SPARQLthon71
提供：TogoWiki
第71回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間：2018年 8月 23（木）- 24日（金）
- 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
- アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
- 周辺の食事処 Google Map
- 備考
- 8月23日 午後は 第5回ゲノムグラフ研究会 と共催（会場は7階701）
プロジェクト
TPP グループ全体
継続中
- データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- total glycomeデータベースへの新規データの登録（ヒトとマウス血清の比較グライコーム）.（三浦） https://totalglycome.glycosmos.org/
- 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
- 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
- エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
- ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
- 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
- プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/
終了
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
- プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
- 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)
SPARQLthon グループ
- TODO http://sparqlthon.org に TODO 管理アプリを設置する（片山）
- SPARQL support 更新（守屋）
- '[ ]' 内のインデント修正（CodeMirror の sparql mode の仕様）
- フォント変更機能追加（日本語環境の macOS 上の Chrome のデフォルト等幅フォントが 'Osaka' で等幅じゃないので）
- DBCLSサービスを引用している論文を収集するツールの活用（イエレナ、小野、大石）
- ツールを使用し、 NBDCとTPPサービスを引用している論文の検索を実際に行った。
- IOBC (Interlinking Ontology for Biological Cocepts)の整備（櫛田、古崎）
- KNApSAcK Biological Activity用語とのマッピング、追加（方法検討）
- isA関係の整理（方法検討）
- 逆引きvgコマンド（大和田、横山、川島）
- 新着論文レビュー係り受けコーパス(建石)
- 形態素（区切り、品詞）修正の悩ましい例に関する検討と公開分の修正
- IOBCのラベルを英和辞書として利用することの検討（藤原、櫛田、（建石））
- TogoJiten(仮)のクエリ書きを分担するための準備（畠中）
今後の予定
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 大田達郎 (DBCLS) 初日のみ😥
- 吉沢明康（京都大学）
- 坊農秀雅 (DBCLS)
- 佐藤大輔（Lifematics）23日のみ
- 三浦信明（野口研）（23日は16時半頃引き上げ）
- 岡別府(MSS)
- 永野朗夫（penqe）初日のみ
- 森宙史（遺伝研）24日のみ
- 平原麗夏（penqe）初日のみ
- 守屋勇樹 (DBCLS)
- 田中聡 (Trans-IT)
- 西出浩世（基生研）
- 櫛田達矢（NBDC）23日午後から、24日
- 古崎晃司（大阪大学）24日のみ
- 鎌田真由美（京都大学）
- 多湖真一郎（富士通研）
- 山本泰智（DBCLS）23日午後
- 内藤雄樹 (DBCLS) 23日のみ
- 藤原豊史 (DBCLS)
- 藤澤貴智（遺伝研）
- 山口敦子 (DBCLS)
- 建石由佳（NBDC）23日全日、24日午後
- 畠中秀樹 (NBDC) 24日のみ
- ソロビヨワ イエレナ（NBDC）24日
- 大石直哉(DOGRUN)
- 山中遼太 (Oracle)
- 大和田周甫（東工大）
