SPARQLthon78
提供：TogoWiki
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2019年7月26日 (金) 03:50時点における最新版
第78回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間：2019年 3月 28（木）- 29日（金）
- 開催場所：遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405)
- アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。
- 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報
- 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
- 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
- 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
- お昼について
- 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
- 参考: ランチスポット情報 [三島グルメ]
- 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
- ホテルについて
- 駅の周りのホテル
- ホテル昭明館 http://showmeikan.com/ 南口。INSDCミーティング2017で使われたホテル
- ドーミーイン http://www.hotespa.net/hotels/mishima/ 南口。トレインビュー＆富士山ビュー。温泉があります
- ホテルアルファワン http://www.alpha-1.co.jp/mishima/ 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその1
- ホテルマッシモ三島 http://www.massimo-m.jp 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその2
- 東横イン http://www.toyoko-inn.com/hotel/00215/ 北口。あんまりお店がない方(北口)だけど遺伝研行きシャトルバス乗り場に近い方
- ホテルジーハイブ https://gee-haive.jp 南口。新しい
- 駅の周りのホテル
スケジュール
- 3/28 (木)
- 10:00-17:00 開発
- 17:00- ラップアップ
- 18:30- 懇親会 (希望者)
- 20:25 遺伝研発三島行き最終シャトルバス
- 3/29 (金)
- 10:00-17:00 開発
- 17:00-18:00 ラップアップ
- 18:25, 19:25, 20:25 遺伝研発三島行きシャトルバス
プロジェクト
TPP グループ全体
継続中
- データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- 公開済みのヒトメタゲノム解析データに付随するメタデータのマニュアルキュレーション結果の整理(森、山田、中川）続きは5月のSPARQLthonで
- メタゲノムのBioSampleメタデータについてMEOでオートアノテーションした結果の間違い辞書作り(森、岡別府)
- DFAST-MBGD連携のための話し合い(内山、西出、谷澤、森)
- 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
- 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
- エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
- ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
- 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
- プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/
- jPOSTdb インターフェースリニューアル中（田中、守屋、吉沢、五斗）
終了
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
- プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
- 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)
SPARQLthon グループ
- テンプレートに関する調査 (千葉、松本)
- TogoGenome/TogoStanza の全SPARQL集 http://togostanza.org/sparqlist/ (岡別府)
- → http://dev.togogenome.org/api.html こんな感じで公開しておく？ (片山)
- TogoStanza（えにしテック、守屋、川島、片山）
- https://github.com/togostanza/ts でWebComponents非対応だったIE11にも対応
- SPARQList（えにしテック、守屋、川島、片山）
- https://github.com/dbcls/sparqlist でプロファイリング（各ステップの実行時間など）、SPARQLエンドポイントの変数化、パラメータを変えたときの実行結果をStanzaをエンベッドして表示する機能を追加
- SPARQL-proxy（えにしテック、守屋、川島、片山）
- https://github.com/dbcls/sparql-proxy Service Descriptionを返す機能、トリプルストア固有のクエリも素通しして実行できるオプション、検索結果のURIをDESCRIBEする機能、SPARQL-supportの取り込みを追加
- TogoID (佐藤・永野・川島・小野・片山)
- TogoGenomeのID converter, resolver の機能をこちらに移設し、IDおよびIDのリストを入力することで変換後のIDから利用できるDBCLSおよび外部のアプリケーションと連携する機能を追加
- TogoDB (西澤、永野、片山）
- D2RQ Mapperのトリプル設定機能の取り込み、デフォルトデザインをマシに、画像など静的ファイルをアップロードしてホスティングする機能を追加
- D2RQ Mapper (西澤、永野、片山、山本、横山）
- 複数テーブルをまたぐトリプルのGUIによる設定を可能にするUIの高度化
- TogoVar (川島)
今後の予定
- 国内版BH日程・場所調整 https://densuke.biz/list?cd=BSqYanUBwyD5sxRv
- ELIXIR BH プロポーザル https://biohackathon-europe.org/
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 吉沢明康 (京都大学)
- 小野浩雅(DBCLS)
- 坊農秀雅(DBCLS)
- 仲里猛留(DBCLS)
- 内藤雄樹(DBCLS)
- 大田達郎(DBCLS)
- 千葉啓和(DBCLS)
- 守屋勇樹 (DBCLS)
- 岡別府陽子(MSS) 29日は14時まで
- 五斗進（DBCLS）28日のみ
- 鎌田真由美（京都大学）29日のみ
- 多湖真一郎（富士通研）
- 沖 真弥（九州大学）
- 永野朗夫（PENQE）29日は昼過ぎまで
- 森宙史（遺伝研）
- 佐藤大輔 (Lifematics)
- 松本翔太 (Lifematics)
- 中村保一（遺伝研）
- 内山郁夫（基生研)
- 西出浩代（基生研)
