SPARQLthon72
提供：TogoWiki
第72回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間：2018年 9月 27（木）- 28日（金）
- 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
- アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
- 周辺の食事処 Google Map
現在、当 wiki と OpenID サーバの承認連携に問題が発生しています。過去に OpenID を使ってログインしたことがある方は "OpenIDでログイン" ではない通常の "ログイン" からパスワードの再発行を行うと、とりあえずログイン可能のようです
プロジェクト
TPP グループ全体
継続中
- データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- ミヤコグサのゲノムRDFにMBGD cluster ID情報を追加するためのRDFを作成（藤澤）
- 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- total glycomeデータベース （三浦）UIの修正・改良
- 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
- 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
- エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
- ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
- 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
- プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/
終了
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
- プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
- 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)
SPARQLthon グループ
- Virtuoso 7.2.5.1をインストール (千葉)
- とりあえず taxonomy.ttl をロードしてみた: 14.3 M triples/min (並列化なし)
- BioSample とかで DB 間のリンクを表すオントロジー（プロパティ)がほしい (大田)
- Identifiers.org 用のオントロジー作成中なので property が少なければこちらに追加ということでも (片山)
- https://gist.github.com/ktym/e2fcac66b187abbd6767245dcb1b2752
- ちなみに LinkDB では equivalent, original, reverse, indirect の4つ
- TogoGenome テキスト検索の見直し (片山・岡別府)
- TogoVar 開発計画 (片山・川島)
- BH18 ポスター等うちあわせ (永野・片山)
- BH18 ビール醸造計画
今後の予定
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 大田達郎 (DBCLS)
- 山口敦子 (DBCLS)
- 守屋勇樹 (DBCLS)
- 山本泰智 (DBCLS)
- 小野浩雅 (DBCLS)
- 仲里猛留 (DBCLS)
- 内藤雄樹 (DBCLS)
- 永野朗夫（penqe）27日のみ
- 岡別府陽子 (MSS)
- 木下聖子（創価大）27日のみ
- 三浦信明（野口研）
- 千葉啓和（DBCLS）
- 櫛田達矢（NBDC）28日
- 藤原豊史 (DBCLS)
- 平原麗夏（penqe）
- 浅野由衣（penqe）
- 山田一作（野口研究所）27日13時まで、28日16時まで
- 佐藤大輔（Lifematics）27日午後から
- 建石由佳（NBDC）28日のみ
- 藤澤貴智（遺伝研）
