SPARQLthon66

提供：TogoWiki

第66回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.1.1 H29〜 2.1.2 継続中（〜H30） 2.1.3 〜H29 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2018年 3月 15（木）- 16日（金）
• 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

• データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
• 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
  • 糖タンパク質のビュアーがだいたいできた（ズカさん）
  • 糖タンパク質の一覧を表示する（ファセット検索可能な）ウェブ画面を検討した（ズカさん、木下、山田）
    • SPARQL文をひたすら作った（ズカさん）
  • アンケートの英語版の英文を直した（木下）
  • 金曜日：
    • PubAnnotationを使ってGlyTouCanに登録されているIUPAC文字列のアノテーションをしはじめた
    • 糖鎖遺伝子のバリアント解析
    • できなかった：
      • 糖鎖遺伝子とMicrobeDBゲノムとの連携
      • 糖鎖遺伝子とPGDBjとの連携の可能性も検討したい
• 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
• 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
  • ChIP-atlasとKEROの連携機能についての可能性を探るための準備（若栗）
• エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
• ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/

継続中（〜H30）

• プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
  • 3月26日DB公開！！（予定！！！）
  • DB構築中：http://globe.jpostdb.org/
  • DBのHELP草稿を執筆ちう（にほんごでだ）
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)

〜H29

• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)

SPARQLthon グループ

• いろいろ（守屋）
  • SPARQList 外部API連携例
  • d3.js と togostanza (JS 版) 問題
    • _header.html で d3.js を呼んで、element 上のマウス相対座標を取得する d3.mouse() を呼ぶスタンザを複数同じページに配置するというかなり特殊な状況で、Webkit 系ブラウザで conflict する。Firefox ではしない
      • 解決法１：親ページで d3.js を１回だけ呼ぶか、片方の _header.html だけで呼ぶ（Stanza単体では動かなくなる）
      • 解決法２：d3.mouse() を使わずにマウス相対座標を取得する
  • virtuoso 今月のバグ
    • RDFを virtuoso に import 直後の状態で、VALUES で変数代入の挙動がおかしくなる現象（代入されない）
      • 解決法：virtuoso 再起動で正常になる
    • OPTIONAL で入れた変数を DISTINCT したとき、挙動がおかしい（Query）。
      • 解決法：もう一度 SELECT で囲む（Query）
      • CLEAR GRAPH を失敗している可能性を指摘されたので、今後調べる
  • SPARQL-proxy tips

• Quanto の RDF を修正しました、元データ書き換え中 https://github.com/inutano/quanto-rdf (おおた)

今後の予定

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 坊農秀雅 (DBCLS) 15日のみ
• 山本泰智 (DBCLS)
• 山口敦子 (DBCLS)
• 岡別府陽子 (MSS)
• 岡本忍（DBCLS）（予定）
• 守屋勇樹 (DBCLS)
• 吉沢明康 (京都大学)
• 永野朗夫 (penqe)
• 中庭めぐみ (penqe)
• 平原麗華 (penqe)
• 千葉啓和 (DBCLS)
• 嶋田健一 (Harvard)
• 小野浩雅 (DBCLS)
• 仲里猛留 (DBCLS)
• 内藤雄樹 (DBCLS)
• 大田達郎 (DBCLS)
• 藤原豊史 (DBCLS)
• 大石直哉 (dogrun)
• 藤澤貴智（遺伝研）15日のみ
• 山田一作（野口研究所）15日のみ　（予定）
• 木下聖子（創価大学）
• Thukaa Kuoka（創価大学）
• 佐藤大輔（レベルファイブ）
• 若栗浩幸（BITS）
• 櫛田達矢（NBDC）16日のみ
• 畠中秀樹 (NBDC) 16日午後のみ
• 田中聡 (Trans-IT)
• 三橋信孝 (NBDC)　16日のみ
• 桝屋啓志 (理研BRC)　16日のみ
• 臼田大輝 (理研BRC)　16日のみ
• 森宙史（遺伝研）15日のみ