SPARQLthon67

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第67回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

（継続中）H30〜

（継続中）H29〜

（終了）〜H30

（終了）〜H29

SPARQLthon グループ 

rs671	12	112241766	GG
rs2066702	4	100229017	GG
  • 新着論文レビュー機能拡張（小野・山本・大石・建石）
    • 論文追加時の更新に関する方針決め
    • 遺伝子名のMap：RefSeqを遺伝子名（Alias含む）で検索
  • Virtuoso8のテスト（千葉）
    • 購入したライセンスは 5 connections, 16 cores (最近、買い切り→1年更新に?)
    • インストール
    • ロード速度は、13Mトリプル/分 くらい出ていた（並列化なしで）
    • 接続数の制御が面倒で、制限にかかると止まってしまったり失敗したり [1]
    • うりはCustom Inference Rules なんですが、まだ試せていません..
  • BioSample for everyone（川島秀、川島武、吉沢、山田、大田） 
# CHEMBL
prefix skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>

select distinct ?prefLabel ?altLabel
from <http://rdf.glycoinfo.org/chembl>
{
	#?chembl_molecule a ?type .
	?chembl_molecule a <http://rdf.ebi.ac.uk/terms/chembl#Oligosaccharide> .
	?chembl_molecule skos:prefLabel ?prefLabel .
    MINUS {
		?chembl_molecule skos:prefLabel ?prefLabel .
        FILTER( contains(?prefLabel, 'CHEMBL' ) )
    }
    OPTIONAL {
    ?chembl_molecule skos:altLabel ?altLabel .
    }
}

# CHEBI
select distinct str (?o) as ?name
from <http://rdf.glycoinfo.org/chebi-owl>
where {
 ?s <http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasExactSynonym>|<http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasRelatedSynonym> ?o .
}

今後の予定

  • 7/15-20 BH18.7 国内版バイオハッカソンBH18.7@徳島
  • 12/9-15 or 12/16-22 国際版BioHackathon 2018
    • 前後の学会
      • 9/5-7 生物工学会＠関西大
      • 9/8-12 ECCB@Athens
      • 9/15-17 生物物理学会＠岡山
      • 9/19-21 IIBMP@鶴岡
      • 9/27-29 がん学会＠阪大
      • 9/30-10/3 HUPO（ヒトプロテオーム機構世界大会）＠Orlando
      • 10/3-5 GA4GH＠Basel
      • 10/4-5 トーゴーの日
      • 10/9-11 CBI年会＠船堀
      • 10/10-13 人類遺伝学会＠横浜
      • 10/16-20 ASHG＠San Diego
      • 10/17-19 メタボローム・シンポジウム＠鶴岡
      • 11/12-16 EU ELIXIR BioHackathon@Paris
      • 11/26-28 JIST＠淡路島
      • 11/28-30 分子生物学会＠横浜
      • 12/3-6 SWAT4HCLS@Antwerp
    • 現在の候補地
    • その他

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 川島武士 (NIG)
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 岡別府陽子 (MSS)
  • 千葉啓和（DBCLS）
  • 山田一作（野口研究所）２６日午後（15時頃までには着く予定）〜２７日
  • 大田達郎（DBCLS）
  • 坊農秀雅(DBCLS)
  • 仲里猛留(DBCLS)
  • 内藤雄樹(DBCLS) 26日のみ
  • 小野浩雅(DBCLS)
  • 大石直哉(dogrun)
  • 永野朗夫(penqe)
  • 中庭めぐみ(penqe)
  • 平原麗華(penqe)
  • 吉沢明康（京都大学）
  • 内山郁夫(基生研)
  • 加藤雅樹(基生研)
  • 西出浩世(基生研)
  • 三原基広(ダイナコム)
  • 五斗進（DBCLS）
  • 建石由佳（NBDC）26日午後のみ
  • 櫛田達矢（NBDC）27日のみ
  • 新町大輔 (sparqlite) 26日のみ
  • 木下聖子（創価大）26日のみ
  • Kuoka Thukaa (創価大学)　26日のみ
  • 小野多美子（創価大）26日のみ
  • 塩田正明（創価大）26日のみ
  • 久米慧嗣（理研BDR）26日のみ
  • 佐藤大輔（レベルファイブ）
  • 藤原豊史 (DBCLS)
  • 田中聡 (Trans-IT) 27日のみ
  • 藤澤貴智（遺伝研）26日のみ
  • 三橋信孝（NBDC）27日のみ
  • 畠中秀樹 (NBDC) 27日午後のみ
「/mw/SPARQLthon67」より作成