synonym taxo:preferredSynonym taxo:acronym taxo:preferredAcronym taxo:anamorph taxo:teleomorph
    taxo:misnomer taxo:commonName taxo:preferredCommonName taxo:inPart taxo:includes taxo:equivalentName taxo:genbankSynonym taxo:genbankCommonName taxo:authority taxo:misspelling
  }
  taxid:1148 ?name_type ?name .
  ?name_type rdfs:label ?name_type_label .
}

Genome information

スタンザファイル名：genome_information 旧スタンザファイル名：genome_information

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX insdc: <http://insdc.org/owl/>
PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX idtax: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT  ?bioproject ?bioproject_id ?refseq_version ?desc ?replicon_type ?sequence_length
 count(?gene_locus_tag) as ?gene_cnt
 count(?trna_locus_tag) as ?trna_cnt
 count(?rrna_locus_tag) as ?rrna_cnt
 count(?other_locus_tag) as ?other_cnt
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
WHERE
{
  ?seq rdfs:seeAlso idtax:1148 ;
    rdfs:label ?desc ;
    rdfs:seeAlso ?bioproject ;
    insdc:sequence_version ?refseq_version ;
    insdc:sequence_length ?sequence_length ;
    rdfs:seeAlso ?refseq_link ;
    a ?so FILTER (?so =  obo:SO_0000340 || ?so = obo:SO_0000155) .
  ?so rdfs:label ?replicon_type .
  ?bioproject a idorg:BioProject ;
    rdfs:label ?bioproject_id .
  ?refseq_link a idorg:RefSeq .
  {
    ?gene obo:so_part_of ?seq ;
      a obo:SO_0000704 ;
      insdc:feature_locus_tag ?gene_locus_tag .
  }
  UNION
  {
    ?trna obo:so_part_of ?seq ;
      a obo:SO_0000253 ;
    insdc:feature_locus_tag ?trna_locus_tag .
  }
  UNION
  {
    ?rrna obo:so_part_of ?seq ;
      a obo:SO_0000252 ;
      insdc:feature_locus_tag ?rrna_locus_tag .
  }
  UNION
  {
    ?other obo:so_part_of ?seq ;
      a ?obotype ;
      insdc:feature_locus_tag ?other_locus_tag
        FILTER (?obotype != obo:SO_0000704 && ?obotype != obo:SO_0000253 && ?obotype != obo:SO_0000252) .
  }
}

Ortholog profile

スタンザファイル名： 旧スタンザファイル名：

※このクエリはmbgdのエンドポイントへ投げる

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl#>
PREFIX orth: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/ortholog.owl#>
PREFIX uniprot: <http://purl.uniprot.org/uniprot/>
PREFIX uniprotCore: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxon: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT ?group ?comment COUNT(?member) AS ?count
WHERE {
  ?tax rdfs:subClassOf+ taxon:562 .
  ?organism orth:taxon ?tax .
  ?member mbgd:organism ?organism .
  ?group orth:member ?member ;
    mbgd:description ?comment ;
    a orth:OrthologGroup .
} ORDER BY DESC (?count) limit 10

Taxonomic information

スタンザファイル名：lineage_information 旧スタンザファイル名：lineage_information

上位層

PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT
 REPLACE(STR(?tax), "http://identifiers.org/taxonomy/", "") AS ?tax_no
 ?tax AS ?tax_link
 ?tax_label
 REPLACE(STR(?rank), "http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#", "") AS ?rank
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
WHERE
{
  ?search_tax rdfs:label ?o FILTER (?search_tax = taxid:1148 ) .
  ?search_tax rdfs:subClassOf ?tax OPTION (transitive, t_direction 1, t_min(0), t_step("step_no") as ?step) .
  ?tax rdfs:label ?tax_label .
  OPTIONAL { ?tax taxo:rank ?rank . }
  FILTER(?tax != taxid:1)
} ORDER BY DESC(?step)

下位層

PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT
 REPLACE(STR(?tax) ,"http://identifiers.org/taxonomy/" ,"" ) AS ?tax_no
 ?tax AS ?tax_link
 ?tax_label
 REPLACE(STR(?rank) ,"http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#" ,"" ) AS ?rank
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
WHERE
{
  ?search_tax rdfs:label ?label FILTER (?search_tax = taxid:1148 ) .
  ?tax rdfs:subClassOf ?search_tax .
  ?tax rdfs:label ?tax_label .
  OPTIONAL { ?tax taxo:rank ?rank . }
}

