SPARQLthon73
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* [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/ | * [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/ | ||
* [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/ | * [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/ | ||
- | ** KEGG DISEASE の RDF 化と[https://tinyurl.com/ | + | ** KEGG DISEASE の RDF 化と[https://tinyurl.com/yd7exzkj スキーマ図]作成(五斗) |
* 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/ | * 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/ | ||
** [http://metabolites.in/foods 食品メタボロームレポジトリ]のメタデータ整理をした(櫻井) | ** [http://metabolites.in/foods 食品メタボロームレポジトリ]のメタデータ整理をした(櫻井) |
2018年10月30日 (火) 08:53時点における最新版
第73回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間:2018年 10月 29(月)- 30日(火)
- 開催場所:遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405)
- アクセス
- 遺伝研までのアクセス: https://www.nig.ac.jp/nig/ja/about-nig/access_ja
- 三島駅 => 遺伝研のバス時刻表: https://www.nig.ac.jp/nig/pdf/access/busJ-misima.pdf
- 遺伝研 => 三島駅のバス時刻表: https://www.nig.ac.jp/nig/pdf/access/busJ-NIG.pdf
- DBCLSのある建物: http://dbcls.rois.ac.jp/access
- Tips
- 遺伝研行きのシャトルバスの乗り口は北口を出てロータリー向かって左手です。
- 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
- 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
- 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
- お昼について
- 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
- 参考: ランチスポット情報 [三島グルメ]
- 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
- ホテルについて
- 駅の周りのホテル
- ホテル昭明館 http://showmeikan.com/ 南口。INSDCミーティング2017で使われたホテル
- ドーミーイン http://www.hotespa.net/hotels/mishima/ 南口。トレインビュー&富士山ビュー。温泉があります
- ホテルアルファワン http://www.alpha-1.co.jp/mishima/ 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその1
- ホテルマッシモ三島 http://www.massimo-m.jp 南口。INSDCミーティングの時に使ってるホテルその2
- 東横イン http://www.toyoko-inn.com/hotel/00215/ 北口。あんまりお店がない方(北口)だけど遺伝研行きシャトルバス乗り場に近い方
- 駅の周りのホテル
スケジュール
- 10/29 (月)
- 10:00-17:00 開発
- 17:00- ラップアップ
- 18:30- 懇親会 (希望者)
- 20:25 遺伝研発三島行き最終シャトルバス
- 10/30 (火)
- 10:00-17:00 開発
- 17:00-18:00 ラップアップ
- 18:25, 19:25, 20:25 遺伝研発三島行きシャトルバス
プロジェクト
TPP グループ全体
継続中
- データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- MicrobeDB.jp ver. 3更新に向けての作業整理(森・藤澤・岡別府・内山)
- 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
- 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
- エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
- ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
- KEGG DISEASE の RDF 化とスキーマ図作成(五斗)
- 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
- 食品メタボロームレポジトリのメタデータ整理をした(櫻井)
- プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化(石濱)- https://jpostdb.org/
- データ更新。81 -> 103 dataset
終了
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
- プロテオーム統合データベース:jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
- 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)
SPARQLthon グループ
- YummyData 安定化に向けた対応。(佐藤、山本)
- TogoAnnotator 検索高速化とアノテーターヒアリング作業。(藤澤、山本)
- 新着論文レビュー 関連情報リンク追加について今後の対応を確認。(小野、建石、大石、山本)
- LOD Surfer Metadata に関するSWAT4HCLSでのポスター関連会議。(小林、山本)
- [1] TogoVar(三橋・豊岡) - https://togovar.biosciencedbc.jp/
- 遺伝子ビューのアイデア出し(日本人特異的バリアントの表示)、疾患ビューのアイデア出し(疾患のツリー表示、MedgenのDocker化)
- Med2RDF (片山・鎌田・多胡・川島)
- med2rdf.org におけるMed2RDF 共通バリアント情報スキーマのドキュメント化 (Genopackets?)
- MGeND <-> TogoVar (<-> JVar) でのデータ交換と外部知識ベースとの連携に JSON-LD?
- GA4GH の Phenopackets など様々な標準化モデルをサーベイ
- RDFによる医科学知識ベースの構築と活用、データサイエンティストのリクルート
- Liftover 情報の RDF 化または API 化
- Med2RDF と Liftover の NBDC RDF ポータルでのホスティング
今後の予定
- 次回以降の参加登録をお願いいたします(1週間前くらいに参加人数を見て会議費を算定しています)
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 山本泰智 (DBCLS)30日昼まで
- 守屋勇樹 (DBCLS)
- 吉沢明康(京都大学)
- 千葉啓和(DBCLS)
- 小野浩雅(DBCLS)
- 坊農秀雅(DBCLS)
- 仲里猛留(DBCLS)
- 内藤雄樹(DBCLS)
- 大田達郎(DBCLS)
- 藤澤貴智(遺伝研)
- 五斗進(DBCLS)
- 大石直哉(DOGRUN)
- 森宙史(遺伝研)
- 岡別府陽子(MSS)
- 永野朗夫(PENQE)
- 平原麗夏(PENQE)
- 三橋信孝(NBDC)29日のみ
- 豊岡理人(NBDC)29日のみ
- 佐藤大輔(ライフマティックス)
- 多湖真一郎(富士通研)30日のみ
- 田中聡 (Trans-IT)
- 櫻井望(遺伝研)29日のみ
- 鎌田真由美(京大)30日のみ
- 建石由佳(NBDC)30日のみ
- 内山郁夫(基生研) 30日夕方のみ