SPARQLthon79
提供：TogoWiki
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2019年4月23日 (火) 09:27時点における最新版
第79回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間：2019年 4月 22（月）- 23日（火）
- 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
- アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
- 周辺の食事処 Google Map
プロジェクト
TPP グループ全体
継続中
- データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- WURCSから、糖鎖構造のイメージのRDF化するバッチの開発。base64の文字列を、sparqletでエンドポイントにロード。（青木・新町）
- 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
- 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
- エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
- ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
- 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
- プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/
- ChIP-Atlas 連携：jPOST の変動解析から ChIP-Atlas の Enrichemnt 解析につなげる。jPOST 側対応完了（守屋）。ChIP-Atlas 側対応待ち（大田）
終了
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
- プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
- 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)
SIPグループ
- CultureCollectionRDF (川島)
- カイコRefEx（坊農、横井）
- 菌株(NBRC/JCM)RDFのスキーマ調整(川島、高月、市川、波平、岡別府)
- TOGOVar Rice (仮) (川島、川本、畠中、岡別府、鐘ケ江、稲富、桂樹）
SPARQLthon グループ
- KEGG OC、UniProt 経由で類似配列のアノテーションをまとめて取ってくる（守屋）
- virtuoso の property path バグに悩ませられる -> 例
- TogoID https://togoid.dbcls.jp/
- 技術動向ニュース（山本）
今後の予定
- 7/7-12 国内版バイオハッカソン BH19.7
- 5/7-8 BH19.7会場打ち合わせ
- 9/1-9/7 国際版BioHackathon BH19
- 4/25-26 BH19会場打ち合わせ
- 11/18-22 2nd ELIXIR BioHackathon
- 5/1 notification / registration open
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 守屋勇樹 (DBCLS)
- 永野朗夫 (PENQE)
- 平原麗夏 (PENQE) 初日のみ
- 浅野由衣 (PENQE) 初日のみ
- 吉沢明康 (京都大学)
- 山田一作 (公益財団法人野口研究所)
初日：10:30まで、二日目：終日 11時頃〜 - 岡別府陽子 (OKBP)
- 藤原豊史 (DBCLS)
- 千葉啓和 (DBCLS)
- 坊農秀雅 (DBCLS)
- 多湖真一郎 (富士通研) 22日のみ
- 横井翔 (農研機構)
- 市原寿子 (大阪大学) 22日のみ
- 沖 真弥 (九州大学)
- 鐘ケ江弘美 (農研機構)
- 稲富素子 (農研機構)
- 桂樹哲雄 (農研機構) 初日：終日、二日目：14時過ぎから
- 小野浩雅 (DBCLS)
- 仲里猛留 (DBCLS) 22日のみ
- 内藤雄樹 (DBCLS)
- 池田秀也 (DBCLS)
- 五斗進 (DBCLS) 22日は14時頃まで
- Andrea Ghelfi (かずさDNA研) 23日のみ
- 川本祥子 (DBCLS/NIG) 23日のみ
- 藤澤貴智（遺伝研）22日のみ
- 新町大輔 (SparqLite) 23日のみ
- 青木信行 (SparqLite) 23日のみ
- 高月照江（DBCLS)
- 畠中秀樹（DBCLS)
- 山本泰智（DBCLS）22日リモート
- 大石直哉（DOGRUN)
- 建石由佳（NBDC）22日のみ
- 藤原豊史（DBCLS)
- 平川英樹（かずさ）23日のみ
- 佐藤大輔（Lifematics）