Taxonomic linage

スタンザファイル名：taxonomy_linage 旧スタンザファイル名：taxonomy_tree

PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT ?tax ?parent ?tax_label ?rank
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
WHERE
{
  {
    ?search_tax rdfs:label ?label FILTER (?search_tax = taxid:1148 ) .
    ?search_tax rdfs:subClassOf* ?tax.
    ?tax rdfs:label ?tax_label .
    OPTIONAL { ?tax rdfs:subClassOf ?parent . }
    OPTIONAL { ?tax taxo:rank ?rank . }
  }
  UNION
  {
    ?search_tax rdfs:label ?label FILTER (?search_tax = taxid:1148) .
    ?tax rdfs:subClassOf ?search_tax .
    ?tax rdfs:label ?tax_label .
    OPTIONAL { ?tax rdfs:subClassOf ?parent . }
    OPTIONAL { ?tax taxo:rank ?rank . }
  }
}

Culture collections

スタンザファイル名：organism_culture_collections 旧スタンザファイル名：brc_metadata
何を出力するかはT.B.D

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>

SELECT ?strain_id ?strain_number ?strain_name ?typeStrain ?isolated_from ?opt_temp ?min_temp ?max_temp ?history ?application 
  ?taxid_a ?tax_label_a ?taxid_b1 ?tax_label_b1 ?taxid_b2 ?tax_label_b2 ?taxid_c ?tax_label_c
  (sql:GROUP_DIGEST(?other_link, ', ', 1000, 1)) AS ?other_links
  (sql:GROUP_DIGEST(?ref_link, ', ', 1000, 1)) AS ?ref_links
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/> 
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
WHERE 
{
  { SELECT DISTINCT ?strain_id
    {
      VALUES ?related_type  { mccv:MCCV_000056 mccv:MCCV_000022 mccv:MCCV_000057 mccv:MCCV_000023}
      ?strain_id ?related_type  taxid:228599 .
    }
  }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_number . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000012 ?strain_name . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000017 ?typeStrain . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000030 ?isolated_from . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000014 ?opt_temp . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000015 ?min_temp . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000016 ?max_temp . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000027 ?history . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000033 ?application . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000056 ?taxid_a FILTER (STRSTARTS(STR(?taxid_a), "http://identifiers.org")) . ?taxid_a taxo:scientificName ?tax_label_a . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000022 ?taxid_b1 FILTER (STRSTARTS(STR(?taxid_b1), "http://identifiers.org")) . ?taxid_b1 taxo:scientificName ?tax_label_b1 . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000057 ?taxid_b2 FILTER (STRSTARTS(STR(?taxid_b2), "http://identifiers.org")) . ?taxid_b2 taxo:scientificName ?tax_label_b2 . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000023 ?taxid_c FILTER (STRSTARTS(STR(?taxid_c), "http://identifiers.org")) . ?taxid_c taxo:scientificName ?tax_label_c . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000024/mccv:MCCV_000026 ?other_link . }
  OPTIONAL 
  {
    ?strain_id dcterms:references/mccv:MCCV_000047 ?ref_id .
    ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_no .
    BIND (IF(STRSTARTS(?strain_no, "JCM"), CONCAT("http://www.jcm.riken.go.jp/cgi-bin/jcm/jcm_ref?REF=", ?ref_id), IF(STRSTARTS(?strain_no, "NBRC"), CONCAT("http://www.nbrc.nite.go.jp/NBRC2/NBRCReferenceDetailServlet?NO=", ?ref_id), "")) AS ?ref_link) .
  }
} GROUP BY ?strain_id ?strain_number ?strain_name ?typeStrain ?isolated_from ?opt_temp ?min_temp ?max_temp ?history ?application ?taxid_a ?tax_label_a ?taxid_b1 ?tax_label_b1 ?taxid_b2 ?tax_label_b2 ?taxid_c ?tax_label_c

出力項目縮小版

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>

SELECT ?strain_id ?strain_number ?strain_name 
  ?isolated_from ?history ?application 
  (sql:GROUP_DIGEST(?other_link, ', ', 1000, 1)) AS ?other_collections
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/> 
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
WHERE 
{
  { SELECT DISTINCT ?strain_id
    {
      VALUES ?related_type  { mccv:MCCV_000056 mccv:MCCV_000022 mccv:MCCV_000057 mccv:MCCV_000023}
      ?strain_id ?related_type  taxid:228599 .
    }
  }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_number . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000012 ?strain_name . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000030 ?isolated_from . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000027 ?history . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000033 ?application . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000024/mccv:MCCV_000026 ?other_link . }
} GROUP BY ?strain_id ?strain_number ?strain_name ?isolated_from ?history ?application

