SPARQLthon67
提供：TogoWiki
第67回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間：2018年 4月 26（木）- 27日（金）
- 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
- アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
プロジェクト
TPP グループ全体
（継続中）H30〜
- 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
- プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/
- スタンザの改良（守屋）
- Proteoform 可視化スタンザ：isoform 間の比較、ペプチド揃え
- 変動解析スタンザ：変動しているペプチドの可視化
- RDF を ftp で公開して、portal に渡す準備
- スキーマ図修正
- draw.io 死ね
- スタンザの改良（守屋）
（継続中）H29〜
- データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- MicrobeDB.jpポータル → MBGD ユーザ認証・ゲノムデータ同期 打合せ
- ゲノムファセット検索用、Assembly → BioSample JSONをDBCLS APIを利用 回収 17685 / 17715件
- JBrowseスタンザ開発 RhizoBase - MBGD 遺伝子IDマッピング https://www.evernote.com/l/AAEl-V5NmFZDjJTJcjmhNGzJbLE4wG3RVB8
- 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- talk with 'SNV data' developing team (Thukaa).
- glycosmos Pathwayの検索にd3sparql(treemapzoom)を導入 (小野)
- 糖鎖関連パスウェイの RDF 自動可視化の検討 (塩田)
- 複合糖質オントロジーの開発：GlycoCoO (山田、木下、新町)
- 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
- 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
- エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
- ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
- RDF 化、スキーマ図作成（五斗）
（終了）〜H30
（終了）〜H29
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
SPARQLthon グループ
- TogoVar (佐藤・片山)
- HGNCからTogoVarのデータを取得する仮API
- 守屋さんのjPOST protein viewerスタンザをこれらを使って転用できないか検討
- HGNCから遺伝子配列を取得するAPI
- ENST のトランスクリプトごとに Ensembl REST API で配列を取得するか、RefSeq の location だけ取得して座標変換するか悩ましいところ
- 変異サマリを表示するようなスタンザの開発
rs671 12 112241766 GG rs2066702 4 100229017 GG
- 新着論文レビュー機能拡張（小野・山本・大石・建石）
- 論文追加時の更新に関する方針決め
- 遺伝子名のMap：RefSeqを遺伝子名（Alias含む）で検索
- 2018 OME Annual Users Meeting 抄録執筆（久米）
- MONDO調査（藤原）少し更新：2018/4/27
- SPARQLエンドポイント実装調査（山本）
- 引っ越しました。SPARQLthon/SPARQL11test
- WikidataCon 2017で紹介されていたWikidataへのサンプルクエリに「%」から始まる変数があって、それは何だろうと調べると、ANZO SPARQL Extensionという拡張で、Named Subqueryという機能があり、特定のクエリを変数化して適宜呼び出せるようです。
- Virtuoso8のテスト（千葉）
- 購入したライセンスは 5 connections, 16 cores (最近、買い切り→1年更新に?)
- インストール
- ロード速度は、13Mトリプル/分 くらい出ていた（並列化なしで）
- 接続数の制御が面倒で、制限にかかると止まってしまったり失敗したり [1]
- うりはCustom Inference Rules なんですが、まだ試せていません..
- BioSample for everyone（川島秀、川島武、吉沢、山田、大田）
- BioSample に、DNA配列のサンプル以外のサンプル（プロテオーム、メタボローム、糖鎖等）も登録したらいいのではないか、という話
- 参考： OmicsDI
- DDBJ管轄でないレポジトリに登録されるサンプル情報について、DDBJが受け入れるかどうかはセンター全体での意思決定が必要とのこと
- 参考: 既存の BIoSample package
- BioSample に、DNA配列のサンプル以外のサンプル（プロテオーム、メタボローム、糖鎖等）も登録したらいいのではないか、という話
- 分子の名前のリスト - 分子（糖鎖）の構造と分子の名前のRDFを整理し、名前から構造を検索できるようにしたい。（山田）
- CHEMBL, CHEBIから chembl_23.0_molecule.ttl.gz, chebi.owl.gz をダウンロードし、Virtuosoにロード。SPARQLで名前を取得。
# CHEMBL
prefix skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
select distinct ?prefLabel ?altLabel
from <http://rdf.glycoinfo.org/chembl>
{
#?chembl_molecule a ?type .
