SPARQLthon68

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** TogoGenoemの対象RefSeqデータの見直し [/mw/SPARQLthon/TogoGenomeUpdate/2018_04#.E3.83.87.E3.83.BC.E3.82.BF.E9.87.8F.E3.81.8C.E5.A4.9A.E3.81.99.E3.81.8E.E3.81.A6Gene.E3.81.AE.E3.83.95.E3.82.A1.E3.82.BB.E3.83.83.E3.83.88.E6.A4.9C.E7.B4.A2.E3.81.8C.E8.BF.94.E3.81.A3.E3.81.A6.E3.81.93.E3.81.AA.E3.81.84 詳細]
** TogoGenoemの対象RefSeqデータの見直し [/mw/SPARQLthon/TogoGenomeUpdate/2018_04#.E3.83.87.E3.83.BC.E3.82.BF.E9.87.8F.E3.81.8C.E5.A4.9A.E3.81.99.E3.81.8E.E3.81.A6Gene.E3.81.AE.E3.83.95.E3.82.A1.E3.82.BB.E3.83.83.E3.83.88.E6.A4.9C.E7.B4.A2.E3.81.8C.E8.BF.94.E3.81.A3.E3.81.A6.E3.81.93.E3.81.AA.E3.81.84 詳細]
** RefSeqのgeneとUniProtIDの対応 [/mw/SPARQLthon/TogoGenomeUpdate/2018_04#RefSeq.E3.81.A8UniProt.E3.83.9E.E3.83.83.E3.83.94.E3.83.B3.E3.82.B0 詳細]
** RefSeqのgeneとUniProtIDの対応 [/mw/SPARQLthon/TogoGenomeUpdate/2018_04#RefSeq.E3.81.A8UniProt.E3.83.9E.E3.83.83.E3.83.94.E3.83.B3.E3.82.B0 詳細]
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* 新着論文レビュー機能拡張(大石・建石)
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** サーバー(vs39)の環境構築
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** 追加記事Get⇒形態素解析による用語抽出⇒Map先DBのIDとの関連付け の一連のスクリプトをサーバー上に実装
=== 今後の予定 ===
=== 今後の予定 ===

2018年5月28日 (月) 01:42時点における最新版

第68回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間:2018年 5月 24(木)- 25日(金)
  • 開催場所:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
  • アクセス:http://dbcls.rois.ac.jp/access
  • 開催連絡:http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
  • NBDC RDFポータルでは5/25(金)10:00-13:00にディスクのメンテを行います。高負荷な作業は避けていただけると助かります。

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

終了

SPARQLthon グループ

  • 老化現象の解明に資する、オープンデータを体系的に利用した知識推論基盤の構築(桝屋、山田、小林)
    • GRASE (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18263641) の技術を使って老化関連データを検索する仕組みを構築、このためにRDFデータを収集
      • PubChemのChEBI から(老化関連)化合物を収集、RDFデータセットを作成した。
        • carbohydrates and carbohydrate derivatives (9961)
        • epitope (626)
        • fatty acid derivative (1243)
        • inhibitor (2187)
        • isoprenoid (4005)
        • lipid (13882)
        • metabolite (19202)
        • molecular messenger (987)
        • pharmaceutical (5168)
      • PubChemのMESH からChEBI IDを収集
        • Amino-Acids, Peptides and Proteins (1936)
        • Carbohydrates (1871)
        • Lipids (1784)
  • SPARQL Endpointメタデータの収集、公開
    • 昨年度定義したメタデータに準拠したクローラを再構築、軽量化。https://github.com/LODSurfer/lodsurfer-metadata/tree/develop
    • LOD Suerferで連合検索を行いたい山口さんからメタデータの追加仕様の依頼
      • class --property--> literal のような関係は class --property--> classとは分離して定義するなどの細かな仕様変更に対応予定。
    • 公開サイト構築準備
      • メタデータの閲覧、検索を行うツールとして実装。特に連合検索を行うLOD Surferに特化した機能を優先的に実装。
  • JSON2LD Mapper(藤澤、山本)
    • contextファイルで定義されているオントロジー/語彙情報の参照先について櫛田さん、畠中さんと相談(NBDCのSPARQL endpoint)
    • Open Refine reconciliation service APIの仕様調査
  • SPARQL support でクエリにアクセスするための短縮 URL を作れるようにした(守屋)
  • TogoGenome (岡別府)
    • TogoGenoemの対象RefSeqデータの見直し 詳細
    • RefSeqのgeneとUniProtIDの対応 詳細
  • 新着論文レビュー機能拡張(大石・建石)
    • サーバー(vs39)の環境構築
    • 追加記事Get⇒形態素解析による用語抽出⇒Map先DBのIDとの関連付け の一連のスクリプトをサーバー上に実装

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 山田一作 (野口研究所)
  • 三浦信明(野口研究所)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 岡別府陽子(MSS)
  • 千葉啓和(DBCLS)
  • 永野朗夫(penqe)24日のみ
  • 平原麗華(penqe)24日のみ
  • 小林紀郎 (理研)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 大石直哉 (DOGRUN)
  • 桝屋啓志 (理研BRC) 24日のみ
  • 福山翼 (アクシオヘリックス)24日午後のみ:桝屋小林と打ち合わせ
  • 五斗進(DBCLS)
  • 櫛田達矢(NBDC)24日午後&25日
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • Kuoka Thukaa (創価大学) 24日のみ
  • sunmyoung Lee (創価大学) 24日のみ
  • 藤澤貴智(遺伝研) 24日午後&25日
  • 守屋勇樹(DBCLS)
  • 藤原豊史(DBCLS)
  • 建石由佳(NBDC) 24日午後&25日
  • 畠中秀樹 (NBDC) 25日のみ
/mw/SPARQLthon68」より作成