出力項目変更版

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>

SELECT ?strain_id ?strain_number ?strain_name AS ?organism_name
  ?isolation (sql:GROUP_DIGEST(?env, '|| ', 1000, 1)) AS ?env_links
  ?type_strain_label ?application 
  (sql:GROUP_DIGEST(?other_link, ', ', 1000, 1)) AS ?other_collections
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/> 
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE 
{
  { SELECT DISTINCT ?strain_id
    {
      VALUES ?related_type  { mccv:MCCV_000056 mccv:MCCV_000022 mccv:MCCV_000057 }
      ?strain_id ?related_type  taxid:43687 .
    }
  }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_number . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000012 ?strain_name . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000030 ?isolation . }
  OPTIONAL 
  { 
    ?strain_id mccv:MCCV_000059|mccv:MCCV_000060 ?meo_id . 
    ?meo_id rdfs:label ?meo_label . 
    BIND (CONCAT(REPLACE(STR(?meo_id),"http://purl.jp/bio/11/meo/",""), ":", ?meo_label) AS ?env ) 
  }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000017 ?type_strain . BIND (IF(?type_strain = 1, "yes","no") AS ?type_strain_label)}
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000033 ?application . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000024/mccv:MCCV_000026 ?other_link . }
} GROUP BY ?strain_id ?strain_number ?strain_name ?type_strain_label ?isolation ?application

Medium

Taxonomyに対するMedium一覧を表示する（調査用）

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>

SELECT ?tax_id ?label
 (sql:GROUP_DIGEST(?strain_number, ',', 1000, 1)) AS ?strain_numbers
 (sql:GROUP_DIGEST(?medium_id, ',', 1000, 1)) AS ?mediums
 COUNT(DISTINCT ?medium) AS ?cnt
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
WHERE 
{
  { SELECT DISTINCT ?strain_id ?tax_id
    {
      ?strain_id mccv:MCCV_000056 ?tax_id FILTER (STRSTARTS(STR(?tax_id),"http://identifiers.org/taxonomy/")).
    }
  }
  ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_number .
  ?strain_id mccv:MCCV_000018 ?medium . 
  BIND (REPLACE(REPLACE(STR(?medium),"http://www.jcm.riken.go.jp/cgi-bin/jcm/jcm_grmd\\?GRMD=","JCM:"),"http://www.nbrc.nite.go.jp/NBRC2/NBRCMediumDetailServlet\\?NO=","NBRC:") AS ?medium_id)
  ?tax_id rdfs:label ?label
} GROUP BY ?tax_id ?label ORDER BY DESC 5

taxid「1351」のMedium情報
培地の基本情報を取得

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX gmo: <http://purl.jp/bio/11/gmo#>

SELECT DISTINCT ?medium_id ?medium_type_label ?medium_name 
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gmo/>
WHERE
{
  VALUES ?classification { gmo:GMO_000015 gmo:GMO_000016 gmo:GMO_000008 gmo:GMO_000009 }
  { SELECT DISTINCT ?medium
    {
      ?strain_id mccv:MCCV_000056 <http://identifiers.org/taxonomy/1351>.
      ?strain_id mccv:MCCV_000018 ?medium . 
    }
  }
  ?medium gmo:GMO_000101 ?medium_id .
  ?medium gmo:GMO_000111 ?medium_type .
  ?medium_type rdfs:label ?medium_type_label .
  OPTIONAL { ?medium gmo:GMO_000102 ?medium_name }. 
} 

medium classification

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX gmo: <http://purl.jp/bio/11/gmo#>

SELECT ?medium ?classification ?class_label 
  (sql:GROUP_DIGEST(?ingredient_label , ',  ', 1000, 1)) AS ?ingredients
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gmo/>
WHERE
{
  VALUES ?classification { gmo:GMO_000015 gmo:GMO_000016 gmo:GMO_000008 gmo:GMO_000009 }
  { SELECT DISTINCT ?medium
    {
      ?strain_id mccv:MCCV_000056 <http://identifiers.org/taxonomy/1351>.
      ?strain_id mccv:MCCV_000018 ?medium . 
    }
  }
  ?medium gmo:GMO_000104 ?ingredient .
  ?ingredient rdfs:subClassOf* ?classification .
  ?ingredient rdfs:label ?ingredient_label FILTER (lang(?ingredient_label) = "en") .
  ?classification rdfs:label ?class_label .
} GROUP BY ?medium ?classification ?class_label 

Phenotype information

スタンザファイル名：organism_phyenotype 旧スタンザファイル名：phenotype_information

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX idtax: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT ?mpo ?phenotype (GROUP_CONCAT(?value; SEPARATOR = ", ") AS ?value)
FROM <http://togogenome.org/graph/mpo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
WHERE
{
  idtax:383372 ?mpo ?o .
  ?mpo rdfs:label ?phenotype .
  FILTER (lang(?phenotype) = "en") .
  OPTIONAL
  {
    ?o rdfs:label ?o2 .
    FILTER (lang(?o2) = "en") .
  }
  BIND( IF(bound(?o2) ,?o2 , ?o) as ?value )
} GROUP BY ?mpo ?phenotype ORDER BY ?mpo

