SPARQLthon88

提供：TogoWiki

第88回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 新春特別企画: SPARQLthon meets Cytoscape 2.2 TPP グループ全体 2.2.1 継続中 2.2.2 終了 2.3 SPARQLthon グループ 2.4 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2020年 1月 23（木）- 24日（金）
• 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
• 周辺の食事処 Google Map

プロジェクト

新春特別企画: SPARQLthon meets Cytoscape

• 日時: 1/24 (金) 14:00 - 16:00
• 開催場所: DBCLS柏ラボ 7階セミナールーム (701)
• 概要
  • Bioinformatics の分野では言わずと知れたネットワーク可視化・解析ソフトウェア Cytoscape のコアデベロッパーである大野圭一郎さん (University of California San Diego) をお招きします。Cytoscape Consortium が目指すもの、ロードマップをご紹介頂いたのちに、今回は特別にDB開発者向けの内容もお話していただき、その後ディスカッションの時間を設けます。ぜひご参加ください。詳しくはDBCLSおおたまで。

TPP グループ全体

継続中

• データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
• 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
  • 複合糖質オントロジー（GlycoCoO）RDFデータとSPARQLクエリの修正（山田）
• 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
• 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
  • DBKEROに公開されているデータの「ダウンロードポータルページ(仮)」の作成 (若栗)
  • RDFデータの軽量化・ChIP-SeqデータについてRDFスキーマの設計＆相談 (若栗)
• エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
  • 転写因子結合モチーフのデータベース、TRANSFAC の開発者 (Edgar Wingender) と打ち合わせし、ChIP-Atlas との連携について議論した。
  • TFBS (FALDOでregion, q-value) をRDF化しました
    • https://github.com/inutano/chip-atlas/tree/bed-rdf-converter/rdf
  • 菅野Gとモデルの合意をしました
  • BioSample RDF と一緒にトリプルストアにこれから入れます
    • 何も考えずに全生物種、全threshold分を変換したら500億トリプルくらい？
• ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
• 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
• プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/

終了

• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
• プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)

SPARQLthon グループ

• 酒米オントロジーとRDF化検討 (川島、鐘ヶ江、畠中、岡別府)
• Cytoscapeで植物家系図をレンダリング(岡別府)
• GraphQL to SPARQL (grasp) 開発中（片山・川島・守屋・えにしテック）
• RDF config 仕様アップデート中（片山・西澤）
• 酵母株の特性データのRDFスキーマ検討（川島、岡本、高月、櫛田）
  • Japan Collection of Microorganisms（JCM）に登録されている酵母株の発酵の基質、生育条件、有機化合物分解能データのRDF化を準備中
  • JCMが標準的な手法で実験を行いデータ生成、データベース化を進めている。
  • 有用物質生産などで活用されることを期待。
• Graph databases (千葉)
  • BioHackrXivにサマリをレポート？
• Endpoint browser の細かいブラッシュアップ（守屋）
  • ローカル環境に置く
• TogoSW = SPARQL-proxy + SPARQList + LOD surfer + Endpoint browser + MetaStanza? + ... オールインワン化したい計画 (守屋・山口・片山)

今後の予定

• 今週のブラタモリ＠浜松 に岡本さんの学園のオケ部の画像が流れるそうです
• Graph Database in Practice 2020 (2/16-18)
• 次回の SPARQLthon 懇親会に Evan Bolton さんが理研ハッカソンのあとで立ち寄られるそうです
• 2/27-29 に第2回 AMED GEM Japan ワークショップが仙台で開催されます。興味のある方は荻島さんにコンタクト！
• 第24回オープンバイオ研究会 は 3/14 (土) に JAIST で開催予定です
• 国際版BHは９月広島予定
  • 国内版BHはいつどこ？ → 6月か7月に新潟か浜松？

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 坊農秀雅 (DBCLS)
• 内藤雄樹 (DBCLS)
• 千葉啓和 (DBCLS)
• 守屋勇樹 (DBCLS)
• 山本泰智 (DBCLS)
• 小野浩雅 (DBCLS)
• 仲里猛留 (DBCLS)
• 池田秀也 (DBCLS)
• 大石直哉 (dogrun)
• 山口敦子 (DBCLS)
• 山田一作 (野口研究所) 1月 23（木）のみ参加
• 藤原豊史 (DBCLS)
• 岡別府陽子(OKBP)
• 大田達郎 (DBCLS)
• 永野朗夫 (PENQE)
• 平原麗夏 (PENQE)
• 浅野由衣 (PENQE)
• 黒須亮平 (PENQE)
• 高月照江 (DBCLS)
• 櫛田達矢（理研BRC）
• 藤澤貴智（NIG）
• 山下理宇（国立がん研究センター）
• 鐘ケ江弘美 (NARO)
• 山本謙太郎 (理研BIT) 1月24日のみ参加
• 古崎晃司 (大阪電通大) 1月24日のみ
• 沖　真弥（九大）
• 若栗浩幸（ビッツ）
• 建石由佳（NBDC）1月 23（木）のみ
• 内山郁夫（基生研）
• 西出浩世（基生研）
• 平木愛子 (DBCLS) 1月23日夕方以降～
• 畠中秀樹 (DBCLS) 23(木)午後〜24(金)16時
• 佐藤大輔 (Lifematics)
• 真後 俊幸（NBDC）1月24日午前のみ
• 太田 紀夫（NBDC）1月24日午前のみ
• 鈴木穣（東大）1月24日午前のみ
• 露崎弘毅 (理研BDR) 1月24日のみ
• 桝屋啓志（理研BRC） 1月24日のみ
• 平川英樹（かずさDNA研） 1月23日のみ
• 田中 聡 (Trans-IT) 1月23日10時～24日16時
• 鈴木治夫（慶応大学）1月24日
• 大野圭一郎 (University of California San Diego)
• 豊岡理人 (NBDC) 1月24日のみ
• 三橋信孝 (NBDC) 1月24日のみ
• 藤澤貴智（NIG）1月23日16時～