SPARQLthon82

提供：TogoWiki

第82回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 1.1 スケジュール 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.1.1 継続中 2.1.2 終了 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2019年 7月 29（月）- 30日（火）
• 開催場所：遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405)
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
  • 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。
  • 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報
  • 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
    • 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
    • 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
• お昼について
  • 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
    • 参考: ランチスポット情報 [三島グルメ]
• ホテルについて
  • 駅の周りのホテル
    • ホテル昭明館 http://showmeikan.com/ 南口。INSDCミーティング2017で使われたホテル
    • ドーミーイン http://www.hotespa.net/hotels/mishima/ 南口。トレインビュー＆富士山ビュー。温泉があります
    • ホテルアルファワン http://www.alpha-1.co.jp/mishima/ 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその1
    • ホテルマッシモ三島 http://www.massimo-m.jp 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその2
    • 東横イン http://www.toyoko-inn.com/hotel/00215/ 北口。あんまりお店がない方(北口)だけど遺伝研行きシャトルバス乗り場に近い方
    • ホテルジーハイブ https://gee-haive.jp 南口。新しい

スケジュール

• 7/29 (月)
  • 10:00-17:00 開発
  • 17:00- ラップアップ
  • 18:30- 懇親会 (希望者)
  • 20:25 遺伝研発三島行き最終シャトルバス
• 7/30 (火)
  • 10:00-17:00 開発
  • 17:00-18:00 ラップアップ
  • 18:25, 19:25, 20:25 遺伝研発三島行きシャトルバス

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

• データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
  • MicrobeDB.jp新サーバのセキュリティ検査・対応と外部公開申請をした (森)
  • トーゴーの日の発表の要旨を書いてsubmitした (森) (明日24時締め切り)
  • MicrobeDB.jpのシステムのDockerコンテナ化に向けた話し合い (森、藤澤、岡別府)
  • メタゲノム解析データのRDF化に向けた集計方法の話し合い（森、岡別府)
• 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
  • CSV2RDF を利用して、GlyGenのCSVデータをRDFに変換してみた。（山田）
• 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
• 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
• エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
• ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
• 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
  • RPMM GitHub スキーマ図(draw.io) と RIKEN Plant Metabolimics Metadata (RPMM)記述のためのオントロジー「RPMMオントロジー」を作製、公開 (福島、高橋、小林)
• プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/

終了

• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
• プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)

SPARQLthon グループ

• 参考 CSV2RDF tweet
• 微生物データを入れるSIP側システムについて（畠中・宗像・藤澤・森）
• Google Dataset SearchにIntegbio DBカタログを入れるためのmicrodataの修正（畠中）
• PubCaseFinder RDF (申，山口，藤原)
  • Biotea等を参考に文献周りのRDFのスキーマを大きく変更した．
  • 新しいスキーマでデータ作成中 スキーマ図
• 新着論文レビューリンク対象（タンパク質・遺伝子）検証用コーパス（山本、平木、小野、仲里、桂樹、建石、薬師寺（リモート））
  • アノテーション試行で生じた疑問点に関してスキーマの詳細設計
  • アノテーション環境の調整
• バイオリソーススキーマ（バイオリソースセンター情報のRDF化）（高月、川本）
  • 情報として必要な項目の追加、スキーマの再設計、データの再整理を実施。
• Text2LOD （川島、岡本、片山、山本）
  • RDFのロード（ http://ep.dbcls.jp/sparql71tmp ）
  • SPARQList APIの作成（ http://ep.dbcls.jp/sparqlist/t2l_phenotype_by_taxid ）
• URI検索システムに必要なRDFファイルを処理するためにConvRDFをtarファイルやbz2ファイル対応するなどしているが、現状バグありで今後帰継続して改善します。（山本）

今後の予定

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 岡別府陽子(OKBP)
• 山本泰智 (DBCLS)
• 坊農秀雅 (DBCLS)
• 横井翔 (NARO)
• 小野浩雅 (DBCLS)
• 仲里猛留 (DBCLS)
• 内藤雄樹 (DBCLS)
• 池田秀也 (DBCLS)
• 大田達郎 (DBCLS)
• 高月照江 (DBCLS)
• 山口敦子 (DBCLS)
• 千葉啓和 (DBCLS)
• 畠中秀樹 (DBCLS)
• 永野朗夫（PENQE）
• 平原麗夏（PENQE）初日のみ
• 浅野由衣（PENQE）
• 森宙史（遺伝研）
• 藤原豊史 (DBCLS)
• 小林紀郎 (RIKEN)
• 福島敦史 (RIKEN)
• 高橋みき子 (RIKEN)
• 鐘ケ江弘美 (NARO)
• 藤澤貴智（遺伝研）
• 大石直哉（DOGRUN）
• 佐藤大輔 (Lifematics)
• 平木愛子 (DBCLS)　30日のみ
• 田中聡 (Trans-IT)
• 山田一作（野口研）29日のみ
• 川本祥子（遺伝研）
• 桂樹哲雄（NARO）
• 建石由佳（NBDC）