Organism habitat

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX idorg:  <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT DISTINCT ?linage_meo_id ?label ?parent_meo_id ?is_sampled_meo
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  {
    SELECT DISTINCT ?meo_id
    WHERE
    {
      VALUES ?p_env { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
      ?seq rdfs:seeAlso ?tax_id FILTER (?tax_id = <http://identifiers.org/taxonomy/103690>) .
      ?tax_id a idorg:Taxonomy .
      ?gold_id mccv:MCCV_000020 ?tax_id .
      ?gold_id ?p_env ?meo_id .
    }
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/meo/>
  {
    ?meo_id rdfs:subClassOf* ?linage_meo_id .
    OPTIONAL { ?linage_meo_id rdfs:label ?label . }
    OPTIONAL { ?linage_meo_id rdfs:subClassOf ?parent_meo_id .}
    BIND ( IF(?meo_id = ?linage_meo_id, "TRUE","FALSE") AS ?is_sampled_meo) .
  }
}

Genomic plot

スタンザファイル名：genome_plot 旧スタンザファイル名：taxonomy_plot

genomeサイズ + Organism Name + Phenotype

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX mpo:<http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX insdc: <http://insdc.org/owl/>
PREFIX idorg:<http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>

SELECT
  ?tax ?organism_name ?bioProject ?genome_length 
  (sql:GROUP_DIGEST (?cell_shape_label, ', ', 1000, 1)) AS ?cell_shape_label
  (sql:GROUP_DIGEST (?temp_range_label, ', ', 1000, 1)) AS ?temp_range_label
  (sql:GROUP_DIGEST (?oxy_req_label, ', ', 1000, 1)) AS ?oxy_req_label
  ?opt_temp ?min_temp ?max_temp ?opt_ph ?min_ph ?max_ph
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/mpo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
{
  {
    SELECT ?tax ?bioProject SUM(?seq_len) AS ?genome_length
    {
      ?tax rdf:type idorg:Taxonomy .
      ?seq rdfs:seeAlso ?tax ;
      rdf:type ?obo_type FILTER(?obo_type IN (obo:SO_0000340, obo:SO_0000155 )) .
      ?seq insdc:sequence_length ?seq_len ;
        rdfs:seeAlso ?bioProject .
      ?bioProject rdf:type idorg:BioProject .
    } GROUP BY ?tax  ?bioProject
  }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10001/rdfs:label ?cell_shape_label  FILTER (lang(?cell_shape_label) = "en") . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10003/rdfs:label ?temp_range_label  FILTER (lang(?temp_range_label) = "en") . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10002/rdfs:label ?oxy_req_label FILTER (lang(?oxy_req_label) = "en") . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10009 ?opt_temp . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10010 ?min_temp . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10011 ?max_temp . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10005 ?opt_ph . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10006 ?min_ph . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10007 ?max_ph . }
  ?tax taxo:scientificName ?organism_name
} GROUP BY ?tax ?organism_name ?genome_length ?bioProject  ?opt_temp ?min_temp ?max_temp ?opt_ph ?min_ph ?max_ph

環境名(第一階層のみを取得)

PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>

SELECT ?tax (sql:GROUP_DIGEST (?label, ', ', 1000, 1)) as ?habitat
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  VALUES ?p_env { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
  ?gold mccv:MCCV_000020 ?tax FILTER regex(?tax, "^http://identifiers.org/") .
  ?gold ?p_env ?meo .
  ?meo a owl:Class ;
    rdfs:subClassOf* ?parent .
    ?parent rdfs:label ?label .
  ?parent meo:MEO_0000442 "1" .
} GROUP BY ?tax

Gene,rRNA,tRNA数の取得
このクエリを発行する前に、集計結果トリプルを生成してインポートしておく必要がある。集計クエリ

PREFIX togo: <http://togogenome.org/stats/>

SELECT ?tax ?project_id ?num_gene ?num_rrna ?num_trna
FROM <http://togogenome.org/graph/stats/>
WHERE
{
  ?tax togo:genome_stats ?blank .
  ?blank rdfs:seeAlso ?project_id .
  ?blank togo:gene_number ?num_gene .
  ?blank togo:rrna_number ?num_rrna .
  ?blank togo:trna_number ?num_trna .
}

Pathogen information

スタンザファイル名：organism_pathogen_information 旧スタンザファイル名：pathogen_info

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX pdo: <http://purl.jp/bio/11/pdo/>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT REPLACE(STR(?tax_id),"http://identifiers.org/taxonomy/","") AS ?tax_no
 ?bacterialName (GROUP_CONCAT(?diseaseName; SEPARATOR = ", ") AS ?diseaseNameSet) ?infectiousType ?strainType
FROM <http://togogenome.org/graph/pdo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/pdo_mapping/>
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
WHERE
{
  ?tax_id rdfs:subClassOf* taxid:1763 ;
    rdfs:label ?bacterialName ;
    pdo:isAssociatedTo ?blank .
  ?blank ?p ?disease FILTER (?p IN(pdo:mayCaused, pdo:isRelatedTo)) .
  ?disease rdfs:label ?diseaseName .
  OPTIONAL { ?tax_id pdo:isAssociatedTo/pdo:infectiousType ?infectiousType . }
  OPTIONAL { ?tax_id pdo:isAssociatedTo/pdo:strainType ?strainType . }
}

