SPARQLthon69

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第69回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

開催概要

開催期間：2018年 6月 21（木）- 22日（金）
開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学柏の葉キャンパス駅前サテライト 6階
アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

備考
- 6月21日午前はマグロ解体ショーがあるかも
- 6月21日午後は第4回ゲノムグラフ研究会と共催（会場は7階）

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- メタゲノムサンプル(BioSample)のメタデータ記述スキーマを検討.BioSampleRDF及びキュレーションデータのRDF化(岡別府、藤澤、川島)
  - プライベートデータ入力形式Excel2RDFのスキーマを公開BioSampleに寄せる方向で
  - MEO/MSVのキュレーション／オートアノテーション、Attribute値のキュレーションの持ち方の検討
  - MEO/MSV/MDBV＋新規の各種オントロジーの利用検討、アプリケーションオントロジーで各種OWLをインポート（MSVのプロパティは要クラス化）
- ホロゲノム解析支援ツールのスタンザ用のSPARQL記述（藤澤）
  - Host-Symbiont, JBrowse URL、MBGD cluster vs Assembly, MBGD cluster vs SRS
糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- TotalGlycome Database: RDFレビューのお願い, 発現量などのテーブル表示の変更, グラフ表示に着手（三浦・山田）
- SPARQListのお勉強（山田）
  - endpointの指定には、Parametersを利用できない（現在の仕様 "message": "Only absolute URLs are supported" ）
蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
- ChIP-Seq(MACS)結果ピーク情報のRDFスキーマ作成 (若栗)
- ChIP-Atlasとの連携機能として、転写因子結合サイトの検索機能の作成・実装 (若栗)
エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/
- DB の SSL 化（ts, SPARQList 等を SSL で呼ぶ）（守屋）
  - SPARQList の中の endpoint 指定や fetch リクエストは http のままでも問題ない様子
  - TogoStanza (JavaScript) の index.js 内の endpoint や api url は https 化しなくてはいけない

終了

SPARQLthon グループ

TogoGenome (片山・佐藤・岡別府）
- JBrowse で exon-intron 構造が表示できなかった問題をfix
  - RefSeq or RDF からの GFF 作成 → RefSeq データ汚く破綻、BioPerlもダメ
  - SPARQL の超高速化と JBrowse コードの改造、無駄な stats を止める等
  - CDS/tRNA/rRNAトラック統合
  - TogoVar への適用
- トップページのクエリが重くなってきたので、生物種を assembly report の refseq category を representative genome, reference genome をもつものに絞る
  - http://togogenome.org/ 12,775 生物種 → http://dev.togogenome.org/ 9722 生物種（うち、↑のゲノムを持つのは 2196生物種、7065 配列 → 本番環境にデプロイ中
- 比較ゲノム機能のバグフィックス（SPARQL に不備があった）
  - RefSeq と UniProt の対応が idmapping から取れていないものが拾えない問題が懸案
- CSV, JSON ダウンロード機能の Chrome 対応 https://qiita.com/ledsun/items/93b0965c9720e0baf81c
TogoVar（佐藤・片山・守屋）
- JS 版スタンザでデフォルトの jQuery, CSS を消去したため、webcomponents.js をアプリ側で読み込まないと Safari/Firefox でスタンザが表示できない問題
TogoIdentifier 計画（小野・片山・佐藤）
- TogoGenome の ID converter/resolver を切り出して、DBCLS の各サービスや TogoVar にも対応した Identifiers.org URI (と遺伝子名などのラベルも含む）の変換サービスとして独立？

ゲノムグラフ（濱谷・片山・横山）
- ヒト、チンパンジー、、、マウス等の FOXP2 トランスクリプトで遺伝子グラフを作成、AF467253.1 793塩基目の C→A 変異を Sequence Tube Map で確認
- http://viewer.momig.tokyo/demo3

SPARQLを用いた推論機能について（千葉）
SPARQL support のqueryタブを移動できるように改良（守屋）
med2rdf （川島・鎌田・多湖・村上）
- 完成済みのコンバーターの動作確認 & ttl の確認して修正点の列挙 [CIViC, HINT, INStruct] => DGIdbが未だ
  - CIViC は、ガンに関する遺伝子変異情報がまとめてあるデータベース。座標の記述にはfaldoを、リファレンス配列としてhcoを利用しているので、TogoVarにすぐ取り込めるはず。
- JSMO (がん3学会合同ガイダンス)コンバーター作成：治療薬DBのオントロジー調査
- dbNFSPコンバーター作成：faldoに対応
- [ICGC, Cosmic] Oracle 上の R2RML Mapping で rr:sqlQuery がエラーになるので開発に問い合わせ（山中）

今後の予定

[BH18.7] 国内版バイオハッカソン 7/15-20＠徳島
- 参加登録受付中（今月中、なるはやでよろ）
ELIXIR版 BioHackathon 11/12-16＠パリ郊外
- http://bh2018paris.info
- 公募 7/12 まで登録締切を延長
- DBCLS/NBDCからは5〜10名参加予定、皆さんも是非
BH18 国際版バイオハッカソン 12/9-15＠松江
- Rubyの父まつもとゆきひろさんにもお越しいただけそう
- ウェブサイト、参加登録フォームこれから作ります

参考リンク

これまでの SPARQLthon

参加者

片山俊明 (DBCLS)
川島秀一 (DBCLS)
大田達郎 (DBCLS)
守屋勇樹 (DBCLS)
山口敦子 (DBCLS)
岡別府陽子(MSS)
永野朗夫（penqe）21日のみ
平原麗華（penqe）
千葉啓和 (DBCLS)
山田一作（野口研究所）
内藤雄樹 (DBCLS)
小野浩雅 (DBCLS)
三浦信明（野口研究所）
佐藤大輔 (レベルファイブ)
建石由佳 (NBDC)
五斗進（DBCLS）
山本泰智（DBCLS）
田中聡 (Trans-IT) 22日のみ
多湖真一郎（富士通研）
川島武士（遺伝研）
若栗浩幸（BITS) 21日、22日(午前のみ)
小林紀郎 (理研) 21日のみ←すいませんが欠席します
大石直哉（DOGRUN）
仲里猛留 (DBCLS)
三原基広（dynacom）21日のみ
藤原豊史 (DBCLS)
藤澤貴智（遺伝研）
村上勝彦（富士通研）22日のみ
櫛田達矢（NBDC）22日のみ
信定知江（NBDC）22日のみ
畠中秀樹 (NBDC) 22日のみ
山中遼太 (Oracle) 22日のみ

SPARQLthon69

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目次

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TPP グループ全体

継続中

終了

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今後の予定

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