SPARQLthon76

提供：TogoWiki

第76回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.1.1 継続中 2.1.2 終了 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2019年 1月 24（木）- 25日（金）
• 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
• 周辺の食事処 Google Map

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

• データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
  • メタゲノムのメタデータ（BioSample）のMEOによるオートアノテーション結果をマニュアルでチェック（森、岡別府）
• 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
  • WURCSの整合性などをチェックするWURCSValidatorの開発(三浦/24日のみ）
  • PDB糖鎖構造ＲＤＦ化のためのスキーマの検討（山田）
• 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
• 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
• エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
• ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
• 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
• プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/
  • jPOSTdb ウェブインターフェースの改良（田中、守屋、河野、五斗）

終了

• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
• プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)

SPARQLthon グループ

• SPARQL support 更新（守屋）
  • https で動いてる SPARQL support から http のエンドポイントに投げるとき、Mixed content になるので、サーバを経由して投げるように変更
  • 結果の URI リンクから DESCRIBE クエリを発行するように変更
• TogoVar開発会議（片山、川島、永野、佐藤、藤原、建石、三橋、豊岡、川嶋（遠隔）、高木（遠隔））
• 遺伝子発現統合（坊農）
  • AOE 更新。ArrayExpressとGEOに加えて、DDBJのGenomics Expression Archive (GEA)が入るように。
• BioHackathon2018でのLOD Surfer, IOBCの成果を第47回SWO研究会で報告予定、その準備を行った（櫛田、山口、古崎、山本？）
  • 第47回SWO研究会　http://www.sigswo.org/papers/47cfp
    • テーマ：「領域オントロジーの構築と利用」および一般
    • 日時：2019年03月10日(日)午後 - 11(月)午後【1泊2日の合宿形式】
    • 会場：沖縄県 石垣島 さくらリゾートホテル石垣（沖縄県石垣市）
    • 参加費：無料

今後の予定

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 小林紀郎 (理研)　参加できなくなりました。すいません。
• 岡別府陽子(MSS)
• 永野朗夫（PENQE）
• 千葉啓和（DBCLS）
• 山本泰智（DBCLS）
• 坊農秀雅 (DBCLS)
• 沖　真弥 (九州大学) 1月 24（木）のみ
• Andrea Ghelfi (かずさDNA研)
• 山田一作（野口研究所） 1月 24（木）午後のみ
• 櫛田達矢（NBDC）
• 守屋勇樹 (DBCLS)
• 三浦信明（野口研究所）24日（木）のみ（17時に引き上げます）
• 多湖真一郎（富士通研）参加できなくなりました
• 古崎晃司（大阪大学）24日のみ
• 山口敦子 (DBCLS)
• 佐藤大輔（Lifematics
• 田中聡 (Trans-IT) 両日とも17時まで
• 森　宙史（遺伝研）
• 平原麗夏（PENQE）
• 浅野由衣（PENQE）25日のみ
• 内藤雄樹 (DBCLS)
• 嶋田健一 (Harvard)
• 藤原豊史 (DBCLS)
• 建石由佳 (NBDC)、24日午後、25日
• 畠中秀樹 (NBDC) 25日のみ
• 横井翔（農研機構）