Organism cross references

スタンザファイル名：organism_cross_references 旧スタンザファイル名：taxonomy_cross_references

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX insdc: <http://insdc.org/owl/>
PREFIX idtax: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT ?label ?link
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
WHERE
{
  {
    SELECT REPLACE(str(?gold),"http://www.genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/GOLDCards.cgi\\?goldstamp=", "GOLD:" ) as ?label ?gold as ?link
    FROM <http://togogenome.org/gold/>
    WHERE
    {
      ?gold mccv:MCCV_000020 idtax:1148 .
    }
  }
  UNION
  {
    SELECT DISTINCT ?label ?xref as ?link
    FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
    WHERE
    {
      values ?tax_id { idtax:1148 }
      values ?so { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }
      ?seq rdfs:seeAlso ?tax_id .
      ?seq a ?so .
      ?seq rdfs:seeAlso ?xref .
      ?xref rdfs:label ?label .
    } ORDER BY ?label
  }
}

Genome cross references

スタンザファイル名：genome_cross_references 旧スタンザファイル名：genome_cross_references

Environment Report

Environment attributes

スタンザファイル名：environment_attributes 旧スタンザファイル名：

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT
 REPLACE(STR(?meo_id),"http://purl.jp/bio/11/meo/","") AS ?meo_no ?meo_label ?meo_definition AS ?description
 (sql:GROUP_DIGEST(?exact_synonym, ', ', 1000, 1)) AS ?exact_synonyms
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  meo:MEO_0000029 rdfs:label ?meo_label .
  ?meo_id rdfs:label ?meo_label .
  OPTIONAL { ?meo_id meo:MEO_0000443 ?meo_definition . }
  OPTIONAL { ?meo_id meo:MEO_0000776 ?exact_synonym . }
} GROUP BY ?meo_id ?meo_label ?meo_definition

Environmental linage

上位層

PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT REPLACE(STR(?meo), "http://purl.jp/bio/11/meo/", "") AS ?meo_no ?meo_label
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  ?search_meo rdfs:label ?o FILTER (?search_meo = meo:MEO_0000029 ) .
  ?search_meo rdfs:subClassOf ?meo OPTION (transitive, t_direction 1, t_min(0), t_step("step_no") as ?step) .
  ?meo rdfs:label ?meo_label .
} ORDER BY DESC(?step)

下位層

PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT REPLACE(STR(?meo), "http://purl.jp/bio/11/meo/", "") AS ?meo_no ?meo_label
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  ?search_meo rdfs:label ?o FILTER (?search_meo = meo:MEO_0000029 ) .
  ?meo rdfs:subClassOf ?search_meo .
  ?meo rdfs:label ?meo_label .
}

Inhabitants statistics

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT ?type ?cnt
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
WHERE
{
  {
    SELECT ?type COUNT(DISTINCT ?gold) AS ?cnt
    {
      VALUES ?meo_mapping { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
      ?gold_meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000004 .
      ?gold ?meo_mapping ?gold_meo_id .
      BIND ("GOLD" AS ?type ). 
    }
  }
  UNION
  {
    SELECT ?type COUNT(DISTINCT ?strain) AS ?cnt
    {
      VALUES ?meo_strain_mapping { mccv:MCCV_000059 mccv:MCCV_000060 }
      ?strain_meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000004 .
      ?strain ?meo_strain_mapping ?strain_meo_id . 
      BIND (IF(STRSTARTS(STR(?strain), "http://www.nbrc.nite.go.jp/"), "NBRC",IF(STRSTARTS(STR(?strain), "http://www.jcm.riken.go.jp/"),"JCM","")) AS ?type) .
    } GROUP BY ?type
  }
}

Inhabitants

GOLD samples

DEFINE sql:select-option "order"

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>

SELECT 
 ?gold AS ?source_link 
 REPLACE(STR(?gold) ,"http://www.genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/GOLDCards.cgi\\?goldstamp=" ,"" ) AS ?source_id
 ?organism_name REPLACE(STR(?tax_id) ,"http://identifiers.org/taxonomy/" ,"" ) AS ?tax_no "" AS ?isolation
 (sql:GROUP_DIGEST(?env, '||', 1000, 1)) AS ?env_links
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
{
  VALUES ?meo_mapping { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
  ?meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000004 .
  ?gold ?meo_mapping ?meo_id .
  ?meo_id rdfs:label ?meo_label .
  BIND (CONCAT(REPLACE(STR(?meo_id),"http://purl.jp/bio/11/meo/",""), ?meo_label) AS ?env ) 
  OPTIONAL 
  {
    ?gold mccv:MCCV_000020 ?tax_id . 
    ?tax_id taxo:scientificName ?organism_name
  }
} GROUP BY ?gold ?tax_id ?organism_name

