SPARQLthon75
提供：TogoWiki
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* [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/ | * [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/ | ||
| - | ** ゲノム情報のメタデータ更新＋MBGD ゲノム6, | + | ** ゲノム情報のメタデータ更新＋MBGD ゲノム6,343件のデータ処理フローの相談 |
* [/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下) | * [/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下) | ||
** [https://github.com/glycoinfo/GlycanBuilder2 GlycanBuilder2]の32bit Windowsバージョン (GB2.jar の中に conf/*, icons/* を追加、pom.xmlのglycanformatconverterバージョンを変更(0.1.4-SNAPSHOT -> 2.0.2-SNAPSHOT)することで動いた！) | ** [https://github.com/glycoinfo/GlycanBuilder2 GlycanBuilder2]の32bit Windowsバージョン (GB2.jar の中に conf/*, icons/* を追加、pom.xmlのglycanformatconverterバージョンを変更(0.1.4-SNAPSHOT -> 2.0.2-SNAPSHOT)することで動いた！) | ||
2018年12月21日 (金) 09:04時点における最新版
第75回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間：2018年 12月 20（木）- 21日（金）
- 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
- アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
- 周辺の食事処 Google Map
プロジェクト
TPP グループ全体
継続中
- データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- ゲノム情報のメタデータ更新＋MBGD ゲノム6,343件のデータ処理フローの相談
- 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- GlycanBuilder2の32bit Windowsバージョン (GB2.jar の中に conf/*, icons/* を追加、pom.xmlのglycanformatconverterバージョンを変更(0.1.4-SNAPSHOT -> 2.0.2-SNAPSHOT)することで動いた！)
- 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
- 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
- エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
- ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
- 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
- プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/
- jPOSTdb サイトインターフェイスリニューアル打ち合わせ（田中、守屋、五斗）
終了
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
- プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
- 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)
SPARQLthon グループ
- SPARQList support バグ修正、javascript部分での計算時間、ローディングアイコン表示追加（守屋）
- SPARQL support 未定義 prefix チェック機能（守屋）
- Docker版Virtuosoでのロード方法 virtuoso_docker (岡別府)
- Umaka Yummy Dataバグ退治とバグ発見とサイトデータのキュレーション（佐藤、山本）
- オントロジーに関する, わりと一般的なdiscussion（千葉、門平）
- 材料分野: Material Ontology
- 課題:「実験」における共通概念、マルチスケール空間情報、時間軸の記述
- 参考: EFO, GO, FALDO, Time Ontology, RDF stream
- AOE （坊農、大石）
- 一部CWL化したindex作成パイプラインによるデータ更新
- APIのdocumentation
今後の予定
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 多湖真一郎（富士通研）
- 阿部修也（富士通研）（いずれか1日）
- 山口敦子 (DBCLS)
- 沖 真弥 (九州大学)
- 岡別府陽子(MSS)
- 山本泰智 (DBCLS)
- 千葉啓和 (DBCLS)
- 朴 斌 (富士通研）
- 永野朗夫（PENQE）
- 守屋勇樹 (DBCLS)
- 山田一作 (野口研究所) 12/20（初日のみ - 午後）
- 建石由佳（NBDC）12/20のみ
- 畠中秀樹（NBDC）12/21午後のみ
- 佐藤大輔（Lifematics）
- 田中聡 (Trans-IT) 12/20 ～17:00, 12/21 13:00～17:00
- 大石直哉（DOGRUN）
- 内藤雄樹 (DBCLS)
- 坊農秀雅 (DBCLS)
- 仲里猛留 (DBCLS)
- 門平卓也 (NIMS) 12/21午前のみ