?chembl_molecule a <http://rdf.ebi.ac.uk/terms/chembl#Oligosaccharide> .
?chembl_molecule skos:prefLabel ?prefLabel .
MINUS {
?chembl_molecule skos:prefLabel ?prefLabel .
FILTER( contains(?prefLabel, 'CHEMBL' ) )
}
OPTIONAL {
?chembl_molecule skos:altLabel ?altLabel .
}
}
# CHEBI
select distinct str (?o) as ?name
from <http://rdf.glycoinfo.org/chebi-owl>
where {
?s <http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasExactSynonym>|<http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasRelatedSynonym> ?o .
}
今後の予定
- 3/19-23 RDF summit 3@京都
- 7/15-20 BH18.7 国内版バイオハッカソンBH18.7@徳島
- 12/9-15 or 12/16-22 国際版BioHackathon 2018
- 前後の学会
- 9/5-7 生物工学会＠関西大
- 9/8-12 ECCB@Athens
- 9/15-17 生物物理学会＠岡山
- 9/19-21 IIBMP@鶴岡
- 9/27-29 がん学会＠阪大
- 9/30-10/3 HUPO（ヒトプロテオーム機構世界大会）＠Orlando
- 10/3-5 GA4GH＠Basel
- 10/4-5 トーゴーの日
- 10/9-11 CBI年会＠船堀
- 10/10-13 人類遺伝学会＠横浜
- 10/16-20 ASHG＠San Diego
- 10/17-19 メタボローム・シンポジウム＠鶴岡
- 11/12-16 EU ELIXIR BioHackathon@Paris
- 11/26-28 JIST＠淡路島
- 11/28-30 分子生物学会＠横浜
- 12/3-6 SWAT4HCLS@Antwerp
- 現在の候補地
- 12/16-22 岡山 瀬戸大橋 鷲羽ハイランド http://hailand.co.jp/
- 12/9-15 島根 松江 ホテル一畑 https://www.ichibata.co.jp/hotel/
- 12/9-15 or 12/16-22 新潟 越後湯沢 湯沢ニューオータニ https://www.yuzawa-newotani.jp/
- その他
- 高知
- 高知会館 https://www.kourituyasuragi.jp/kochi/
- 高知サンライズホテル https://kochi-sunrise.com/
- クラウンパレス新阪急高知 https://www.crownpalais.jp/kochi/
- 城西館 https://www.jyoseikan.co.jp/
- 新潟 月岡温泉 https://www.senkei.com/
- 新穂高
- ニセコ、洞爺湖、支笏湖
- 秋田
- 鹿児島
- 沖縄
- 富士山
- :
- 高知
- 前後の学会
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS)
- 川島秀一 (DBCLS)
- 守屋勇樹 (DBCLS)
- 川島武士 (NIG)
- 山口敦子 (DBCLS)
- 山本泰智 (DBCLS)
- 岡別府陽子 (MSS)
- 千葉啓和（DBCLS）
- 山田一作（野口研究所）２６日午後（15時頃までには着く予定）〜２７日
- 大田達郎（DBCLS）
- 坊農秀雅(DBCLS)
- 仲里猛留(DBCLS)
- 内藤雄樹(DBCLS) 26日のみ
- 小野浩雅(DBCLS)
- 大石直哉(dogrun)
- 永野朗夫(penqe)
- 中庭めぐみ(penqe)
- 平原麗華(penqe)
- 吉沢明康（京都大学）
- 内山郁夫(基生研)
- 加藤雅樹(基生研)
- 西出浩世(基生研)
- 三原基広(ダイナコム)
- 五斗進（DBCLS）
- 建石由佳（NBDC）26日午後のみ
- 櫛田達矢（NBDC）27日のみ
- 新町大輔 (sparqlite) 26日のみ
- 木下聖子（創価大）26日のみ
- Kuoka Thukaa (創価大学) 26日のみ
- 小野多美子（創価大）26日のみ
- 塩田正明（創価大）26日のみ
- 久米慧嗣（理研BDR）26日のみ
- 佐藤大輔（レベルファイブ）
- 藤原豊史 (DBCLS)
- 田中聡 (Trans-IT) 27日のみ
- 藤澤貴智（遺伝研）26日のみ
- 三橋信孝（NBDC）27日のみ
