SPARQLthon79

提供：TogoWiki

第79回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.1.1 継続中 2.1.2 終了 2.2 SIPグループ 2.3 SPARQLthon グループ 2.4 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2019年 4月 22（月）- 23日（火）
• 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
• 周辺の食事処 Google Map

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

• データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
• 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
  • WURCSから、糖鎖構造のイメージのRDF化するバッチの開発。base64の文字列を、sparqletでエンドポイントにロード。（青木・新町）
    • /mw/SPARQList/glyco
• 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
• 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
• エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
• ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
• 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
• プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/
  • ChIP-Atlas 連携：jPOST の変動解析から ChIP-Atlas の Enrichemnt 解析につなげる。jPOST 側対応完了（守屋）。ChIP-Atlas 側対応待ち（大田）

終了

• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
• プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)

SIPグループ

• CultureCollectionRDF (川島)
• カイコRefEx（坊農、横井）
• 菌株(NBRC/JCM)RDFのスキーマ調整(川島、高月、市川、波平、岡別府)
• TOGOVar Rice (仮) (川島、川本、畠中、岡別府、鐘ケ江、稲富、桂樹）

SPARQLthon グループ

• KEGG OC、UniProt 経由で類似配列のアノテーションをまとめて取ってくる（守屋）
  • virtuoso の property path バグに悩ませられる -> 例

• TogoID https://togoid.dbcls.jp/

• 技術動向ニュース（山本）
  • 日本では知名度がそれほど高くないeBayの開発するトリプルストア、Beam。現時点でのSPARQL対応は限定的とのこと。
  • SPARQL 1.2 に向けた議論の場が開設された。何かと話題になるフリーテキスト検索機能についてはこちら。

今後の予定

• 7/7-12 国内版バイオハッカソン BH19.7
  • 5/7-8 BH19.7会場打ち合わせ
• 9/1-9/7 国際版BioHackathon BH19
  • 4/25-26 BH19会場打ち合わせ
• 11/18-22 2nd ELIXIR BioHackathon
  • 5/1 notification / registration open

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 守屋勇樹 (DBCLS)
• 永野朗夫 (PENQE)
• 平原麗夏 (PENQE) 初日のみ
• 浅野由衣 (PENQE) 初日のみ
• 吉沢明康 (京都大学)
• 山田一作 (公益財団法人野口研究所) 初日：10:30まで、二日目：終日　11時頃〜
• 岡別府陽子 (OKBP)
• 藤原豊史 (DBCLS)
• 千葉啓和 (DBCLS)
• 坊農秀雅 (DBCLS)
• 多湖真一郎 (富士通研) 22日のみ
• 横井翔 (農研機構)
• 市原寿子 (大阪大学) 22日のみ
• 沖　真弥 (九州大学)
• 鐘ケ江弘美 (農研機構)
• 稲富素子 (農研機構)
• 桂樹哲雄 (農研機構) 初日：終日、二日目：14時過ぎから
• 小野浩雅 (DBCLS)
• 仲里猛留 (DBCLS) 22日のみ
• 内藤雄樹 (DBCLS)
• 池田秀也 (DBCLS)
• 五斗進 (DBCLS) 22日は14時頃まで
• Andrea Ghelfi (かずさDNA研) 23日のみ
• 川本祥子 (DBCLS/NIG) 23日のみ
• 藤澤貴智（遺伝研）22日のみ
• 新町大輔 (SparqLite) 23日のみ
• 青木信行 (SparqLite) 23日のみ
• 高月照江（DBCLS)
• 畠中秀樹（DBCLS)
• 山本泰智（DBCLS）22日リモート
• 大石直哉（DOGRUN)
• 建石由佳（NBDC）22日のみ
• 藤原豊史（DBCLS)
• 平川英樹（かずさ）23日のみ
• 佐藤大輔（Lifematics）