SPARQLthon73

提供：TogoWiki

第73回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 1.1 スケジュール 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.1.1 継続中 2.1.2 終了 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2018年 10月 29（月）- 30日（火）
• 開催場所：遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405)
• アクセス
  • 遺伝研までのアクセス: https://www.nig.ac.jp/nig/ja/about-nig/access_ja
  • 三島駅 => 遺伝研のバス時刻表: https://www.nig.ac.jp/nig/pdf/access/busJ-misima.pdf
  • 遺伝研 => 三島駅のバス時刻表: https://www.nig.ac.jp/nig/pdf/access/busJ-NIG.pdf
  • DBCLSのある建物: http://dbcls.rois.ac.jp/access
  • Tips
    • 遺伝研行きのシャトルバスの乗り口は北口を出てロータリー向かって左手です。
    • 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
      • 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
      • 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
• お昼について
  • 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
    • 参考: ランチスポット情報 [三島グルメ]
• ホテルについて
  • 駅の周りのホテル
    • ホテル昭明館 http://showmeikan.com/ 南口。INSDCミーティング2017で使われたホテル
    • ドーミーイン http://www.hotespa.net/hotels/mishima/ 南口。トレインビュー＆富士山ビュー。温泉があります
    • ホテルアルファワン http://www.alpha-1.co.jp/mishima/ 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその1
    • ホテルマッシモ三島 http://www.massimo-m.jp 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその2
    • 東横イン http://www.toyoko-inn.com/hotel/00215/ 北口。あんまりお店がない方(北口)だけど遺伝研行きシャトルバス乗り場に近い方

スケジュール

• 10/29 (月)
  • 10:00-17:00 開発
  • 17:00- ラップアップ
  • 18:30- 懇親会 (希望者)
  • 20:25 遺伝研発三島行き最終シャトルバス
• 10/30 (火)
  • 10:00-17:00 開発
  • 17:00-18:00 ラップアップ
  • 18:25, 19:25, 20:25 遺伝研発三島行きシャトルバス

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

• データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
  • MicrobeDB.jp ver. 3更新に向けての作業整理（森・藤澤・岡別府・内山）
• 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
• 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
• 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
• エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
• ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
  • KEGG DISEASE の RDF 化とスキーマ図作成（五斗）
• 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
  • 食品メタボロームレポジトリのメタデータ整理をした（櫻井）
• プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/
  • データ更新。81 -> 103 dataset

終了

• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
• プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)

SPARQLthon グループ

• YummyData 安定化に向けた対応。（佐藤、山本）
• TogoAnnotator 検索高速化とアノテーターヒアリング作業。（藤澤、山本）
• 新着論文レビュー 関連情報リンク追加について今後の対応を確認。（小野、建石、大石、山本）
• LOD Surfer Metadata に関するSWAT4HCLSでのポスター関連会議。（小林、山本）
• [1] TogoVar(三橋・豊岡) - https://togovar.biosciencedbc.jp/
  • 遺伝子ビューのアイデア出し（日本人特異的バリアントの表示）、疾患ビューのアイデア出し（疾患のツリー表示、MedgenのDocker化)
• Med2RDF (片山・鎌田・多胡・川島)
  • med2rdf.org におけるMed2RDF 共通バリアント情報スキーマのドキュメント化 (Genopackets?)
  • MGeND <-> TogoVar (<-> JVar) でのデータ交換と外部知識ベースとの連携に JSON-LD?
    • GA4GH の Phenopackets など様々な標準化モデルをサーベイ
  • RDFによる医科学知識ベースの構築と活用、データサイエンティストのリクルート
  • Liftover 情報の RDF 化または API 化
    • Med2RDF と Liftover の NBDC RDF ポータルでのホスティング

今後の予定

• 次回以降の参加登録をお願いいたします（1週間前くらいに参加人数を見て会議費を算定しています）

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 山本泰智 (DBCLS)30日昼まで
• 守屋勇樹 (DBCLS)
• 吉沢明康（京都大学）
• 千葉啓和（DBCLS）
• 小野浩雅（DBCLS）
• 坊農秀雅（DBCLS）
• 仲里猛留（DBCLS）
• 内藤雄樹（DBCLS）
• 大田達郎（DBCLS）
• 藤澤貴智（遺伝研）
• 五斗進（DBCLS）
• 大石直哉（DOGRUN）
• 森宙史（遺伝研）
• 岡別府陽子(MSS)
• 永野朗夫（PENQE）
• 平原麗夏（PENQE）
• 三橋信孝（NBDC）29日のみ
• 豊岡理人（NBDC）29日のみ
• 佐藤大輔（ライフマティックス）
• 多湖真一郎（富士通研）30日のみ
• 田中聡 (Trans-IT)
• 櫻井望（遺伝研）29日のみ
• 鎌田真由美（京大）30日のみ
• 建石由佳（NBDC）30日のみ
• 内山郁夫（基生研) 30日夕方のみ