SPARQLthon83

提供：TogoWiki

（版間での差分）

2019年8月26日 (月) 07:44時点における最新版

第83回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

開催概要

開催期間：2019年 8月 22（木）- 23日（金）
開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学柏の葉キャンパス駅前サテライト 6階
アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
周辺の食事処 Google Map

スペシャルゲスト

今回は GA4GH/AMED で来日されている Ewan Birney さんに来て頂けることになったので、8月22日の夜は会場を神田に移して懇親会を開催します。有料スペースを借りたためいつもより参加費が高くなりますが、参加希望の方は事前登録をよろしくお願いします。SPARQLthonメンバーは無料チケットを選択の上、現地で精算していただければOKです。

有識者会議：https://event.spacemarket.com/events/sparqlthon83

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- テキストからMEO, Taxonomyを検索APIのレスポンスJSONの仕様を策定（藤澤、岡別府)
糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/

終了

SPARQLthon グループ

SPARQL support の RDF config を使った補完機能開発版（守屋）
- jPOSTdb の RDF config を作成
SPARQList support でSPARQLetソート機能追加
Growth medium 関係のSAPRQList 開発（川島・守屋・五斗）
- 最終目標は、難培養性微生物のゲノムが与えられたときに、そのための培地を予測する。
- とりあえずの目標は、生物種->培地ではなく、培地｜培地成分ー＞生物種　という逆引き情報を整備する。
- gms_by_tid KEGG の生物種を一つ与えたときに、関連する培地一覧を返す。
- gms_by_tids KEGG の生物種を複数与えたときに、関連する培地一覧、および、その成分を返す。
- このAPIを使ったスタンザを構築中（守屋）
新着論文レビューリンク対象（タンパク質・遺伝子）検証用コーパス（平木、仲里、建石）
- タンパク質(遺伝子）としてマークされているがIDのついていない箇所の洗い出しスクリプト（大筋完了、出力方法等調整中）
- サーバー上のBratのアップグレードとNormalization DBのインストール
- 言及されている生物でのUniprotエントリーがない場合にどうするかの議論（未完。続きはBiohackathon中に）
DDBJ/RDFリリース116のRDFを作成（藤澤、岡別府、川島、片山）
- ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/rdf/ddbj/releases/116.0/ からRDFポータル更新に利用
- SO propertyのURI変更対応の確認
AOE（坊農、大石）
- 更新するのにDBCLS SRA APIも更新の必要があり、それの作業中
カイコtranscriptomeデータ→RefExのためのデータ論文化を進める（坊農、横井）

今後の予定

参考リンク

これまでの SPARQLthon

参加者

片山俊明 (DBCLS) 22日のみ
川島秀一 (DBCLS)
岡別府陽子 (OKBP) 22日は14時まで
平原麗夏 (PENQE) 23日のみ
桝屋啓志(理研BRC) 23日午後のみ＜＝不参加になってしまいました。すみません。
桂樹哲雄(NARO)
田中聡 (Trans-IT) 23日は午前のみ
高月照江 (DBCLS)
坊農秀雅 (DBCLS)
横井翔 (NARO) 23日のみ
森宙史 (遺伝研) 22日のみ
小野浩雅 (DBCLS)
仲里猛留 (DBCLS)
内藤雄樹 (DBCLS)
池田秀也 (DBCLS)
大田達郎 (DBCLS)
五斗進 (DBCLS) 22日のみ
永野朗夫（PENQE）
山田一作（野口研究所）
正村優果（The Hotchkiss School）
山本泰智（DBCLS）22日のみ
千葉啓和（DBCLS）
鐘ケ江弘美 (NARO) 22日午後のみ
小林紀郎 (RIKEN) 22日午後のみ
浅野由衣 (PENQE)
佐藤大輔 (Lifematics)
稲冨素子 (NARO) 22日午後のみ
藤原豊史（DBCLS）
田中剛 (NARO) 22日午後のみ
建石由佳（NBDC）23日（22日は未定）
藤澤貴智（遺伝研）22日午後から
福島敦史 (RIKEN) 22日午後のみ
守屋勇樹 (DBCLS)
平木愛子 (DBCLS)
畠中秀樹 (DBCLS)
西澤達也 (情報数理バイオ) 22日午後のみ
鈴木治夫 (慶應)

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 * 畠中秀樹 (DBCLS)
 * 西澤達也 (情報数理バイオ) 22日午後のみ
+* 鈴木治夫 (慶應)