SPARQLthon83

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第83回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

スペシャルゲスト

今回は GA4GH/AMED で来日されている Ewan Birney さんに来て頂けることになったので、8月22日の夜は会場を神田に移して懇親会を開催します。有料スペースを借りたためいつもより参加費が高くなりますが、参加希望の方は事前登録をよろしくお願いします。SPARQLthonメンバーは無料チケットを選択の上、現地で精算していただければOKです。

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

終了

SPARQLthon グループ

  • SPARQL support の RDF config を使った補完機能 開発版（守屋）
  • SPARQList support でSPARQLetソート機能追加
  • Growth medium 関係のSAPRQList 開発（川島・守屋・五斗）
    • 最終目標は、難培養性微生物のゲノムが与えられたときに、そのための培地を予測する。
    • とりあえずの目標は、生物種->培地ではなく、培地｜培地成分ー＞生物種　という逆引き情報を整備する。
    • gms_by_tid KEGG の生物種を一つ与えたときに、関連する培地一覧を返す。
    • gms_by_tids KEGG の生物種を複数与えたときに、関連する培地一覧、および、その成分を返す。
    • このAPIを使ったスタンザを構築中（守屋）
  • 新着論文レビューリンク対象（タンパク質・遺伝子）検証用コーパス（平木、仲里、建石）
    • タンパク質(遺伝子）としてマークされているがIDのついていない箇所の洗い出しスクリプト（大筋完了、出力方法等調整中）
    • サーバー上のBratのアップグレードとNormalization DBのインストール
    • 言及されている生物でのUniprotエントリーがない場合にどうするかの議論（未完。続きはBiohackathon中に）
  • DDBJ/RDFリリース116のRDFを作成（藤澤、岡別府、川島、片山）
  • AOE（坊農、大石）
    • 更新するのにDBCLS SRA APIも更新の必要があり、それの作業中
  • カイコtranscriptomeデータ→RefExのためのデータ論文化を進める （坊農、横井）

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS) 22日のみ
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 岡別府陽子 (OKBP) 22日は14時まで
  • 平原麗夏 (PENQE) 23日のみ
  • 桝屋啓志(理研BRC) 23日午後のみ＜＝不参加になってしまいました。すみません。
  • 桂樹哲雄(NARO)
  • 田中聡 (Trans-IT) 23日は午前のみ
  • 高月照江 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 横井翔 (NARO) 23日のみ
  • 森宙史 (遺伝研) 22日のみ
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 池田秀也 (DBCLS)
  • 大田達郎 (DBCLS)
  • 五斗進 (DBCLS) 22日のみ
  • 永野朗夫（PENQE）
  • 山田一作（野口研究所）
  • 正村優果（The Hotchkiss School）
  • 山本泰智（DBCLS）22日のみ
  • 千葉啓和（DBCLS）
  • 鐘ケ江弘美 (NARO) 22日午後のみ
  • 小林紀郎 (RIKEN) 22日午後のみ
  • 浅野由衣 (PENQE)
  • 佐藤大輔 (Lifematics)
  • 稲冨素子 (NARO) 22日午後のみ
  • 藤原豊史（DBCLS）
  • 田中剛 (NARO) 22日午後のみ
  • 建石由佳（NBDC）23日（22日は未定）
  • 藤澤貴智（遺伝研）22日午後から
  • 福島敦史 (RIKEN) 22日午後のみ
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 平木愛子 (DBCLS)
  • 畠中秀樹 (DBCLS)
  • 西澤達也 (情報数理バイオ) 22日午後のみ
  • 鈴木治夫 (慶應)
「/mw/SPARQLthon83」より作成