SPARQLthon81
提供:TogoWiki
第81回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間:2019年 6月 24(月)- 25日(火)
- 開催場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
- アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
- 周辺の食事処 Google Map
プロジェクト
TPP グループ全体
継続中
- データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
- 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
- エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
- ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
- 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
- プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
- jPOSTdb 新インターフェース開発(田中、守屋、五斗)
終了
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
- プロテオーム統合データベース:jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
- 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)
SPARQLthon グループ
- TODO: DDBJ RDFの更新と、そのDDBJスパコン→NBDC RDFポータルへの反映について相談(川島→藤沢)
- TODO: GlyTouCan, Total Glycome の NBDC RDF ポータルへの更新と新規収載について相談(川島→新町)
- TODO: DBCLS ep1 サーバ → ep6 サーバへの移行(片山→岡別府・佐藤・西澤 etc.)
- ep2サーバのディスクをep1に換装する手順も検討(片山→渡辺)
- ep6に外向けのIPを設定(渡辺)
- ep1のIPアドレスをep6に振ってしまえば一気に移行できるが不具合がある場合にサービス毎にep1に戻すとかが時間がかかりそう
- ep1のnginxで内部的にサービス毎にep6を指せるタイプのものについては現状でもテスト可能
- ソケットファイルを使っているサービス、内部で localhost のポートを直指ししているアプリなどが検証できない
- 逆にep6の外向けIPに対して各サービスドメインのDNSを振り変え、ep6のnginxで検証、不具合があるサービスはep1を指すようにする手も
- 目標としては国内版バイオハッカソン期間中に移行を完了する
- SPARQL support 更新(守屋)
- sparql-doc (SPANG拡張?) に対応。リンクからの自動実行機能。(守屋)サンプルクエリ
- 関連情報 (SPARQLthon78): SPARQLテンプレートについての調査と、それらの間のinteroperabilityについて
- sparql-doc (SPANG拡張?) に対応。リンクからの自動実行機能。(守屋)サンプルクエリ
- microbiome2rdf.org
今後の予定
- 7/8-12 国内版 BH19.7 @ 指宿
- 9/1-7 国際版 BioHackathon2019 @ 福岡
- 参加登録受付中(7/31〆切)
- シンポジウムの前日、当日夜のホテルはオーガナイザー側で手配しません。なおシンポジウム前日、当日は福岡でドリカムのコンサートがあるのでホテルが混み合うことが予想されます。早めに予約しましょう。
- 10/5 トーゴーの日2019
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 岡別府陽子 (OKBP)
- 多湖真一郎(富士通研)
- 櫛田達矢(NBDC)
- 永野朗夫(PENQE)
- 坊農秀雅 (DBCLS)
- 小野浩雅 (DBCLS)
- 仲里猛留 (DBCLS) 24日のみ
- 内藤雄樹 (DBCLS)
- 池田秀也 (DBCLS)
- 大田達郎 (DBCLS)
- 千葉啓和(DBCLS)
- 田中聡 (Trans-IT)
- 高月照江(DBCLS)
- 鐘ケ江弘美(NARO)24日午前
- 平原麗夏(PENQE)
- 浅野由衣(PENQE)
- 建石由佳(NBDC)25日は不参加
- 小林紀郎 (RIKEN)
- 沖 真弥 (九大)
- 山口敦子(DBCLS)
- 藤澤貴智(遺伝研)
- 森 宙史(遺伝研)
- 守屋勇樹 (DBCLS)
- 鎌田真由美(京都大学)
- 川本祥子(遺伝研)24日のみ
- 平木愛子(DBCLS)25日午前まで
- 山本泰智(DBCLS)25日予定
- 桂樹哲雄(NARO)24日午前、25日午前
- 平川英樹(かずさ)24日のみ
- 藤原豊史(DBCLS)
- 畠中秀樹(DBCLS)
- Andrea Ghelfi (KDRI)
- 三橋信孝(NBDC) 25日のみ
- 豊岡理人(NBDC) 25日午後
- 佐藤大輔 (Lifematics)