SPARQLthon64

提供：TogoWiki

第64回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.1.1 H29〜 2.1.2 継続中（〜H30） 2.1.3 〜H29 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2018年 1月 18（木）- 19日（金）
• 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて

プロジェクト

TPP グループ全体

H29〜

• データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
  • ゲノム微生物学会MicrobeDB.jp講習会までのマイルストーン確認および更新（藤澤・岡別府）
• 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
  • 糖タンパク質などでSPARQListを使う - https://sparqlist.glyconavi.org （山田）
    • ProtVistaを活用予定 - http://ebi-uniprot.github.io/ProtVista/developerGuide.html#adding-your-own-sources
  • せんでん：国際ワークショップ 3/5-9（ハッカソン:3/7-9） - http://glic.glycoinfo.org/meetings/LSworkshop2018/
• 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
• 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/

• エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
• ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/

継続中（〜H30）

• プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)

〜H29

• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)

SPARQLthon グループ

• G2GML: BioHackathon 2017 で開始。LOD を Graph DB で利用するためのデータ変換。関連イベント 1/31 (千葉・山中)
• ゲノムグラフ研究会 (大和田・原薗・横山)
  • 第1回研究会 2/27 第2回研究会 3/26
  • vcf2ggf
• グラフ構築・解析エンジンの紹介（伊藤）
• 文字修飾（上付き、下付き、イタリックなど）を表現・表示する際の方法の方針をきめたい。”科学では文字修飾が大事な意味を持っている（桝屋さん）”、化合物表記や糖鎖名称でも文字修飾があると助かります。（山田）
  • 参考： rdf:HTML Datatype - https://www.w3.org/TR/rdf11-concepts/#section-html
• トリプルストア観測しました。(AllegroGraph 6.4.0、RDF4J 2.2.4、Stardog 5.2.0) AllegroGraph, RDF4JともにSERVICE句を利用したさいにリモートエンドポイントから得られるデータの型チェックを厳格にし始めている。このため、DBpediaの返すデータが弾かれるようになった。（山本）
• うまかヤミー復活か。クローラー問題で長らく残念な状態でした。（佐藤、山口、山本）
• LOD Surferメタデータクローラー更新されました。実行形式jarファイルもあるので、ダウンロードしてすぐに使えます。（小林さん、投稿山本）
• SPARQL Builder API : 変更予定の GUI の仕様に合わせて一部仕様変更し API ver2としてデプロイ (山口)．

今後の予定

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS) 19日午前までかも
• 川島秀一 (DBCLS)
• 三嶋博之 (長崎大学)
• 岡別府陽子(MSS)
• 坊農秀雅 (DBCLS)
• 守屋勇樹 (DBCLS)
• 永野朗夫（penqe）
• 吉沢明康 (京都大学)
• 山田一作（野口研）
• 三橋信孝（NBDC） 1/19 のみ
• 山中遼太（Oracle）1/18 のみ
• 千葉啓和（DBCLS）
• 山口敦子 (DBCLS)
• 山本泰智 (DBCLS)
• 大田達郎 (DBCLS) 1/19 のみ
• 田中聡 (Trans-IT) 1/18 のみ
• 藤澤貴智（遺伝研）1/18 のみ
• 原薗陛正（東大）
• 横山稔之（東大）
• 西出浩世（基生研） 1/18のみ
• 五斗進（DBCLS）
• 臼田大輝（理研BRC）1/18のみ
• 大石直哉（DOGRUN）
• Kuoka Thukaa (創価大）ひとまず18日
• 豊岡理人 (NBDC) 1/18のみ
• 大和田周甫（東工大）1/18のみ
• 佐藤大輔（レベルファイブ）
• 藤原豊史 (DBCLS) 1/18 のみ
• 建石由佳（NBDC）