SPARQLthon90

提供：TogoWiki

2020年3月31日 (火) 00:50時点におけるUki moriya (トーク | 投稿記録)による版

第90回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

開催概要

開催期間：2020年 3月 30（月）~~- 31日（火）~~ ROISからの通達により外部からの参加者のDBCLSへの入館ができなくなるため、火曜日のSPARQLthonは中止となります (2020/3/30)
開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学柏の葉キャンパス駅前サテライト 6階
アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
周辺の食事処 Google Map

コロナウイルス対応の遺伝研における方針のため、直前で申し訳ありませんが、今回は柏開催に変更します。(2020/3/6)

開催期間：2020年 3月 30（月）- 31日（火）
開催場所：遺伝学研究所生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405)
遺伝研での集会自粛要請があったため、開催・場所変更・中止、いづれか決まり次第ここでアナウンスしたいと思います

アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。
新幹線ーNIGシャトルバス接続情報
9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
関東方面からお越しの方はこだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
関西方面からお越しの方はこだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。

お昼について
所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
参考: ランチスポット情報 [三島グルメ]

ホテルについて
駅の周りのホテル
ホテル昭明館 http://showmeikan.com/ 南口。INSDCミーティング2017で使われたホテル
ドーミーイン http://www.hotespa.net/hotels/mishima/ 南口。トレインビュー＆富士山ビュー。温泉があります
ホテルアルファワン http://www.alpha-1.co.jp/mishima/ 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその1
ホテルマッシモ三島 http://www.massimo-m.jp 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその2
東横イン http://www.toyoko-inn.com/hotel/00215/ 北口。あんまりお店がない方(北口)だけど遺伝研行きシャトルバス乗り場に近い方
ホテルジーハイブ https://gee-haive.jp 南口。新しい

スケジュール

3/30 (月)
10:00-17:00 開発
17:00- ラップアップ
18:30- 懇親会 (希望者)
20:25 遺伝研発三島行き最終シャトルバス

3/31 (火)
10:00-17:00 開発
17:00-18:00 ラップアップ
18:25, 19:25, 20:25 遺伝研発三島行きシャトルバス

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/

終了

SPARQLthon グループ

TogoGenome, MBGD, MicrobeDB, PlantGarden (+酒米、麹、酵母ゲノム）などで共通に使う一時データを DDBJ で管理、更新、RDF化する共通スキームの TODO を整理する（藤澤・片山）
理研BRCのマウスゲノム多型DB MoG+ (https://molossinus.brc.riken.jp/mogplus/ )と、TogoVarとの連携キックオフ（三橋、豊岡、川嶋、建石、川島、片山、高田、桝屋、櫛田）
- MoG+でTogoVarのAPIを叩く。さらに双方向連携、RDF連携にもっていく
- Todo 理研側：1)MoG+のマウス多型情報をヒトにliftoverして渡す。2)TogoVarを通して何がしたいかを具体化し伝える。
- MoG+の簡単な説明：https://ja.brc.riken.jp/news/press_20200327_01.html
SPARQL supportでのRDF config利用（守屋）
- jPOSTのRDF config作成
- せんべろを使った補完。指宿で開発したのを今のRDF configにで使えるように変更
Endpoint browser で山本さんのURIからのEndpoint検索を利用（守屋）
- Ctrl + f （または (opt.) -> Federate search をクリック)で外部Endpointモードにして、ノードの横に出てくる矢印アイコンをクリック

今後の予定

来年度のSPARQLthon日程を決める
- 4/23-24 (木金)@柏

参考リンク

これまでの SPARQLthon

参加者

遺伝研での集会自粛要請があったため、開催場所を柏に変更しました。あらためて各自参加の可否をご記入ください。

片山俊明 (DBCLS)
川島秀一 (DBCLS)
内藤雄樹 (DBCLS)
~~吉沢明康 (京大薬)~~ 残念！無理して行って火曜くらいに交通遮断されると帰れなくなるのでww、今回も参加断念(200326)
~~中村保一 (遺伝研)~~
櫛田達矢（理研BRC）（リモート参加）
守屋勇樹 (DBCLS)
~~大田達郎 (DBCLS) 柏参加予定です~~ 死人が出ると寝覚めが悪くなるのでエア参加します
小野浩雅(DBCLS)
仲里猛留(DBCLS)
畠中秀樹(DBCLS)
~~大石直哉(dogrun)~~（エア参加します）
池田秀也(DBCLS)
岡別府陽子(OKBP) リモート参加にします。いつでもSkype接続待機していますのでクエリや部屋の間取りなど何でも聞いてください！
高月照江(DBCLS)
永野朗夫（PENQE）
平原麗夏（PENQE）
浅野由衣（PENQE）
黒須亮平（PENQE）
東山拓広（PENQE）
~~若栗浩幸 (ビッツ) 柏参加可能です~~ 在宅勤務令が発動されてしまいましたためすみません
藤原豊史(DBCLS)
桝屋啓志(理研BRC)（リモート参加）
高田豊之(理研BRC)（リモート参加）
仁宮(国立保健医療科学院)
山口敦子 (DBCLS) 31日のみ
藤澤貴智（NIG）
田中聡 (Trans-IT)
千葉啓和 (DBCLS)