Culture collections

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT ?strain_id AS ?source_link ?strain_number AS ?source_id ?strain_name AS ?organism_name
  (sql:GROUP_DIGEST(?tax_no, ', ', 1000, 1)) AS ?tax_no
  ?isolation (sql:GROUP_DIGEST(?env, '||', 1000, 1)) AS ?env_links
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  VALUES ?related_type { mccv:MCCV_000056 mccv:MCCV_000022 mccv:MCCV_000057 }
  { SELECT DISTINCT ?strain_id
    {
      VALUES ?meo_mapping { mccv:MCCV_000059 mccv:MCCV_000060 }
      ?meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000029 .
      ?strain_id ?meo_mapping ?meo_id .
      ?strain_id rdf:type mccv:MCCV_000001 .
    }
  }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_number . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000012 ?strain_name . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000030 ?isolation . }
  OPTIONAL
  {
    ?strain_id mccv:MCCV_000059|mccv:MCCV_000060 ?meo_id .
    ?meo_id rdfs:label ?meo_label .
    BIND (CONCAT(REPLACE(STR(?meo_id),"http://purl.jp/bio/11/meo/",""), ?meo_label) AS ?env )
  }
  OPTIONAL
  {
    ?strain_id ?related_type ?tax_id FILTER (STRSTARTS(STR(?tax_id),"http://identifiers.org/")) .
    BIND (REPLACE(STR(?tax_id),"http://identifiers.org/taxonomy/","") AS ?tax_no) .
  }
} GROUP BY ?strain_id ?strain_number ?strain_name ?isolation

Sampling places

スタンザファイル名：gold_sampling_places 旧スタンザファイル名：

PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX msv: <http://purl.jp/bio/11/msv/>

SELECT
  ?gold REPLACE(STR(?gold),"http://www.genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/GOLDCards.cgi\\?goldstamp=","") AS ?gold_id
  ?gaz ?place_name ?latitude ?longitude
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gazetteer/>
{
  ?meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000029 .
  ?gold meo:MEO_0000437 ?meo_id .
  ?gold meo:MEO_0000438 ?gaz .
  ?gaz rdfs:label ?place_name .
  ?gaz msv:latitude ?latitude .
  ?gaz msv:longitude ?longitude .
}

Sample collections

スタンザファイル名：gold_sampling_collections 旧スタンザファイル名：

DEFINE sql:select-option "order"

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>

SELECT 
 ?gold REPLACE(STR(?gold) ,"http://www.genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/GOLDCards.cgi\\?goldstamp=" ,"" ) AS ?gold_no
 ?organism_name REPLACE(STR(?tax_id) ,"http://identifiers.org/taxonomy/" ,"" ) AS ?tax_no
 (sql:GROUP_DIGEST(?env, '||', 1000, 1)) AS ?env_links
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
{
  VALUES ?meo_mapping { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
  ?meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000004 .
  ?gold ?meo_mapping ?meo_id .
  ?meo_id rdfs:label ?meo_label .
  BIND (CONCAT(REPLACE(STR(?meo_id),"http://purl.jp/bio/11/meo/",""), ?meo_label) AS ?env ) 
  OPTIONAL 
  {
    ?gold mccv:MCCV_000020 ?tax_id . 
    ?tax_id taxo:scientificName ?organism_name
  }
} GROUP BY ?gold ?tax_id ?organism_name

Taxonomic composition

スタンザファイル名：gold_taxonomic_composition 旧スタンザファイル名：

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT ?tax ?organism_name ?parent ?rank
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
WHERE
{
  {
    SELECT ?tax
    {
      VALUES ?meo_mapping { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
      ?meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000004 .
      ?gold ?meo_mapping ?meo_id .
      ?gold mccv:MCCV_000020 ?hit_tax FILTER (STRSTARTS(STR(?hit_tax), "http://identifiers.org/taxonomy" )) .
      ?hit_tax rdfs:subClassOf* ?tax .
    } GROUP BY ?tax
  }
  ?tax taxo:scientificName ?organism_name .
  OPTIONAL { ?tax rdfs:subClassOf ?parent . }
  OPTIONAL { ?tax taxo:rank ?rank . }
}

