SPARQLthon89

提供：TogoWiki

第89回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.1.1 継続中 2.1.2 終了 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2020年 2月 20（木）- 21日（金）
• 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
• 周辺の食事処 Google Map

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

• データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - https://microbedb.jp/
  • 2/17リリースしました+バグ取りしてます+構造化マークアップを試作してます →

/mw/MicrobeDB.jpポータル開発#MicrobeDB.jp.E3.83.9E.E3.83.BC.E3.82.AF.E3.82.A2.E3.83.83.E3.83.97

• 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
  • 2020年度研究計画の提出
  • GlycoCoO ontologyの論文執筆
  • Andreaさんの植物糖鎖遺伝子データ（Arabidopsis）
  • MicroGlycoDB symposium 3月9日〜12日　[1]
• 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
• 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
  • RDFデータの軽量化・ChIP-Seqピーク情報のRDFスキーマについて相談。turtle生成スクリプト作成
  • IHEC(International Human Epigenome Consortium)日本人データのChIP-Seqピーク情報の収集 (若栗)
• エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
  • ChIP-Atlas TFBS RDF モデルを一部修正します
  • BioSample, SRA Experiment の RDF と一緒にロードしてクエリを試したいがスパコンが重くてやってられない
• ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
• 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
• プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/
  • 停電で気になったこと：jPOST の stanza で togogenome や togovar を叩いてるので、そっちのエンドポイントが上がってないと stanza が表示されないのでエラー処理を作らなきゃならないかも（守屋）
    • SPARQList でエンドポイントが立ってるかどうか確認して、だめだったらエラーを json 形式で返してくれたりしないかな

終了

• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
• プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)

SPARQLthon グループ

• Endpoint browser (dev) （守屋）
  • identifiers.org URI ノードからクリックで他のエンドポイントを検索できるように改良中
    • どのエンドポイントでどの identifiers.org URI が使われてるかのデータがほしい（uniprotとかrefseqとか）
• ぺぺペプチドのアミノ酸２０文字 ->１６文字の畳み込み検証（守屋）
  • 出現頻度の少ないアミノ酸を畳み込むほうがHitが少ない（Hit 数が少ないほうが検索が早い）
• TogoGenomeでの最新版菌株データ(NBRC/JCM)への対応（岡別府）
  • SPARQLの書き換え(5スタンザ中4スタンザ)
  • MEOの最新バージョンの適用を検討
• RDFポータルのデータ追加に向けた準備（門間）
  • Virtuosoのメモリ使用量とSPARQLクエリ応答時間の関係調査
  • UniProt, PubChem公開に向けた統計情報取得スクリプト整備
• VirtuosoのSPARQLクエリログ

今後の予定

• 来年度のSPARQLthon日程を決める（今日は片山さんが居ないけど、４、５月の日程くらいは）
  • 4/23-24(木金)か4/27-28(月火)？（DBCLSの定例会議が第何月曜になるか未定）

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS) スミマセン海外出張と重なりました
• 川島秀一 (DBCLS)
• 坊農秀雅 (DBCLS)
• 内藤雄樹 (DBCLS)
• 吉沢明康 (京大薬)　体調不良で参加見合わせます
• 大田達郎 (DBCLS)
• 守屋勇樹 (DBCLS)
• 岡別府陽子(OKBP)
• 山口敦子 (DBCLS)
• 若栗浩幸 (ビッツ) 20日は午前のみ、21日午後から予定
• 小野浩雅 (DBCLS)
• 仲里猛留 (DBCLS)
• 池田秀也 (DBCLS)
• 大石直哉 (dogrun)
• 高月照江（DBCLS)21日はお昼まで
• 木下聖子（創価大）20日夜から21日
• 永野朗夫（PENQE）
• 平原麗夏（PENQE）初日のみ
• 浅野由衣（PENQE）初日のみ
• 黒須亮平（PENQE）初日のみ
• 建石由佳（NBDC）
• 山田涼太（fuku）
• 藤原豊史 (DBCLS)
• 仁宮洸太 (国立保健医療科学院)　初日のみかも
• 門間則和 (日立)
• 田中聡 (Trans-IT) 20日午後 ～ 21日 16:00
• 信定知江（NBDC）~16:30
• 藤澤貴智（NIG）
• 鈴木治夫 (慶應) 2月21日