SPARQLthon69

提供：TogoWiki

第69回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.1.1 継続中 2.1.2 終了 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2018年 6月 21（木）- 22日（金）
• 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

• 備考
  • 6月21日 午前はマグロ解体ショーがあるかも
  • 6月21日 午後は 第4回ゲノムグラフ研究会 と共催（会場は7階）

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

• データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
  • メタゲノムサンプル(BioSample)のメタデータ記述スキーマを検討.BioSampleRDF及びキュレーションデータのRDF化(岡別府、藤澤、川島)
    • プライベートデータ入力形式Excel2RDFのスキーマを公開BioSampleに寄せる方向で
    • MEO/MSVのキュレーション／オートアノテーション、Attribute値のキュレーションの持ち方の検討
    • MEO/MSV/MDBV＋新規の各種オントロジーの利用検討、アプリケーションオントロジーで各種OWLをインポート（MSVのプロパティは要クラス化）
  • ホロゲノム解析支援ツールのスタンザ用のSPARQL記述（藤澤）
    • Host-Symbiont, JBrowse URL、MBGD cluster vs Assembly, MBGD cluster vs SRS
• 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
  • TotalGlycome Database: RDFレビューのお願い, 発現量などのテーブル表示の変更, グラフ表示に着手（三浦・山田）
  • SPARQListのお勉強（山田）
    • endpointの指定には、Parametersを利用できない（現在の仕様 "message": "Only absolute URLs are supported" ）
• 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
• 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
  • ChIP-Seq(MACS)結果ピーク情報のRDFスキーマ作成 (若栗)
  • ChIP-Atlasとの連携機能として、転写因子結合サイトの検索機能の作成・実装 (若栗)
• エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
• ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
• 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
• プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/
  • DB の SSL 化（ts, SPARQList 等を SSL で呼ぶ）（守屋）
    • SPARQList の中の endpoint 指定や fetch リクエストは http のままでも問題ない様子
    • ts (TogoStanza-JavaScript) の index.js 内の endpoint や api url は https 化しなくてはいけない

終了

• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
• プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)

SPARQLthon グループ

• TogoGenome (片山・佐藤・岡別府）
  • JBrowse で exon-intron 構造が表示できなかった問題をfix
    • RefSeq or RDF からの GFF 作成 → RefSeq データ汚く破綻、BioPerlもダメ
    • SPARQL の超高速化と JBrowse コードの改造、無駄な stats を止める等
    • CDS/tRNA/rRNAトラック統合
    • TogoVar への適用
  • トップページのクエリが重くなってきたので、生物種を assembly report の refseq category を representative genome, reference genome をもつものに絞る
    • http://togogenome.org/ 12,775 生物種 → http://dev.togogenome.org/ 9722 生物種（うち、↑のゲノムを持つのは 2196生物種、7065 配列 → 本番環境にデプロイ中
  • 比較ゲノム機能のバグフィックス（SPARQL に不備があった）
    • RefSeq と UniProt の対応が idmapping から取れていないものが拾えない問題が懸案
  • CSV, JSON ダウンロード機能の Chrome 対応 https://qiita.com/ledsun/items/93b0965c9720e0baf81c
• TogoVar（佐藤・片山・守屋）
  • JS 版スタンザでデフォルトの jQuery, CSS を消去したため、webcomponents.js をアプリ側で読み込まないと Safari/Firefox でスタンザが表示できない問題
• TogoIdentifier 計画（小野・片山・佐藤）
  • TogoGenome の ID converter/resolver を切り出して、DBCLS の各サービスや TogoVar にも対応した Identifiers.org URI (と遺伝子名などのラベルも含む）の変換サービスとして独立？

• ゲノムグラフ（濱谷・片山・横山）
  • ヒト、チンパンジー、、、マウス等の FOXP2 トランスクリプトで遺伝子グラフを作成、AF467253.1 793塩基目の C→A 変異を Sequence Tube Map で確認
  • http://viewer.momig.tokyo/demo3

• SPARQLを用いた推論機能について（千葉）
• SPARQL support のqueryタブを移動できるように改良（守屋）
• med2rdf （川島・鎌田・多湖・村上）
  • 完成済みのコンバーターの動作確認 & ttl の確認して修正点の列挙 [CIViC, HINT, INStruct] => DGIdbが未だ
    • CIViC は、ガンに関する遺伝子変異情報がまとめてあるデータベース。座標の記述にはfaldoを、リファレンス配列としてhcoを利用しているので、TogoVarにすぐ取り込めるはず。
  • JSMO (がん3学会合同ガイダンス)コンバーター作成：治療薬DBのオントロジー調査
  • dbNFSPコンバーター作成：faldoに対応
  • [ICGC, Cosmic] Oracle 上の R2RML Mapping で rr:sqlQuery がエラーになるので開発に問い合わせ（山中）

今後の予定

• [BH18.7] 国内版バイオハッカソン 7/15-20＠徳島
  • 参加登録受付中（今月中、なるはやでよろ）
• ELIXIR版 BioHackathon 11/12-16＠パリ郊外
  • http://bh2018paris.info
  • 公募 7/12 まで登録締切を延長
  • DBCLS/NBDCからは5〜10名参加予定、皆さんも是非
• BH18 国際版バイオハッカソン 12/9-15＠松江
  • Rubyの父 まつもとゆきひろさんにもお越しいただけそう
  • ウェブサイト、参加登録フォームこれから作ります

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 大田達郎 (DBCLS)
• 守屋勇樹 (DBCLS)
• 山口敦子 (DBCLS)
• 岡別府陽子(MSS)
• 永野朗夫（penqe）21日のみ
• 平原麗華（penqe）
• 千葉啓和 (DBCLS)
• 山田一作（野口研究所）
• 内藤雄樹 (DBCLS)
• 小野浩雅 (DBCLS)
• 三浦信明（野口研究所）
• 佐藤大輔 (レベルファイブ)
• 建石由佳 (NBDC)
• 五斗進（DBCLS）
• 山本泰智（DBCLS）
• 田中聡 (Trans-IT) 22日のみ
• 多湖真一郎（富士通研）
• 川島武士（遺伝研）
• 若栗浩幸 （BITS) 21日、22日(午前のみ)
• 小林紀郎 (理研) 21日のみ←すいませんが欠席します
• 大石直哉（DOGRUN）
• 仲里猛留 (DBCLS)
• 三原基広（dynacom）21日のみ
• 藤原豊史 (DBCLS)
• 藤澤貴智（遺伝研）
• 村上勝彦（富士通研）22日のみ
• 櫛田達矢（NBDC）22日のみ
• 信定知江（NBDC）22日のみ
• 畠中秀樹 (NBDC) 22日のみ
• 山中遼太 (Oracle) 22日のみ