SPARQLthon82
提供：TogoWiki
（版間での差分）
(→SPARQLthon グループ) |
(→SPARQLthon グループ) |
||
| 68行： | 68行： | ||
* PubCaseFinder RDF (申，山口，藤原) | * PubCaseFinder RDF (申，山口，藤原) | ||
** Biotea等を参考に文献周りのRDFのスキーマを大きく変更した． | ** Biotea等を参考に文献周りのRDFのスキーマを大きく変更した． | ||
| - | ** 新しいスキーマでデータ作成中 [https://tinyurl.com/ | + | ** 新しいスキーマでデータ作成中 [https://tinyurl.com/yyazm9o5 スキーマ図] |
* 新着論文レビューリンク対象（タンパク質・遺伝子）検証用コーパス（山本、平木、小野、仲里、桂樹、建石、薬師寺（リモート）） | * 新着論文レビューリンク対象（タンパク質・遺伝子）検証用コーパス（山本、平木、小野、仲里、桂樹、建石、薬師寺（リモート）） | ||
** アノテーション試行で生じた疑問点に関してスキーマの詳細設計 | ** アノテーション試行で生じた疑問点に関してスキーマの詳細設計 | ||
2019年7月30日 (火) 08:41時点における最新版
第82回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間：2019年 7月 29（月）- 30日（火）
- 開催場所：遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405)
- アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。
- 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報
- 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
- 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
- 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
- お昼について
- 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
- 参考: ランチスポット情報 [三島グルメ]
- 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
- ホテルについて
- 駅の周りのホテル
- ホテル昭明館 http://showmeikan.com/ 南口。INSDCミーティング2017で使われたホテル
- ドーミーイン http://www.hotespa.net/hotels/mishima/ 南口。トレインビュー＆富士山ビュー。温泉があります
- ホテルアルファワン http://www.alpha-1.co.jp/mishima/ 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその1
- ホテルマッシモ三島 http://www.massimo-m.jp 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその2
- 東横イン http://www.toyoko-inn.com/hotel/00215/ 北口。あんまりお店がない方(北口)だけど遺伝研行きシャトルバス乗り場に近い方
- ホテルジーハイブ https://gee-haive.jp 南口。新しい
- 駅の周りのホテル
スケジュール
- 7/29 (月)
- 10:00-17:00 開発
- 17:00- ラップアップ
- 18:30- 懇親会 (希望者)
- 20:25 遺伝研発三島行き最終シャトルバス
- 7/30 (火)
- 10:00-17:00 開発
- 17:00-18:00 ラップアップ
- 18:25, 19:25, 20:25 遺伝研発三島行きシャトルバス
プロジェクト
TPP グループ全体
継続中
- データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- MicrobeDB.jp新サーバのセキュリティ検査・対応と外部公開申請をした (森)
- トーゴーの日の発表の要旨を書いてsubmitした (森) (明日24時締め切り)
- MicrobeDB.jpのシステムのDockerコンテナ化に向けた話し合い (森、藤澤、岡別府)
- メタゲノム解析データのRDF化に向けた集計方法の話し合い（森、岡別府)
- 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
- 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
- エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
- ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
- 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
- RPMM GitHub スキーマ図(draw.io) と RIKEN Plant Metabolimics Metadata (RPMM)記述のためのオントロジー「RPMMオントロジー」を作製、公開 (福島、高橋、小林)
- プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/
終了
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
- プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
- 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)
SPARQLthon グループ
- 参考 CSV2RDF tweet
- 微生物データを入れるSIP側システムについて（畠中・宗像・藤澤・森）
- Google Dataset SearchにIntegbio DBカタログを入れるためのmicrodataの修正（畠中）
- PubCaseFinder RDF (申，山口，藤原)
- Biotea等を参考に文献周りのRDFのスキーマを大きく変更した．
- 新しいスキーマでデータ作成中 スキーマ図
- 新着論文レビューリンク対象（タンパク質・遺伝子）検証用コーパス（山本、平木、小野、仲里、桂樹、建石、薬師寺（リモート））
- アノテーション試行で生じた疑問点に関してスキーマの詳細設計
- アノテーション環境の調整
- バイオリソーススキーマ（バイオリソースセンター情報のRDF化）（高月、川本）
- 情報として必要な項目の追加、スキーマの再設計、データの再整理を実施。
- Text2LOD （川島、岡本、片山、山本）
- RDFのロード（ http://ep.dbcls.jp/sparql71tmp ）
- SPARQList APIの作成（ http://ep.dbcls.jp/sparqlist/t2l_phenotype_by_taxid ）
- URI検索システムに必要なRDFファイルを処理するためにConvRDFをtarファイルやbz2ファイル対応するなどしているが、現状バグありで今後帰継続して改善します。（山本）
今後の予定
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 岡別府陽子(OKBP)
- 山本泰智 (DBCLS)
- 坊農秀雅 (DBCLS)
- 横井翔 (NARO)
- 小野浩雅 (DBCLS)
- 仲里猛留 (DBCLS)
- 内藤雄樹 (DBCLS)
- 池田秀也 (DBCLS)
- 大田達郎 (DBCLS)
- 高月照江 (DBCLS)
- 山口敦子 (DBCLS)
- 千葉啓和 (DBCLS)
- 畠中秀樹 (DBCLS)
- 永野朗夫（PENQE）
- 平原麗夏（PENQE）初日のみ
- 浅野由衣（PENQE）
- 森宙史（遺伝研）
- 藤原豊史 (DBCLS)
- 小林紀郎 (RIKEN)
- 福島敦史 (RIKEN)
- 高橋みき子 (RIKEN)
- 鐘ケ江弘美 (NARO)
- 藤澤貴智（遺伝研）
- 大石直哉（DOGRUN）
- 佐藤大輔 (Lifematics)
- 平木愛子 (DBCLS) 30日のみ
- 田中聡 (Trans-IT)
- 山田一作（野口研）29日のみ
- 川本祥子（遺伝研）
- 桂樹哲雄（NARO）
- 建石由佳（NBDC）
