SPARQLthon64
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* グラフ構築・解析エンジンの紹介（伊藤） | * グラフ構築・解析エンジンの紹介（伊藤） | ||
* 文字修飾（上付き、下付き、イタリックなど）を表現・表示する際の方法の方針をきめたい。”科学では文字修飾が大事な意味を持っている（桝屋さん）”、化合物表記や糖鎖名称でも文字修飾があると助かります。（山田） | * 文字修飾（上付き、下付き、イタリックなど）を表現・表示する際の方法の方針をきめたい。”科学では文字修飾が大事な意味を持っている（桝屋さん）”、化合物表記や糖鎖名称でも文字修飾があると助かります。（山田） | ||
2018年1月19日 (金) 08:53時点における最新版
第64回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。
目次 |
開催概要
- 開催期間：2018年 1月 18（木）- 19日（金）
- 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
- アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
- 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
プロジェクト
TPP グループ全体
H29〜
- データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
- ゲノム微生物学会MicrobeDB.jp講習会までのマイルストーン確認および更新（藤澤・岡別府）
- 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
- 糖タンパク質などでSPARQListを使う - https://sparqlist.glyconavi.org （山田）
- せんでん：国際ワークショップ 3/5-9（ハッカソン:3/7-9） - http://glic.glycoinfo.org/meetings/LSworkshop2018/
- 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
- 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
- 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
- エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
- ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
継続中（〜H30）
〜H29
- 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
- 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
- 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
SPARQLthon グループ
- G2GML: BioHackathon 2017 で開始。LOD を Graph DB で利用するためのデータ変換。関連イベント 1/31 (千葉・山中)
- ゲノムグラフ研究会 (大和田・原薗・横山)
- グラフ構築・解析エンジンの紹介（伊藤）
- 文字修飾（上付き、下付き、イタリックなど）を表現・表示する際の方法の方針をきめたい。”科学では文字修飾が大事な意味を持っている（桝屋さん）”、化合物表記や糖鎖名称でも文字修飾があると助かります。（山田）
- 参考： rdf:HTML Datatype - https://www.w3.org/TR/rdf11-concepts/#section-html
- トリプルストア観測しました。(AllegroGraph 6.4.0、RDF4J 2.2.4、Stardog 5.2.0) AllegroGraph, RDF4JともにSERVICE句を利用したさいにリモートエンドポイントから得られるデータの型チェックを厳格にし始めている。このため、DBpediaの返すデータが弾かれるようになった。（山本）
- うまかヤミー復活か。クローラー問題で長らく残念な状態でした。（佐藤、山口、山本）
- LOD Surferメタデータクローラー更新されました。実行形式jarファイルもあるので、ダウンロードしてすぐに使えます。（小林さん、投稿山本）
- SPARQL Builder API : 変更予定の GUI の仕様に合わせて一部仕様変更し API ver2としてデプロイ (山口)．
今後の予定
参考リンク
- これまでの SPARQLthon
参加者
- 片山俊明 (DBCLS) 19日午前までかも
- 川島秀一 (DBCLS)
- 三嶋博之 (長崎大学)
- 岡別府陽子(MSS)
- 坊農秀雅 (DBCLS)
- 守屋勇樹 (DBCLS)
- 永野朗夫（penqe）
- 吉沢明康 (京都大学)
- 山田一作（野口研）
- 三橋信孝（NBDC） 1/19 のみ
- 山中遼太（Oracle）1/18 のみ
- 千葉啓和（DBCLS）
- 山口敦子 (DBCLS)
- 山本泰智 (DBCLS)
- 大田達郎 (DBCLS) 1/19 のみ
- 田中聡 (Trans-IT) 1/18 のみ
- 藤澤貴智（遺伝研）1/18 のみ
- 原薗陛正（東大）
- 横山稔之（東大）
- 西出浩世（基生研） 1/18のみ
- 五斗進（DBCLS）
- 臼田大輝（理研BRC）1/18のみ
- 大石直哉（DOGRUN）
- Kuoka Thukaa (創価大）ひとまず18日
- 豊岡理人 (NBDC) 1/18のみ
- 大和田周甫（東工大）1/18のみ
- 佐藤大輔（レベルファイブ）
- 藤原豊史 (DBCLS) 1/18 のみ
- 建石由佳（NBDC）
