SPARQLthon74
提供：TogoWiki
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** [http://semlab1.liacs.nl:8080/fair-data-demo/ FAIR Data Demonstrator]等 | ** [http://semlab1.liacs.nl:8080/fair-data-demo/ FAIR Data Demonstrator]等 | ||
* TogoGenome | * TogoGenome | ||
2018年11月20日 (火) 09:48時点における最新版
第74回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間：2018年 11月 19（月）- 20日（火）
- 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
- アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
- 周辺の食事処 Google Map
プロジェクト
TPP グループ全体
継続中
- データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- メタゲノム解析レコードのサンプル単位および環境（MEO）単位での統計データRDFの検討（藤澤、岡別府）
- MBGD 2018_01版のRDFからゲノムおよび配列一覧を確認する【Todo】
- 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- WURCSFrameworkの改良（三浦）
- 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
- 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
- エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
- TogoVar との連携を検討（沖・大田・三橋・豊岡・川嶋・川島・片山）
- ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
- 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
- プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/
- プロテオゲノミクス対応（守屋）
- ミューテーションの入ったペプチドのRDFスキーマ考案、RDF化スクリプト作成
- 可視化テスト（Protein browser のプルダウンメニュー -> "Sequence variant")
- プロテオゲノミクス対応（守屋）
終了
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
- プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
- 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)
SPARQLthon グループ
- The 1st EU ELIXIR BioHackathon 2018 in Parisの復習（千葉）
- TogoGenome
- GoogleMapの使用をやめOpenStreetMapに変更
- SPARQListを使用してStanzaを改変(開始)
- Med2RDF
- HGNCパーサを更新して別名を拾うようにした（片山）
- 新版 ClinVar RDF の SPARQList を作成（佐藤）
- 文献からの知識抽出の RDF モデル検討（阿部・多胡）
- BH18 のポスター作成（浅野・片山）
- 紹介：国立国会図書館 Web NDL Authorities SPARQL endpoint β版の公開
- 12/1 グラフデータベース入門ワークショップ (山中)
今後の予定
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 山本泰智 (DBCLS)
- 岡別府陽子(MSS)
- 大石直哉(DOGRUN)
- 坊農秀雅 (DBCLS) (20日のみ)
- 仲里猛留(DBCLS)
- 五斗進（DBCLS）
- 永野朗夫（PENQE）
- 平原麗夏（PENQE）
- 浅野由衣（PENQE）
- 古崎晃司（大阪大学）（19日のみ）
- 建石由佳 （NBDC)（20日16時ごろまで）
- 三浦信明（野口研）（20日のみ）
- 小野浩雅(DBCLS)
- 大田達郎(DBCLS)
- 内藤雄樹(DBCLS)
- 池田秀也(DBCLS)
- 佐藤大輔（Lifematics）
- 多湖真一郎(富士通研）（19日のみ）
- 阿部修也(富士通研）（19日のみ）
- 藤澤貴智(遺伝研)
- 田中聡 (Trans-IT) (20日 13時まで)
- 守屋勇樹 (DBCLS)
- 山田一作（野口研究所）19日-11:00, 20日
- 千葉啓和 (DBCLS)
- 畠中秀樹 (NBDC)（19日のみ）
- 山口敦子 (DBCLS)
- 藤原豊史 (DBCLS)
- 櫛田達矢 (NBDC)19日のみ