Culture collections

スタンザファイル名：environment_culture_collections

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>

SELECT ?strain_id ?strain_number ?strain_name ?typeStrain ?isolated_from ?opt_temp ?min_temp ?max_temp ?history ?application
  ?taxid_a ?tax_label_a ?taxid_b1 ?tax_label_b1 ?taxid_b2 ?tax_label_b2 ?taxid_c ?tax_label_c
  (sql:GROUP_DIGEST(?other_link, ', ', 1000, 1)) AS ?other_links
  (sql:GROUP_DIGEST(?ref_link, ', ', 1000, 1)) AS ?ref_links
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
FROM <http://microbedb.jp/meo/>
WHERE
{
  { SELECT DISTINCT ?strain_id
    {
      VALUES ?meo_mapping { mccv:MCCV_000059 mccv:MCCV_000060 }
      ?meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000029 .
      ?strain_id ?meo_mapping ?meo_id .
      ?strain_id rdf:type mccv:MCCV_000001 .
    }
  }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_number . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000012 ?strain_name . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000017 ?typeStrain . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000030 ?isolated_from . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000014 ?opt_temp . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000015 ?min_temp . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000016 ?max_temp . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000027 ?history . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000033 ?application . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000056 ?taxid_a FILTER (STRSTARTS(STR(?taxid_a), "http://identifiers.org")) . ?taxid_a taxo:scientificName ?tax_label_a . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000022 ?taxid_b1 FILTER (STRSTARTS(STR(?taxid_b1), "http://identifiers.org")) . ?taxid_b1 taxo:scientificName ?tax_label_b1 . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000057 ?taxid_b2 FILTER (STRSTARTS(STR(?taxid_b2), "http://identifiers.org")) . ?taxid_b2 taxo:scientificName ?tax_label_b2 . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000023 ?taxid_c FILTER (STRSTARTS(STR(?taxid_c), "http://identifiers.org")) . ?taxid_c taxo:scientificName ?tax_label_c . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000024/mccv:MCCV_000026 ?other_link . }
  OPTIONAL
  {
    ?strain_id dcterms:references/mccv:MCCV_000047 ?ref_id .
    ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_no .
    BIND (IF(STRSTARTS(?strain_no, "JCM"), CONCAT("http://www.jcm.riken.go.jp/cgi-bin/jcm/jcm_ref?REF=", ?ref_id), IF(STRSTARTS(?strain_no, "NBRC"), CONCAT("http://www.nbrc.nite.go.jp/NBRC2/NBRCReferenceDetailServlet?NO=", ?ref_id), "")) AS ?ref_link) .
  }
} GROUP BY ?strain_id ?strain_number ?strain_name ?typeStrain ?isolated_from ?opt_temp ?min_temp ?max_temp ?history ?application ?taxid_a ?tax_label_a ?taxid_b1 ?tax_label_b1 ?taxid_b2 ?tax_label_b2 ?taxid_c ?tax_label_c

項目縮小版

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT ?strain_id ?strain_number ?strain_name AS ?organism_name
  ?isolation (sql:GROUP_DIGEST(?env, '|| ', 1000, 1)) AS ?env_links
  ?type_strain_label ?application 
  (sql:GROUP_DIGEST(?other_link, ', ', 1000, 1)) AS ?other_collections
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/> 
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE 
{
  { SELECT DISTINCT ?strain_id
    {
      VALUES ?meo_mapping { mccv:MCCV_000059 mccv:MCCV_000060 }
      ?meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000029 .
      ?strain_id ?meo_mapping ?meo_id .
      ?strain_id rdf:type mccv:MCCV_000001 .
    }
  }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_number . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000012 ?strain_name . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000030 ?isolation . }
  OPTIONAL 
  { 
    ?strain_id mccv:MCCV_000059|mccv:MCCV_000060 ?meo_id . 
    ?meo_id rdfs:label ?meo_label . 
    BIND (CONCAT(REPLACE(STR(?meo_id),"http://purl.jp/bio/11/meo/",""), ?meo_label) AS ?env ) 
  }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000017 ?type_strain . BIND (IF(?type_strain = 1, "yes","no") AS ?type_strain_label)}
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000033 ?application . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000024/mccv:MCCV_000026 ?other_link . }
} GROUP BY ?strain_id ?strain_number ?strain_name ?type_strain_label ?isolation ?application

Environment ontology

スタンザファイル名：environment_ontology

PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT ?meo_id ?label ?definition ?parent
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  ?meo_id a owl:Class .
  OPTIONAL { ?meo_id rdfs:label ?label . }
  OPTIONAL { ?meo_id meo:MEO_0000443 ?definition . }
  OPTIONAL { ?meo_id rdfs:subClassOf ?parent . }
}

共通クエリ

uniprot_url_from_togogenome(gene_id)

RefSeqのLocusTagからUniProtのProteinID(refseq)を返すクエリ。

PREFIX insdc: <http://insdc.org/owl/>
PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX dct:   <http://purl.org/dc/terms/>

SELECT DISTINCT ?up
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
WHERE
{
  ?s insdc:feature_locus_tag "alr3431" .
  ?s rdfs:seeAlso ?np .
  ?s rdfs:seeAlso ?xref .
  ?np rdf:type idorg:Protein .
  BIND (STRAFTER(STR(?np), "ncbiprotein/") AS ?npid)
  BIND (IRI(CONCAT("http://purl.uniprot.org/refseq/", ?npid)) AS ?up)
}

計算用クエリ

Genomic plot用集計結果

Genomic plot, Pfam plotで表示する、各ゲノムのgene, trna, rrna数の集計クエリは遅いため、予め集計した数値をトリプルとして持って置く

Taxonomy,BioProjectリスト取得

Taxonomy及びBioProjectのリストを取得。ひとつのTaonomyに複数のBioProjectが紐づいているケースもあるため、2つをグルーピングのキーにする。

PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX idorg:<http://rdf.identifiers.org/database/>

SELECT DISTINCT ?tax ?bioProject
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
WHERE
{
  ?tax rdf:type idorg:Taxonomy .
  ?seq rdfs:seeAlso ?tax ;
    rdf:type ?obo_type FILTER(?obo_type IN (obo:SO_0000340, obo:SO_0000155 )).
  ?seq rdfs:seeAlso ?bioProject.
  ?bioProject rdf:type idorg:BioProject .
}

Gene数集計取得

taxonomy"1148", bioproject"57659"の集計結果を出力するクエリ

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX togo: <http://togogenome.org/stats/>

CONSTRUCT
{
  ?tax togo:genome_stats 
  [
    rdfs:seeAlso ?bioProject ;
    togo:gene_number ?num_gene ;
    togo:rrna_number ?num_rrna ;
    togo:trna_number ?num_trna ;
  ]. 
}
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
WHERE
{
  SELECT ?tax ?bioProject COUNT(?gene) as ?num_gene COUNT(?rrna) AS ?num_rrna COUNT(?trna) AS ?num_trna
  FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
  WHERE
  {
    ?seq rdfs:seeAlso ?tax FILTER (?tax = <http://identifiers.org/taxonomy/1148>) .
    ?seq rdf:type ?obo_type FILTER (?obo_type IN (obo:SO_0000340, obo:SO_0000155 )).
    ?seq rdfs:seeAlso ?bioProject FILTER (?bioProject = <http://identifiers.org/bioproject/57659>).
    { ?gene obo:so_part_of ?seq ; rdf:type obo:SO_0000704 . }
    UNION
    { ?rrna obo:so_part_of ?seq ; rdf:type obo:SO_0000252 . }
    UNION
    { ?trna obo:so_part_of ?seq ; rdf:type obo:SO_0000253 .  }
  }
}

一括でGene数集計取得

• virtuoso.iniの設定変更

生成するttlが10000行を超えると結果が途中で切れてしまうため、virtuoso.iniで以下の値を設定する。現在(RefSeq v60)では13000件程度の結果。

ResultSetMaxRows                = 20000

• CONSTRUCT文の作成

genome_gene_number_stats.rq

SPARQL
DEFINE output:format "NT"
DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX togo: <http://togogenome.org/stats/>

CONSTRUCT
{
  ?tax togo:genome_stats 
  [
    rdfs:seeAlso ?bioProject ;
    togo:gene_number ?num_gene ;
    togo:rrna_number ?num_rrna ;
    togo:trna_number ?num_trna ;
  ]. 
}
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
WHERE
{
 SELECT ?tax ?bioProject COUNT(?gene) as ?num_gene COUNT(?rrna) AS ?num_rrna COUNT(?trna) AS ?num_trna
 FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
 WHERE
 {
  ?tax rdf:type idorg:Taxonomy .
  ?seq rdfs:seeAlso ?tax ;
    rdf:type ?obo_type FILTER(?obo_type IN (obo:SO_0000340, obo:SO_0000155 )).
  ?seq rdfs:seeAlso ?bioProject.
  ?bioProject rdf:type idorg:BioProject .  
  { ?gene obo:so_part_of ?seq ; rdf:type obo:SO_0000704 . }
  UNION
  { ?rrna obo:so_part_of ?seq ; rdf:type obo:SO_0000252 . }
  UNION
  { ?trna obo:so_part_of ?seq ; rdf:type obo:SO_0000253 .  }
 } GROUP BY ?tax ?bioProject
}
;

検索がタイムアウトしないようであれば、下のCONSTRUCT文をそのままエンドポイントに投げても良い。その場合は冒頭"SPARQL"と最後のセミコロンを削除する

• isqlでクエリ実行&ttl生成

isqlで実行する(ポートとユーザ・パスワードは適宜読み替える)

$isql 1111 dba dba VERBOSE=OFF BANNER=OFF PROMPT=OFF ECHO=OFF BLOBS=ON ERRORS=stdout < genome_gene_number_stats.rq > genome_gene_number_stats.ttl